| 查看: 730 | 回复: 1 | |||
zhongyunxia新虫 (小有名气)
|
[求助]
急！mol2转化为pdb后结构不对
|
| 各位，我把小分子的mol2文件用viewpro转化为pdb格式后，按照pdb的格式修改了，用viewpro看，只有小分子的15个原子，没有成型的图，请教各位高手，这种情况该如何让处理啊？ 还请各位大虾帮忙，我感激不尽！ |
回复此楼» 猜你喜欢
拟解决的关键科学问题还要不要写
已经有11人回复
-
救命帖
已经有5人回复
-
限项规定
已经有5人回复
-
为什么nbs上溴 没有产物点出现呢
已经有9人回复
-
招博士
已经有3人回复
-
存款400万可以在学校里躺平吗
已经有35人回复
-
最失望的一年
已经有18人回复
-
求推荐博导
已经有4人回复
-
求推荐英文EI期刊
已经有5人回复
-
疑惑？
已经有5人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 如何从下载的PDB文件中提取酶的活性中心
已经有6人回复
- 为什么最近做连接转化总是失败
已经有20人回复
- 各位高人！孪晶有没有可能是超晶格结构？
已经有10人回复
- 求助一个关于酿酒酵母转化的问题
已经有19人回复
- 急！！T淋巴细胞转化试验
已经有8人回复
- 【课件】结构化学（中科大）
已经有253人回复
- 怎么判断晶体结构是一维？二维？三维啊？
已经有15人回复
- 引物设计对转化的影响
已经有7人回复
- 球形纳米金颗粒的结构
已经有7人回复
- 请问怎么提高悬浮聚合转化率？怎么除去残留单体？
已经有6人回复
- 白钨矿晶体结构
已经有9人回复
- 锌粒在氯化铵溶液中如何转化为锌粉？
已经有3人回复
- sybyl完成分子对接后，如何将配体和蛋白一起导出为pdb文件？
已经有12人回复
- AutoDock产生的结果dlg文件转化成pdb文件
已经有13人回复
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★
chaizhm(金币+1): 谢谢~ 2011-11-24 16:08:55
zhongyunxia(金币+20): 非常感谢！！！ 2011-11-24 17:20:52
ghcacj(金币+5): 谢谢 2011-11-25 10:41:41
chaizhm(金币+1): 谢谢~ 2011-11-24 16:08:55
zhongyunxia(金币+20): 非常感谢！！！ 2011-11-24 17:20:52
ghcacj(金币+5): 谢谢 2011-11-25 10:41:41
|
“没有成型的图”是什么意思？是说没有键连信息么？如果是这样的话，看看你的pdb里面有没有CONECT的信息。举个例子，在SYBYL里面画一个H2O，保存mol2格式是这样的： # Name: # Creating user name: Administrator # Creation time: Wed Nov 23 19:18:57 2011 # Modifying user name: Administrator # Modification time: Wed Nov 23 19:19:09 2011 @ **** 3 2 1 2 0 SMALL USER_CHARGES @ 1 O1 -10.7821 2.4395 0.0000 O.3 1 <1> 0.0000 2 H1 -9.8645 2.6852 -0.0057 H 1 <1> 0.0000 3 H2 -10.9770 1.9250 -0.7745 H 1 <1> 0.0000 @ 1 1 2 1 2 1 3 1 @ 1 **** 1 TEMP 0 **** **** 0 ROOT @ @ FORCE_FIELD_SETUP_FEATURE Force Field Setup information v1.0 0 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 NONE 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 @ ANTIALIASED_LINES * 你转换为PDB的话应该是类似于这样： HEADER UNNAMED COMPND UNNAMED REMARK GENERATED BY SYBYL (TRIPOS, INC.) 23-NOV-11 HETATM 1 O1 UNK A 1 -10.782 2.439 0.000 1.00 0.00 O HETATM 2 H2 UNK A 1 -10.977 1.925 -0.774 1.00 0.00 H HETATM 3 H1 UNK A 1 -9.864 2.685 -0.006 1.00 0.00 H CONECT 1 2 3 CONECT 2 1 CONECT 3 1 MASTER 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 3 0 END CONECT就是原子之间的连接信息。而且，这三个原子的组别编号都是1，即使没有CONECT，一般的软件也应该会补齐相关的键的。 另，没用过viewpro。openbabel转出来应该是没啥问题的 |
2楼2011-11-23 19:33:51