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lmzxcom1

金虫 (著名写手)

[求助] 同源模建

目前有一个蛋白质,刚被发表晶体结构,有pdb文件了,但是sybyl数据库里没有。
这个pdb文件里有3个一样的蛋白分子,怎么样能分离出来单个的蛋白质pdb文件啊,另外,怎么用已有的pdb做模板同源模建的
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超人与小木虫

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+1): 谢谢 2011-11-28 11:59:07
御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-11-29 20:33:28
jiaoyixiong(金币+5): 鼓励交流 2011-12-23 13:50:12
DS就可以做,还有很多在线的网站都可以,如Swissmodel等等
超人不会飞
2楼2011-11-28 10:51:23
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cpuzzx

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
chaizhm(金币+1): 谢谢~ 2011-11-28 14:46:11
御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-11-29 20:33:38
jiaoyixiong(金币+5): 鼓励交流 2011-12-23 13:50:25
你可以用UltraEdit软件分离出单个pdb文件,用DS或者MOE都可以同源建模的
3楼2011-11-28 12:25:57
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qustwq

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
chaizhm(金币+1): 谢谢~ 2011-11-28 18:20:55
lmzxcom1(金币+5): 2011-11-29 09:01:13
御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-11-29 20:34:04
jiaoyixiong(金币+5): 鼓励交流 2011-12-23 13:50:41
首先下载下那个PDB来,然后在sybyl中将不需要的蛋白删除将剩余部分另存为新的PDB文件就可以了!
4楼2011-11-28 14:51:08
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王家大成

木虫 (正式写手)

囧囧小虫

★ ★
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-11-29 20:33:55
Swissmodel可以同源建模,但是同源性至少不低于30%
一念起,万水千山;一念灭,沧海桑田!
5楼2011-11-29 20:14:15
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tudoudigua

金虫 (著名写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 王家大成 at 2011-11-29 20:14:15:
Swissmodel可以同源建模,但是同源性至少不低于30%

能具体说一下同源模建的基本原理吗
这是考试题
非常感谢!
人生总是在习惯那些不习惯的习惯!
6楼2011-12-23 10:10:38
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