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xiaomeichen金虫 (小有名气)
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[求助]
分子模拟新虫企图用分子模拟研究液液相平衡，求助求助。
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 各位高手，小弟不才，老师委以重任，妄图让我这个笨笨的脑袋去做分子模拟，研究液液相平衡。介绍下背景，我的课题是加盐液液萃取（醋酸钾水溶液萃取分离醋酸甲酯-甲醇共沸物），分子模拟的目的大概就是研究盐分子（或者离子）在体系中是如何与醋酸甲酯 甲醇相互作用的。探讨萃取过程的一些原理。 请问各位高手，这样的情况我应该用什么软件做比较好。 towhee软件在汽液相平衡的MC模拟可以说成果辈出了，可是他可以用在液液相平衡的模拟吗？ 如果不行，还有什么软件可以推荐吗？ 非常感谢大家帮忙。再谢！  |
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【答案】应助回帖
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youzhizhe(金币+2): 谢谢交流。 2011-11-10 22:52:13
xiaomeichen(金币+20): 谢谢谢谢~~是不是twohee会简单一些哦，我现在时间不多 哪个好学好入门呢。。。 2011-11-14 09:31:30
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-11-14 17:59:40
youzhizhe(金币+2): 谢谢交流。 2011-11-10 22:52:13
xiaomeichen(金币+20): 谢谢谢谢~~是不是twohee会简单一些哦，我现在时间不多 哪个好学好入门呢。。。 2011-11-14 09:31:30
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-11-14 17:59:40
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首先，那个towhee软件在汽液相平衡的MC模拟是可以用于液液相平衡的模拟，用他可以计算得到物系的相关热力学参数，如晗、墒。。。进而了解你的体系。 其次，可以用cpmd做动力学相关的计算（最好与gromacs相结合），得到动力学相关的output，在做数据处理就可以了。 关键是，这种计算的input文件的书写。 以上谨代表个人建议 |
2楼2011-11-10 17:51:16
ChemiAndy
木虫 (正式写手)
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cenwanglai(金币+4): 谢谢回复~ 2011-11-11 09:21:12
ghcacj(金币+6): 谢谢 2011-11-14 17:59:30
cenwanglai(金币+4): 谢谢回复~ 2011-11-11 09:21:12
ghcacj(金币+6): 谢谢 2011-11-14 17:59:30
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请问你们是要用分子模拟对实验发现进行理论解释是吗？那你们的实验发现是什么？对实验发现提出了什么样的分子机理解释？只有知道了这些才能谈如何设计分子模拟啊。 分子模拟不是对真实体系或过程的重现，对绝大多数过程，尤其是相平衡这类时间跨度大，局部扩散能垒高的过程，模拟也很难再现真实的过程。一个最简单的问题，请问你知道在这类体系中，各种类分子是完全随机均匀混合的，还是以团簇聚集态存在？如果是后者，尺寸有多大，它对组分活度有什么影响？这些问题都是多组分液体理论的前沿，远未解决，怎么能轻易模拟液液相平衡以研究复杂的萃取现象呢？ 那该怎么办呢？关键是你们提出的分子机理解释，看看能否用简单的分子间相互作用计算（gauss）验证一下即可。要提醒的是，现有的分子力学力场，其准确度根本不足以表现液液相平衡中非常微妙的自由能差。举个简单例子，如果组分AB在另外一溶剂之间的分配分别为0.2. 0.4，则其在两态间的自由能差是0.8kcal/mol, 如果加入组分C造成了分配系数改变，很可能自由能差变化远小于0.8，而分子力场的误差(精度)，即使加上极化，也大于1.0kcal/mol，那么一把最小刻度为厘米的尺子怎么量出几个m毫米的差距呢？ |
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xiaomeichen3楼2011-11-11 00:16:33
xiaomeichen
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