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helitrope

新虫 (小有名气)

[求助] 怎样计算氨基酸PKa值

我想计算一个蛋白中某个酸性氨基酸的PKa值，请问各位，应该怎样实现?
可不可以说得具体一些。
非常感谢，金币不多，只能送给两位应助者，还请原谅。
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1楼 2011-10-15 14:33:02
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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫
★ ★
gmy1990(金币+2): 2011-10-16 09:16:24
可以通过热力学积分方法获得电离前后的自由能差，以此获得PKa。
可以参考Amber的这个教程http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial6/
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helitrope
2楼2011-10-15 18:36:28
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helitrope

新虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by sobereva at 2011-10-15 18:36:28:
可以通过热力学积分方法获得电离前后的自由能差，以此获得PKa。
可以参考Amber的这个教程http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial6/

谢谢你，请问怎样给你分啊
呵呵，我用了几个软件，H++,PROPKA
但是计算得到的结果不一样，因此想找一个更精确的方法。
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3楼2011-10-15 20:49:53
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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫
★ ★
gmy1990(金币+2): 2011-10-16 09:16:38
金币你留着吧。
从原理上讲最严格的就是诸如热力学积分/自由能微扰这类方法，由于要通过动力学模拟，所以耗时较长，做起来也相对麻烦。如果不是专门研究pka问题，不需要搞得这么复杂，用一些现成的、经验性的工具就可以了。你说的H++、PROPKA，以及PCE-pKa、Karlsberg+等等，都是通过经验方法，或者使用形式较简单的模型来快速获得pKa的方法。由于原理、数值求解过程存在差异，结果不可能总是很相符。权衡一下结果，在你的研究中注明用什么程序获得的pKa就行了。
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4楼2011-10-16 00:14:11
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gzgzgz

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by helitrope at 2011-10-15 20:49:53:
谢谢你，请问怎样给你分啊
呵呵，我用了几个软件，H++,PROPKA
但是计算得到的结果不一样，因此想找一个更精确的方法。

精确计算pka是很难的事，你说的那几个服务器都做了好几级近似，乃至有些都不真正认为那些基团是可滴定的，或者使用平均场近似，动力学效应当然无悬念的忽略，phemto和pheps服务器做的比较好，另外mcce也可以考虑
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helitrope
5楼2011-10-16 07:07:26
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linzhongaiguo

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

helitrope(金币+25): 谢谢您 2011-10-16 12:44:35
ACD-Labs 可以预测pKa值
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helitrope
DFT
6楼2011-10-16 09:43:55
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helitrope

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by sobereva at 2011-10-16 00:14:11:
金币你留着吧。
从原理上讲最严格的就是诸如热力学积分/自由能微扰这类方法，由于要通过动力学模拟，所以耗时较长，做起来也相对麻烦。如果不是专门研究pka问题，不需要搞得这么复杂，用一些现成的、经验性的工具 ...

sobereva
竟然是您，刚开始没有注意名字，今天过来一看，竟然是您！
真的太感谢您了，您帮过我很多！！
a thousands thanks
best wishes!!
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7楼2011-10-16 12:46:45
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helitrope

新虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
5楼: Originally posted by gzgzgz at 2011-10-16 07:07:26:
精确计算pka是很难的事，你说的那几个服务器都做了好几级近似，乃至有些都不真正认为那些基团是可滴定的，或者使用平均场近似，动力学效应当然无悬念的忽略，phemto和pheps服务器做的比较好，另外mcce也可以考虑

真的很感谢您，可是评分的时候，因为您不是应助帖子，所以没有办法给您评分。
真的很感谢您了！
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8楼2011-10-16 12:48:34
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helitrope

新虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by linzhongaiguo at 2011-10-16 09:43:55:
ACD-Labs 可以预测pKa值

呵呵，非常感谢您！
我今天用Discovery Studio计算了一下PKa值，结果与PROPKA的值比较近似，可是也还是有一些出入，我再用您说的软件试一下，非常感谢您！
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9楼2011-10-16 12:53:33
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basinlotus

新虫 (初入文坛)
要精确计算的话需要量化计算，但是对于氨基酸来说也仍然比较困难。
可以参考这篇文章，附件里有输入文件的模版。
J. Phys. Chem. A, 2018, 122 (17), pp 4366–4374
DOI: 10.1021/acs.jpca.8b01751
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10楼2018-11-03 00:01:52
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