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zhongyunxia新虫 (小有名气)
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[求助]
急！mol2转化为pdb后结构不对
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| 各位，我把小分子的mol2文件用viewpro转化为pdb格式后，按照pdb的格式修改了，用viewpro看，只有小分子的15个原子，没有成型的图，请教各位高手，这种情况该如何让处理啊？ 还请各位大虾帮忙，我感激不尽！ |
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【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★
chaizhm(金币+1): 谢谢~ 2011-11-24 16:08:55
zhongyunxia(金币+20): 非常感谢！！！ 2011-11-24 17:20:52
ghcacj(金币+5): 谢谢 2011-11-25 10:41:41
chaizhm(金币+1): 谢谢~ 2011-11-24 16:08:55
zhongyunxia(金币+20): 非常感谢！！！ 2011-11-24 17:20:52
ghcacj(金币+5): 谢谢 2011-11-25 10:41:41
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“没有成型的图”是什么意思？是说没有键连信息么？如果是这样的话，看看你的pdb里面有没有CONECT的信息。举个例子，在SYBYL里面画一个H2O，保存mol2格式是这样的： # Name: # Creating user name: Administrator # Creation time: Wed Nov 23 19:18:57 2011 # Modifying user name: Administrator # Modification time: Wed Nov 23 19:19:09 2011 @ **** 3 2 1 2 0 SMALL USER_CHARGES @ 1 O1 -10.7821 2.4395 0.0000 O.3 1 <1> 0.0000 2 H1 -9.8645 2.6852 -0.0057 H 1 <1> 0.0000 3 H2 -10.9770 1.9250 -0.7745 H 1 <1> 0.0000 @ 1 1 2 1 2 1 3 1 @ 1 **** 1 TEMP 0 **** **** 0 ROOT @ @ FORCE_FIELD_SETUP_FEATURE Force Field Setup information v1.0 0 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 NONE 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 @ ANTIALIASED_LINES * 你转换为PDB的话应该是类似于这样： HEADER UNNAMED COMPND UNNAMED REMARK GENERATED BY SYBYL (TRIPOS, INC.) 23-NOV-11 HETATM 1 O1 UNK A 1 -10.782 2.439 0.000 1.00 0.00 O HETATM 2 H2 UNK A 1 -10.977 1.925 -0.774 1.00 0.00 H HETATM 3 H1 UNK A 1 -9.864 2.685 -0.006 1.00 0.00 H CONECT 1 2 3 CONECT 2 1 CONECT 3 1 MASTER 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 3 0 END CONECT就是原子之间的连接信息。而且，这三个原子的组别编号都是1，即使没有CONECT，一般的软件也应该会补齐相关的键的。 另，没用过viewpro。openbabel转出来应该是没啥问题的 |
2楼2011-11-23 19:33:51
