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G09中计算AIM计算过渡金属原子和氢原子间作用的问题
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以前从没进行过AIM计算，这次投的文章里审稿人提出用AIM计算一下，应该是想用AIM计算证实过渡金属原子和氢原子间存在相互作用。 从小木虫上现有的与AIM计算相关的文章里看，http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1767755 这个帖子里给出了在Gaussian中计算AIM的方法，用AIM=all关键字实现，然而我计算的时候出错，出错信息为“ Error termination in NtrErr: NtrErr Called from FileIO.” 换用较低的基组，则可以进行到输出“ I. ATTRACTORS”的部分，然后“FATAL ERROR: DUPLICATE CRITICAL POINTS FOUND: 50 41 ”609错误结束 计算的体系是IMes配位的Ni与另外一个分子之间的配位，重原子数34。对Ni原子使用了lanl2dz的ECP。 搜解决原因的时候看到各种说法 1. 计算软件不合适？有人提到Gaussian的AIM有问题，故应该用专业的AIM软件计算，然而免费的AIMPac需要编译（这个太复杂，搞不定）；AIMall免费的只能算10个以下的原子，AIM2000也是商业软件，故都不可行，平时并不用AIM分析所以也不可能因为这个去购买商业软件。 2.“芳香环片段高斯不可以做，会出错，高斯不可以算环状结构，可以使用aimall做 ”出自 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1781656 是否为真？如果是如此那就真是没办法了，是否有相关的文献说明这点呢。 3.也有提出ECP不能解决，但是http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2511503 提到“所有AIM软件都能支持ECP计算产生的wfn文件”，而且G09 的B01版本其实是可以产生可用的wfx文件 4.有人提出高斯中计算AIM不可信？ 我的问题总结来说就是 1. 能否用Gaussian09计算这个34个重原子含过渡金属Ni，且使用ECP的体系？ 2. 如果不能，是否有可用的免费软件且不太麻烦的可以进行计算？ 3.具体如何操作和读取相关信息？ 问题非常琐碎和麻烦，望哪位同仁能够不吝回答，非常感谢！ |
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sobereva
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zhou2009(金币+3): 2011-12-16 19:47:12
pleasant1789(金币+100): 感谢应助 2011-12-18 19:12:04
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用Multiwfn做AIM分析的例子在手册第四章就有，也可以参考专题帖子 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3890042&fpage=1 目前引用Multiwfn时引JCC上的介绍文章的doi号或者引网址都可以，等那文章正式期号出现后就建议直接引文章了。 之前我的回复用不着评分 |
6楼2011-12-16 18:01:43
sobereva
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gmy1990(金币+3): 2011-12-16 18:52:25
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无论高斯自带的AIM模块能不能正常分析某个体系，我都不建议用，这个模块年久失修，速度、可靠性、稳定性都比较低。 如果不需要做盆积分，使用Multiwfn做AIM分析是最佳选择，操作与AIM2000一样方便，而速度比AIMALL还要快得多。 对于过渡金属使用赝势的情况，对于LANL2这样小核赝势，直接用各种AIM软件去分析价层性质都是可以的，例如Journal of Computational Chemistry, Vol. 18, No. 3, 416]429 (1996)文中给出了确切的结论（SC代表small core）： For transition metals, the electron density obtained from a SC-ECP calculation is good enough to reproduce not only the correct topology of the metal]ligand bonds but the values of the local properties as well 在G09 B01及之后版本中支持wfx格式，会自动将事先拟合好的内核密度写进去，使得分析结果和全电子计算十分一致，见J. Phys. Chem. A 2011, 115, 12879–12894。目前只有Multiwfn和AIMALL支持wfx格式下的拓扑分析。而至于G09自带的AIM模块，我虽然没试过，但是估计它自己都不支持内核密度的处理。 |
2楼2011-12-16 13:40:15
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