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slay3

铜虫 (初入文坛)

[求助] 晶体 气相 液相的问题

各位大虾，本人在进行卟啉分子的优化，所用的原始数据是从CCDC晶体数据库中提取的，构建了卟啉的分子结构，此时用高斯进行优化，探索两个卟啉分子之间的相互作用，高斯默认的是在气相的环境下计算的，晶体原始数据是通过X单晶衍射测得的，计算中是否要考虑气相和液相的问题？？
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1楼 2011-10-24 17:07:36
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zhou2009

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

slay3(金币+1): 但我看了相关资料，上面说卟吩的碳原子与氮原子均采用SP2杂化，他们剩余的一个P轨道被单电子或孤对电子占据（碳和吡啶型的氮提供单个π电子，同氢连接的氮原子提供两个π电子），这些是否是单电子呢？ 2011-10-25 11:44:34
卟吩，不含单电子。
加入了金属形成卟啉配合物后是否有？
这要看是什么金属，象加二价的镁，也不含单电子。
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4楼2011-10-25 10:49:44
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zhou2009

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

slay3(金币+6): 2011-10-25 09:56:05
slay3(金币+1): 谢谢版主，我还是个菜鸟，还有一个问题是，原卟啉即卟吩，是否含有单电子，加入了金属形成卟啉配合物后是否有呢？ 2011-10-25 10:33:14
探索两个卟啉分子之间的相互作用，当你从CCDC晶体数据库中直接提取两个卟啉分子时，构建的二体卟啉的分子结构，进行高斯优化计算时，就自动是在气相的环境下计算的。
晶体数据库中提取的两个卟啉分子坐标优化之后，是气相结果，与晶体会有变化。

由于是两个卟啉分子之间的相互作用，在方法上要考虑电子相关，如b97d。

[ Last edited by zhou2009 on 2011-10-24 at 17:40 ]
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2楼2011-10-24 17:39:02
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zhou2009

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
gmy1990(金币+3): 2011-10-25 13:03:47
最好不要只取一个卟啉分子优化，再两个放在一起。

直接提取两个卟啉分子时，这两个分子之间的相互作用的基本格局已经就有了，比如两个卟啉分子的错位、两个卟啉分子取代基之间是否有氢健等，自己拿两个卟啉分子去摆并不容易。

当然，晶体中的两个分子的原子编号不会是先一个分子、后一个分子地，而是在二个分子之间交错的。我们在GV中可以令其显示各原子编号，从而知道两个分子中原子的编号。当我们要拆分二者时，按这个编号即可。这在作两个卟啉分子之间的作用，看电子密度差时，需要这样作。
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3楼2011-10-25 10:41:28
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zhou2009

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

碳和吡啶型的氮提供单个π电子，这单个π电子在卟吩中形成了18个离域的π电子芳香环，所以不是单电子。




[ Last edited by zhou2009 on 2011-10-25 at 15:39 ]
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5楼2011-10-25 12:58:04
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