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homo和lumo批量提取的脚本
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最近在弄一批分子，一万个左右 ，想提取其中的homo和lumo能量值，但是发现很难实现，因为才接触脚本半年，还是自学的，所以搞不定了，有哪位大侠给个小脚本？我只会一点shell，提取个Energy还行，homo和lumo不好提取，若可以分享一下不胜感激！ |
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再来个Fortran PROGRAM HOLU2 ! ! Program to extract HOMO and LUMO data from multiple Gaussian output files ! SRK 2011/06/30 ! SRK 2011/10/18 Modified to produce 3 output files, bug fix ! ! Input : A file containing a list of filenames, one per line ! Output: One line per input filename, 3 columns, holding the filename, the HOMO and the LUMO ! Input filename, HOMO and LUMO are written to file 'HOMOandLUMO.txt' ! HOMO is written to file 'HOMO.txt' ! LUMO is written to file 'LUMO.txt' ! IMPLICIT NONE ! Variable declarations INTEGER, PARAMETER :: inunit=22, listunit=23 ! Unit numbers for input files and list file INTEGER, PARAMETER :: hlunit=24, hunit=25, lunit=26 ! Unit numbers for output files INTEGER :: i ! Loop variable INTEGER :: n ! Number of characters in current line INTEGER :: stat ! Holds the current state of the input file, 0=OK INTEGER :: numfiles ! Number of filenames detected in the input INTEGER :: blockflag ! Flag variable to find the correct HOMO-LUMO data CHARACTER (LEN=100) :: listname ! File containing the list of filenames to be processed CHARACTER (LEN=100) :: inpfile ! Current input filename CHARACTER (LEN=100) :: line ! Current line in the input file CHARACTER (LEN=100) :: prevline ! Previous line in the input file CHARACTER (LEN=9) :: homostring, lumostring ! Strings containing the HOMO/LUMO eigenvalues ! ! Executable code WRITE (*,*) 'HOLU - a program to extract HOMO and LUMO data' WRITE (*,*) 'Enter the name of an input file containing a list of filenames (no blank lines!)' READ (*,'(A)') listname OPEN(listunit,FILE=listname) ! ! Find out how many files are in the list numfiles = 0 stat = 0 DO READ(listunit,'(A)',iostat=stat) line IF (stat /= 0) EXIT numfiles = numfiles + 1 END DO CLOSE(listunit) WRITE (*,*) 'Detected ',numfiles,' lines in list file' ! ! Open output files OPEN(hlunit,FILE='HOMOandLUMO.txt') OPEN(hunit,FILE='HOMO.txt') OPEN(lunit,FILE='LUMO.txt') ! Now loop over these files OPEN(listunit,FILE=listname) DO i = 1, numfiles READ(listunit,'(A)') inpfile OPEN(inunit,file=TRIM(inpfile)) blockflag = 0 ! ! Search for the needed information in the input file prevline = '' DO READ(inunit,FMT='(A)',IOSTAT=stat) line ! Read in the next line of the file using '(A)' format IF (stat /= 0 ) EXIT IF (index(line,'Alpha virt.') > 0 ) THEN ! found a line listing virtual states IF (blockflag == 0) blockflag = 1 IF (blockflag == 2) THEN ! we have found the second block lumostring = line(30:40) ! first number on this line n = len_trim(prevline) homostring = prevline(n-8:n) ! last number on previous line WRITE(*,*) TRIM(inpfile),' ', 'HOMO', ' ', homostring,' ', 'LUMO', ' ', lumostring WRITE(hlunit,'(A),(A),(A),(A)') TRIM(inpfile),' ', 'HOMO', ' ', homostring,' ', 'LUMO', ' ', lumostring WRITE(hunit,'(A)') TRIM(inpfile),' ', 'HOMO', ' ', homostring WRITE(lunit,'(A)') TRIM(inpfile),' ', 'LUMO', ' ', lumostring EXIT END IF ELSE IF (blockflag == 1) blockflag = 2 END IF prevline = line END DO CLOSE(inunit) END DO ! Close all files that are still open CLOSE(listunit) CLOSE(hlunit) CLOSE(hunit) CLOSE(lunit) ! END PROGRAM HOLU2 这是source code,需要编译。 编译后，`ls -l *.log | awk '{print $9}' > file_list 再运行编译后的程序，输入文件就是file_list。所有的输出结果都显示在屏幕上，可以拷入txt文档，进行后续的计算。 |
24楼2011-12-12 13:37:45
2楼2011-12-06 14:11:26
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3楼2011-12-07 11:23:16
abbott
金虫 (著名写手)
不要用QQ问我东西
- 应助: 16 (小学生)
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4楼2011-12-08 10:57:14
