24小时热门版块排行榜    

查看: 655  |  回复: 5

Illusionist

银虫 (正式写手)

[求助] 如何Scan两分子距离引起的能量差

如何Scan两分子距离引起的能量差

看了半天说明书,只看到二面角,键长什么的scan,是否可以scan两分子的距离。
我要算的是两平面分子,scan他们面对面的距离。

求租。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

beefly

专家顾问 (职业作家)

地沟油冶炼专家

【答案】应助回帖

Illusionist(金币+5): 2011-12-06 08:38:25
看你如何定义分子间距了,是各自对称中心的间距,还是质心间距。然后建立z矩阵。如果你用gamess或pc-gamess,也可以用直角坐标
beefly《西太平洋大学现代英汉词典》[bi:fli]牛肉一般地
2楼2011-12-05 21:15:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Illusionist

银虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by beefly at 2011-12-05 21:15:14:
看你如何定义分子间距了,是各自对称中心的间距,还是质心间距。然后建立z矩阵。如果你用gamess或pc-gamess,也可以用直角坐标

因为两个都是平面结构,其实就是两平面的距离
3楼2011-12-06 08:39:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lion0528

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

Illusionist(金币+5): 感激不尽 2011-12-06 10:28:14
引用回帖:
3楼: Originally posted by Illusionist at 2011-12-06 08:39:03:
因为两个都是平面结构,其实就是两平面的距离

这是苯与氪之间的能量扫描
%chk=benzenen_kr
%mem=7500MB
%nprocshared=4
#p scan wb97xd/cc-pvdz scf=tight

benzenen_kr

0 1
C      -1.230622000      0.710500000      0.000000000
C       0.000000000      1.421000000      0.000000000
C       1.230622000      0.710500000      0.000000000
C       1.230622000     -0.710500000      0.000000000
C       0.000000000     -1.421000000      0.000000000
C      -1.230622000     -0.710500000      0.000000000
H       0.000000000      2.491000000      0.000000000
H      -2.157269000      1.245500000      0.000000000
H      -2.157269000     -1.245500000      0.000000000
H       0.000000000     -2.491000000      0.000000000
H       2.157269000     -1.245500000      0.000000000
H       2.157269000      1.245500000      0.000000000
x       0.000000000      0.000000000      0.000000000
Kr      13 R 5 90. 1 90.

R  3.4 8 0.05


固定苯不动,X为虚原子,不影响体系能量。
Kr      13 R 5 90. 1 90.这一项描述的是KR与苯环的位置关系,与13号原子X的距离R,与5号原子的二面角为90度(一定要写点),与1号原子的二面角为90.这些吗,描述能够保证KR与苯环是垂直的
R  3.4 8 0.05    表示KR与苯环的初识距离为3.4,一工扫描8个点,每个点走0.05步,即 3.4 3.45 3.5 3.55 。。。每个点有相应的能量
4楼2011-12-06 09:55:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Illusionist

银虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by lion0528 at 2011-12-06 09:55:25:
这是苯与氪之间的能量扫描
%chk=benzenen_kr
%mem=7500MB
%nprocshared=4
#p scan wb97xd/cc-pvdz scf=tight

benzenen_kr

0 1
C      -1.230622000      0.710500000      0.000000000
C       0.00 ...

还是有一点问题啊··就是怎么把这两个苯环设成相互独立的整体,安照这个方法,只能移动一个原子,不是整体移动啊····


5楼2011-12-06 11:46:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lion0528

金虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by Illusionist at 2011-12-06 11:46:35:
还是有一点问题啊··就是怎么把这两个苯环设成相互独立的整体,安照这个方法,只能移动一个原子,不是整体移动啊····

这个我还真不懂!!
其实不扫描也行
你就固定两个本之间的距离,比如3.4然后得出一个能量,再固定一个距离比如3.45.就是得多编写几个输入文件,其实扫描就是在计算各个单点的能量。
6楼2011-12-06 14:33:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 Illusionist 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 311求调剂 +6 南迦720 2026-02-28 6/300 2026-02-28 17:17 by 刘茉莉
[考研] 高分子化学与物理调剂 +3 好好好1233 2026-02-28 4/200 2026-02-28 17:13 by sandychj
[考研] 化工专硕348,一志愿985求调剂 +3 弗格个 2026-02-28 5/250 2026-02-28 17:04 by sandychj
[考博] 博士自荐 +3 kkluvs 2026-02-28 3/150 2026-02-28 16:59 by StarAura
[考博] 博士推荐 +4 花儿笑? 2026-02-21 5/250 2026-02-28 16:55 by mumin1990
[考研] 0856材料求调剂 +8 hyf hyf hyf 2026-02-28 9/450 2026-02-28 16:27 by etapple
[考研] 285求调剂 +3 满头大汗的学生 2026-02-28 3/150 2026-02-28 16:22 by 无际的草原
[考研] 265分求调剂不调专业和学校有行学上就 +4 礼堂丁真258 2026-02-28 6/300 2026-02-28 16:18 by 求调剂zz
[考博] 26申博 +3 想申博! 2026-02-26 3/150 2026-02-28 16:07 by nxgogo
[考研] 材料类求调剂 +3 wana_kiko 2026-02-28 3/150 2026-02-28 15:03 by lature00
[考研] 295求调剂 +4 19171856320 2026-02-28 4/200 2026-02-28 13:39 by ms629
[考研] 290求调剂 +4 材料专硕调剂; 2026-02-28 5/250 2026-02-28 13:32 by houyaoxu
[考研] 0856调剂 +3 刘梦微 2026-02-28 3/150 2026-02-28 13:22 by houyaoxu
[考研] 304求调剂 +5 曼殊2266 2026-02-28 6/300 2026-02-28 12:44 by 迷糊CCPs
[硕博家园] 博士自荐 +6 科研狗111 2026-02-26 9/450 2026-02-28 12:32 by seaskyy
[考研] 272求调剂 +3 田智友 2026-02-28 3/150 2026-02-28 12:31 by 王加浩to
[考研] 298求调剂 +4 axyz3 2026-02-28 4/200 2026-02-28 11:21 by wang_dand
[基金申请] 什么是人一生最重要的? +10 瞬息宇宙 2026-02-21 10/500 2026-02-27 08:46 by tfang
[教师之家] 版面费该交吗 +14 苹果在哪里 2026-02-22 17/850 2026-02-26 11:55 by AGI智创机器人
[硕博家园] 【博士招生】太原理工大学2026化工博士 +4 N1ce_try 2026-02-24 8/400 2026-02-26 08:40 by N1ce_try
信息提示
请填处理意见