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倔强的坚果墙

铁杆木虫 (正式写手)


[交流] vasp怎样快速正确写出一个结构的POSCAR???

如题,在用vasp时遇到最头疼的问题就是如何正确快速写出一个结构(特别是多原子体系)的POSCAR,请各位大侠交流经验,并恳请群主加精!
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enola

捐助贵宾 (正式写手)


★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
uuv2010(金币+1): 多谢提示 2011-11-25 13:25:41
倔强的坚果墙: 回帖置顶 2011-12-17 11:14:19
引用回帖:
7楼: Originally posted by 倔强的坚果墙 at 2011-11-25 11:31:22:
在线等,急求,3q

MS(material studio)
下面是具体建模步骤
####################

前几天回帖说过自己产生POSCAR文件是通过CASTEP完成的,具体过程如下:
1.  在CASTEP中把模型建好。
2.  模块中的CASTEP,计算,单击“Run”旁边的“Files...”按钮,然后点击“Save Files”按钮,弹出对话框,选“No”,将相关文件保存到project中,会出现类似计算出现的下一级文件夹。
3.  从电脑中找到此文件夹,找到***.cell文件。此文件为隐藏文件,***为MS中模型的名字。有用的为前几行,以BCC-Fe单胞为例,产生的Fe.cell文件开头内容如下:
%BLOCK LATTICE_CART
       2.866400000000000       0.000000000000000       0.000000000000000
       0.000000000000000       2.866400000000000       0.000000000000000
       0.000000000000000       0.000000000000000       2.866400000000000
%ENDBLOCK LATTICE_CART

%BLOCK POSITIONS_FRAC
Fe   0.0000000000000000   0.0000000000000000   0.0000000000000000
Fe   0.5000000000000000   0.5000000000000001   0.5000000000000001
%ENDBLOCK POSITIONS_FRAC
......
4.  书写POSCAR文件。
第一行,自定义体系名,随便自己写了,以自己方便为好
第2-5行为晶格缩放因子(晶格常数)和晶格矢量,可以有两种写法
第一种:
1.0000
     2.866400000000000       0.000000000000000       0.000000000000000
     0.000000000000000       2.866400000000000       0.000000000000000
     0.000000000000000       0.000000000000000       2.866400000000000
第二种:
2.866400001.0000
     1.000000000000000       0.000000000000000       0.000000000000000
     0.000000000000000       1.000000000000000       0.000000000000000
     0.000000000000000       0.000000000000000       1.000000000000000
推荐第二种写法
第6行,原子数目。应该按照种类分别写,后面坐标以及POTCAR中的顺序应与此处相同。
第7行,给出的坐标类型。“cartesian”和“direct”之分,分别是笛卡尔坐标和分数坐标,通常用第2中,分数坐标。
第8行及其以后,按照第6行原子种类排序的各个原子的分数坐标。
注:如果要考虑,部分坐标驰豫的话,需要在第7行前加入一行,“Selective dynamics”,并在各个原子坐标后,以“T”,“F”标记那个坐标需要驰豫
BCC-Fe产生POSCAR如下,具体书写格式可参考VASP Guide
BCC-Fe                                 
    2.866400000000000     
     1.0000000000000000    0.0000000000000000    0.0000000000000000
     0.0000000000000000    1.0000000000000000    0.0000000000000000
     0.0000000000000000    0.0000000000000000    1.0000000000000000
   2
Direct
  0.0000000000000000  0.0000000000000000  0.0000000000000000
  0.5000000000000000  0.5000000000000000  0.5000000000000000
本文来自: 小木虫论坛 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1376166
8楼2011-11-25 13:22:25
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倔强的坚果墙

铁杆木虫 (正式写手)


例如遇到方钴矿(CoSb3)的结构,没有经验来写它的原子坐标,求指点
2楼2011-11-25 10:46:11
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likai0106

金虫 (小有名气)


★ ★
倔强的坚果墙(金币+1):谢谢参与
uuv2010(金币+1): 多谢提示 2011-11-25 13:25:18
可以用MS来构建模型,之后MS中有个计算的选项,选择后会在相应的目录中生成一个隐藏的.cell文件,这个文件和POSCAR形式很像,只要稍加修改就行了。当然也可以编写一个脚本对其.cell文件进行处理,处理成你想要的POSCAR的格式。
3楼2011-11-25 10:46:34
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pzzhang

铁虫 (正式写手)


★ ★
倔强的坚果墙(金币+1):谢谢参与
uuv2010(金币+1): 多谢提示 2011-11-25 13:25:27
用VESTA 建模后,可直接输出POSCAR。
4楼2011-11-25 11:06:25
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