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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 同源模建
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lmzxcom1

金虫 (著名写手)

[求助] 同源模建

目前有一个蛋白质，刚被发表晶体结构，有pdb文件了，但是sybyl数据库里没有。
这个pdb文件里有3个一样的蛋白分子，怎么样能分离出来单个的蛋白质pdb文件啊，另外，怎么用已有的pdb做模板同源模建的
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1楼 2011-11-28 10:12:08
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cpuzzx

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
chaizhm(金币+1): 谢谢~ 2011-11-28 14:46:11
御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-11-29 20:33:38
jiaoyixiong(金币+5): 鼓励交流 2011-12-23 13:50:25
你可以用UltraEdit软件分离出单个pdb文件，用DS或者MOE都可以同源建模的
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3楼2011-11-28 12:25:57
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超人与小木虫

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+1): 谢谢 2011-11-28 11:59:07
御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-11-29 20:33:28
jiaoyixiong(金币+5): 鼓励交流 2011-12-23 13:50:12
DS就可以做，还有很多在线的网站都可以，如Swissmodel等等
赞一下(3人) 回复此楼
超人不会飞
2楼2011-11-28 10:51:23
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qustwq

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
chaizhm(金币+1): 谢谢~ 2011-11-28 18:20:55
lmzxcom1(金币+5): 2011-11-29 09:01:13
御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-11-29 20:34:04
jiaoyixiong(金币+5): 鼓励交流 2011-12-23 13:50:41
首先下载下那个PDB来，然后在sybyl中将不需要的蛋白删除将剩余部分另存为新的PDB文件就可以了！
赞一下(3人) 回复此楼
4楼2011-11-28 14:51:08
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王家大成

木虫 (正式写手)

囧囧小虫
★ ★
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-11-29 20:33:55
Swissmodel可以同源建模，但是同源性至少不低于30％
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一念起，万水千山；一念灭，沧海桑田！
5楼2011-11-29 20:14:15
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