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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » vasp怎样快速正确写出一个结构的POSCAR???
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倔强的坚果墙

铁杆木虫 (正式写手)

[交流] vasp怎样快速正确写出一个结构的POSCAR???

如题，在用vasp时遇到最头疼的问题就是如何正确快速写出一个结构（特别是多原子体系）的POSCAR，请各位大侠交流经验，并恳请群主加精！
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1楼 2011-11-25 10:39:07
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倔强的坚果墙

铁杆木虫 (正式写手)
例如遇到方钴矿（CoSb3）的结构，没有经验来写它的原子坐标，求指点
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2楼2011-11-25 10:46:11
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likai0106

金虫 (小有名气)
★ ★
倔强的坚果墙(金币+1):谢谢参与
uuv2010(金币+1): 多谢提示 2011-11-25 13:25:18
可以用MS来构建模型，之后MS中有个计算的选项，选择后会在相应的目录中生成一个隐藏的.cell文件，这个文件和POSCAR形式很像，只要稍加修改就行了。当然也可以编写一个脚本对其.cell文件进行处理，处理成你想要的POSCAR的格式。
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3楼2011-11-25 10:46:34
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pzzhang

铁虫 (正式写手)
★ ★
倔强的坚果墙(金币+1):谢谢参与
uuv2010(金币+1): 多谢提示 2011-11-25 13:25:27
用VESTA 建模后，可直接输出POSCAR。
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4楼2011-11-25 11:06:25
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倔强的坚果墙

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by likai0106 at 2011-11-25 10:46:34:
可以用MS来构建模型，之后MS中有个计算的选项，选择后会在相应的目录中生成一个隐藏的.cell文件，这个文件和POSCAR形式很像，只要稍加修改就行了。当然也可以编写一个脚本对其.cell文件进行处理，处理成你想要的P ...

额，没用过MS啊，是什么东西，有没有说明书？？？
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5楼2011-11-25 11:22:16
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倔强的坚果墙

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by pzzhang at 2011-11-25 11:06:25:
用VESTA 建模后，可直接输出POSCAR。

VASTA？好，我看看，都没用过，能否发过来我用的试试？？？
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6楼2011-11-25 11:23:57
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倔强的坚果墙

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 倔强的坚果墙 at 2011-11-25 11:23:57:
VASTA？好，我看看，都没用过，能否发过来我用的试试？？？

在线等，急求，3q
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7楼2011-11-25 11:31:22
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enola

捐助贵宾 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
uuv2010(金币+1): 多谢提示 2011-11-25 13:25:41
倔强的坚果墙: 回帖置顶 2011-12-17 11:14:19
引用回帖:
7楼: Originally posted by 倔强的坚果墙 at 2011-11-25 11:31:22:
在线等，急求，3q

MS（material studio）
下面是具体建模步骤
####################

前几天回帖说过自己产生POSCAR文件是通过CASTEP完成的，具体过程如下：
1.  在CASTEP中把模型建好。
2.  模块中的CASTEP，计算，单击“Run”旁边的“Files...”按钮，然后点击“Save Files”按钮，弹出对话框，选“No”，将相关文件保存到project中，会出现类似计算出现的下一级文件夹。
3.  从电脑中找到此文件夹，找到***.cell文件。此文件为隐藏文件，***为MS中模型的名字。有用的为前几行，以BCC-Fe单胞为例，产生的Fe.cell文件开头内容如下：
%BLOCK LATTICE_CART
       2.866400000000000       0.000000000000000       0.000000000000000
       0.000000000000000       2.866400000000000       0.000000000000000
       0.000000000000000       0.000000000000000       2.866400000000000
%ENDBLOCK LATTICE_CART

%BLOCK POSITIONS_FRAC
Fe   0.0000000000000000   0.0000000000000000   0.0000000000000000
Fe   0.5000000000000000   0.5000000000000001   0.5000000000000001
%ENDBLOCK POSITIONS_FRAC
......
4.  书写POSCAR文件。
第一行，自定义体系名，随便自己写了，以自己方便为好
第2-5行为晶格缩放因子（晶格常数）和晶格矢量，可以有两种写法
第一种：
1.0000
     2.866400000000000       0.000000000000000       0.000000000000000
     0.000000000000000       2.866400000000000       0.000000000000000
     0.000000000000000       0.000000000000000       2.866400000000000
第二种：
2.866400001.0000
     1.000000000000000       0.000000000000000       0.000000000000000
     0.000000000000000       1.000000000000000       0.000000000000000
     0.000000000000000       0.000000000000000       1.000000000000000
推荐第二种写法
第6行，原子数目。应该按照种类分别写，后面坐标以及POTCAR中的顺序应与此处相同。
第7行，给出的坐标类型。“cartesian”和“direct”之分，分别是笛卡尔坐标和分数坐标，通常用第2中，分数坐标。
第8行及其以后，按照第6行原子种类排序的各个原子的分数坐标。
注：如果要考虑，部分坐标驰豫的话，需要在第7行前加入一行，“Selective dynamics”，并在各个原子坐标后，以“T”，“F”标记那个坐标需要驰豫
BCC－Fe产生POSCAR如下，具体书写格式可参考VASP Guide
BCC-Fe                                 
    2.866400000000000     
     1.0000000000000000    0.0000000000000000    0.0000000000000000
     0.0000000000000000    1.0000000000000000    0.0000000000000000
     0.0000000000000000    0.0000000000000000    1.0000000000000000
   2
Direct
  0.0000000000000000  0.0000000000000000  0.0000000000000000
  0.5000000000000000  0.5000000000000000  0.5000000000000000
本文来自: 小木虫论坛 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1376166
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8楼2011-11-25 13:22:25
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