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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

[求助] do_dssp 使用求助

我先从 ftp://ftp.cmbi.ru.nl/pub/software/dssp/  下载了linux 版本的dssp
解压缩到目录/home/jiaobao/ruanjian/dssp/
之后重新命名为dssp
然后使用 export DSSP=/home/jiaobao/ruanjian/dssp/dssp
这一步根据http://www.gromacs.org/Documentation/Gromacs_Utilities/do_dssp
可是我在使用的时候,出现错误:
Fatal error:
DSSP executable (/usr/local/bin/dssp) does not exist (use setenv DSSP)
For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors
-------------------------------------------------------
有时候是
Fatal error:
Failed to execute command: /usr/local/bin/dssp -na dduh3nVZ ddgIvCrU > /dev/null 2> /dev/null
For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors
-------------------------------------------------------

纠结了很久还是没有搞定,哪位前辈用过这个?
请多指教!
非常感谢!

[ Last edited by jiaoyixiong on 2011-11-29 at 11:15 ]
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blacksep

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-10-14 16:06:33
这是计算蛋白质的二级结构的工具, 这个 do_dssp 也没有使用成功。我后来我找了一个可执行文件直接生成用的:

dssp.exe -i sp_c.pdb -o sp_c.dssp...

你好,我用的也是window下的gromas,我想请问dssp的组件应该放在哪个目录里面呢?   原文里面这个地方“/home/jiaobao/ruanjian/dssp/”,指的是哪个文件夹呢?谢谢你。。。我在网上找了好久都没弄清楚这个地方..
13楼2018-10-18 08:31:06
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转基因猴子

木虫 (正式写手)

我的usr/local/bin里面已经有dssp了,但是运用do_dssp这个命令的时候也出现了以下问题
Fatal error:
Failed to execute command: /usr/local/bin/dssp -na dduh3nVZ ddgIvCrU > /dev/null 2> /dev/null
For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors
请教楼主是否已经解决及时如何解决的?谢谢
我还年轻,我要上路!
2楼2013-10-14 15:46:51
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 转基因猴子 at 2013-10-14 15:46:51
我的usr/local/bin里面已经有dssp了,但是运用do_dssp这个命令的时候也出现了以下问题
Fatal error:
Failed to execute command: /usr/local/bin/dssp -na dduh3nVZ ddgIvCrU > /dev/null 2> /dev/null
Fo ...

这是计算蛋白质的二级结构的工具, 这个 do_dssp 也没有使用成功。我后来我找了一个可执行文件直接生成用的:

dssp.exe -i sp_c.pdb -o sp_c.dssp
3楼2013-10-14 16:06:33
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转基因猴子

木虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-10-14 16:06:33
这是计算蛋白质的二级结构的工具, 这个 do_dssp 也没有使用成功。我后来我找了一个可执行文件直接生成用的:

dssp.exe -i sp_c.pdb -o sp_c.dssp...

这是在win下进行转换还是linux下啊?为什么出现了个.exe
我还年轻,我要上路!
4楼2013-10-14 17:56:55
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