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Illusionist

银虫 (正式写手)

[求助] 如何Scan两分子距离引起的能量差

如何Scan两分子距离引起的能量差

看了半天说明书，只看到二面角，键长什么的scan，是否可以scan两分子的距离。
我要算的是两平面分子，scan他们面对面的距离。

求租。
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1楼 2011-12-05 14:25:52
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beefly

专家顾问 (职业作家)

地沟油冶炼专家

【答案】应助回帖

Illusionist(金币+5): 2011-12-06 08:38:25
看你如何定义分子间距了，是各自对称中心的间距，还是质心间距。然后建立z矩阵。如果你用gamess或pc-gamess，也可以用直角坐标
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beefly《西太平洋大学现代英汉词典》[bi:fli]牛肉一般地
2楼2011-12-05 21:15:14
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Illusionist

银虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by beefly at 2011-12-05 21:15:14:
看你如何定义分子间距了，是各自对称中心的间距，还是质心间距。然后建立z矩阵。如果你用gamess或pc-gamess，也可以用直角坐标

因为两个都是平面结构，其实就是两平面的距离
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3楼2011-12-06 08:39:03
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lion0528

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

Illusionist(金币+5): 感激不尽 2011-12-06 10:28:14
引用回帖:
3楼: Originally posted by Illusionist at 2011-12-06 08:39:03:
因为两个都是平面结构，其实就是两平面的距离

这是苯与氪之间的能量扫描
%chk=benzenen_kr
%mem=7500MB
%nprocshared=4
#p scan wb97xd/cc-pvdz scf=tight

benzenen_kr

0 1
C      -1.230622000      0.710500000      0.000000000
C       0.000000000      1.421000000      0.000000000
C       1.230622000      0.710500000      0.000000000
C       1.230622000     -0.710500000      0.000000000
C       0.000000000     -1.421000000      0.000000000
C      -1.230622000     -0.710500000      0.000000000
H       0.000000000      2.491000000      0.000000000
H      -2.157269000      1.245500000      0.000000000
H      -2.157269000     -1.245500000      0.000000000
H       0.000000000     -2.491000000      0.000000000
H       2.157269000     -1.245500000      0.000000000
H       2.157269000      1.245500000      0.000000000
x       0.000000000      0.000000000      0.000000000
Kr      13 R 5 90. 1 90.

R  3.4 8 0.05


固定苯不动，X为虚原子，不影响体系能量。
Kr      13 R 5 90. 1 90.这一项描述的是KR与苯环的位置关系，与13号原子X的距离R,与5号原子的二面角为90度（一定要写点），与1号原子的二面角为90.这些吗，描述能够保证KR与苯环是垂直的
R  3.4 8 0.05    表示KR与苯环的初识距离为3.4，一工扫描8个点，每个点走0.05步，即 3.4 3.45 3.5 3.55 。。。每个点有相应的能量
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4楼2011-12-06 09:55:25
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Illusionist

银虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by lion0528 at 2011-12-06 09:55:25:
这是苯与氪之间的能量扫描
%chk=benzenen_kr
%mem=7500MB
%nprocshared=4
#p scan wb97xd/cc-pvdz scf=tight

benzenen_kr

0 1
C      -1.230622000      0.710500000      0.000000000
C       0.00 ...

还是有一点问题啊··就是怎么把这两个苯环设成相互独立的整体，安照这个方法，只能移动一个原子，不是整体移动啊····
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5楼2011-12-06 11:46:35
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lion0528

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by Illusionist at 2011-12-06 11:46:35:
还是有一点问题啊··就是怎么把这两个苯环设成相互独立的整体，安照这个方法，只能移动一个原子，不是整体移动啊····

这个我还真不懂！！
其实不扫描也行
你就固定两个本之间的距离，比如3.4然后得出一个能量，再固定一个距离比如3.45.就是得多编写几个输入文件，其实扫描就是在计算各个单点的能量。
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6楼2011-12-06 14:33:53
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