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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 分子模拟新虫企图用分子模拟研究液液相平衡，求助求助。
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xiaomeichen

金虫 (小有名气)

[求助] 分子模拟新虫企图用分子模拟研究液液相平衡，求助求助。

各位高手，小弟不才，老师委以重任，妄图让我这个笨笨的脑袋去做分子模拟，研究液液相平衡。
介绍下背景，我的课题是加盐液液萃取（醋酸钾水溶液萃取分离醋酸甲酯-甲醇共沸物），分子模拟的目的大概就是研究盐分子（或者离子）在体系中是如何与醋酸甲酯 甲醇相互作用的。探讨萃取过程的一些原理。

请问各位高手，这样的情况我应该用什么软件做比较好。 towhee软件在汽液相平衡的MC模拟可以说成果辈出了，可是他可以用在液液相平衡的模拟吗？
如果不行，还有什么软件可以推荐吗？

非常感谢大家帮忙。再谢！
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1楼2011-11-10 09:28:09
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zxm86

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
youzhizhe(金币+2): 谢谢交流。 2011-11-10 22:52:13
xiaomeichen(金币+20): 谢谢谢谢~~是不是twohee会简单一些哦，我现在时间不多 哪个好学好入门呢。。。 2011-11-14 09:31:30
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-11-14 17:59:40
首先，那个towhee软件在汽液相平衡的MC模拟是可以用于液液相平衡的模拟，用他可以计算得到物系的相关热力学参数，如晗、墒。。。进而了解你的体系。
其次，可以用cpmd做动力学相关的计算（最好与gromacs相结合），得到动力学相关的output，在做数据处理就可以了。
关键是，这种计算的input文件的书写。
以上谨代表个人建议
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2楼2011-11-10 17:51:16
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ChemiAndy

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
cenwanglai(金币+4): 谢谢回复~ 2011-11-11 09:21:12
ghcacj(金币+6): 谢谢 2011-11-14 17:59:30
请问你们是要用分子模拟对实验发现进行理论解释是吗？那你们的实验发现是什么？对实验发现提出了什么样的分子机理解释？只有知道了这些才能谈如何设计分子模拟啊。

分子模拟不是对真实体系或过程的重现，对绝大多数过程，尤其是相平衡这类时间跨度大，局部扩散能垒高的过程，模拟也很难再现真实的过程。一个最简单的问题，请问你知道在这类体系中，各种类分子是完全随机均匀混合的，还是以团簇聚集态存在？如果是后者，尺寸有多大，它对组分活度有什么影响？这些问题都是多组分液体理论的前沿，远未解决，怎么能轻易模拟液液相平衡以研究复杂的萃取现象呢？

那该怎么办呢？关键是你们提出的分子机理解释，看看能否用简单的分子间相互作用计算（gauss）验证一下即可。要提醒的是，现有的分子力学力场，其准确度根本不足以表现液液相平衡中非常微妙的自由能差。举个简单例子，如果组分AB在另外一溶剂之间的分配分别为0.2. 0.4，则其在两态间的自由能差是0.8kcal/mol, 如果加入组分C造成了分配系数改变，很可能自由能差变化远小于0.8，而分子力场的误差(精度)，即使加上极化，也大于1.0kcal/mol，那么一把最小刻度为厘米的尺子怎么量出几个m毫米的差距呢？
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xiaomeichen
3楼2011-11-11 00:16:33
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xiaomeichen

金虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by ChemiAndy at 2011-11-11 00:16:33:
请问你们是要用分子模拟对实验发现进行理论解释是吗？那你们的实验发现是什么？对实验发现提出了什么样的分子机理解释？只有知道了这些才能谈如何设计分子模拟啊。

分子模拟不是对真实体系或过程的重现，对绝大 ...

实验的机理也不清楚啊，我们做的是盐效萃取，可是盐效理论多重多样，我们也无法确定用哪种解释更科学。你能在解释一下gauss计算 这个是怎么回事吗 是用什么软件还是什么理论公式原理计算呢？
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4楼2011-11-14 09:35:46
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如水.101

木虫 (小有名气)

冰洁
引用回帖:
2楼: Originally posted by zxm86 at 2011-11-10 17:51:16:
首先，那个towhee软件在汽液相平衡的MC模拟是可以用于液液相平衡的模拟，用他可以计算得到物系的相关热力学参数，如晗、墒。。。进而了解你的体系。
其次，可以用cpmd做动力学相关的计算（最好与gromacs相结合） ...

我想问一下，用towhee模拟汽液相平衡时，你所说的相关热力学参数，如晗、墒。。。如何进行计算？
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勇者无惧无欲则刚
5楼2011-11-16 09:11:51
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olivershui

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
3890209楼: Originally posted by xiaomeichen at 2011-11-14 09:35:46
实验的机理也不清楚啊，我们做的是盐效萃取，可是盐效理论多重多样，我们也无法确定用哪种解释更科学。你能在解释一下gauss计算 这个是怎么回事吗 是用什么软件还是什么理论公式原理计算呢？...

我也是刚刚起步做towhee气液平衡模拟，涉及到力场参数不全的问题，需要用到gaussian回归数据。不知道楼主这个问题解决了吗？
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6楼2012-07-02 16:00:42
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