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slay3

铜虫 (初入文坛)

[求助] 晶体 气相 液相的问题

各位大虾,本人在进行卟啉分子的优化,所用的原始数据是从CCDC晶体数据库中提取的,构建了卟啉的分子结构,此时用高斯进行优化,探索两个卟啉分子之间的相互作用,高斯默认的是在气相的环境下计算的,晶体原始数据是通过X单晶衍射测得的,计算中是否要考虑气相和液相的问题??
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zhou2009

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【答案】应助回帖

碳和吡啶型的氮提供单个π电子,这单个π电子在卟吩中形成了18个离域的π电子芳香环,所以不是单电子。




[ Last edited by zhou2009 on 2011-10-25 at 15:39 ]
5楼2011-10-25 12:58:04
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zhou2009

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【答案】应助回帖

slay3(金币+6): 2011-10-25 09:56:05
slay3(金币+1): 谢谢版主,我还是个菜鸟,还有一个问题是,原卟啉即卟吩,是否含有单电子,加入了金属形成卟啉配合物后是否有呢? 2011-10-25 10:33:14
探索两个卟啉分子之间的相互作用,当你从CCDC晶体数据库中直接提取两个卟啉分子时,构建的二体卟啉的分子结构,进行高斯优化计算时,就自动是在气相的环境下计算的。
晶体数据库中提取的两个卟啉分子坐标优化之后,是气相结果,与晶体会有变化。

由于是两个卟啉分子之间的相互作用,在方法上要考虑电子相关,如b97d。

[ Last edited by zhou2009 on 2011-10-24 at 17:40 ]
2楼2011-10-24 17:39:02
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zhou2009

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【答案】应助回帖

★ ★ ★
gmy1990(金币+3): 2011-10-25 13:03:47
最好不要只取一个卟啉分子优化,再两个放在一起。

直接提取两个卟啉分子时,这两个分子之间的相互作用的基本格局已经就有了,比如两个卟啉分子的错位、两个卟啉分子取代基之间是否有氢健等,自己拿两个卟啉分子去摆并不容易。

当然,晶体中的两个分子的原子编号不会是先一个分子、后一个分子地,而是在二个分子之间交错的。我们在GV中可以令其显示各原子编号,从而知道两个分子中原子的编号。当我们要拆分二者时,按这个编号即可。这在作两个卟啉分子之间的作用,看电子密度差时,需要这样作。
3楼2011-10-25 10:41:28
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zhou2009

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

slay3(金币+1): 但我看了相关资料,上面说卟吩的碳原子与氮原子均采用SP2杂化,他们剩余的一个P轨道被单电子或孤对电子占据(碳和吡啶型的氮提供单个π电子,同氢连接的氮原子提供两个π电子),这些是否是单电子呢? 2011-10-25 11:44:34
卟吩,不含单电子。
加入了金属形成卟啉配合物后是否有?
这要看是什么金属,象加二价的镁,也不含单电子。
4楼2011-10-25 10:49:44
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