应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 怎样计算氨基酸PKa值
101/1返回列表
查看: 3245  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

helitrope

新虫 (小有名气)

[求助] 怎样计算氨基酸PKa值

我想计算一个蛋白中某个酸性氨基酸的PKa值，请问各位，应该怎样实现?
可不可以说得具体一些。
非常感谢，金币不多，只能送给两位应助者，还请原谅。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2011-10-15 14:33:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫
★ ★
gmy1990(金币+2): 2011-10-16 09:16:24
可以通过热力学积分方法获得电离前后的自由能差，以此获得PKa。
可以参考Amber的这个教程http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial6/
赞一下(1人) 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

helitrope
2楼2011-10-15 18:36:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

helitrope

新虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by sobereva at 2011-10-15 18:36:28:
可以通过热力学积分方法获得电离前后的自由能差，以此获得PKa。
可以参考Amber的这个教程http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial6/

谢谢你，请问怎样给你分啊
呵呵，我用了几个软件，H++,PROPKA
但是计算得到的结果不一样，因此想找一个更精确的方法。
赞一下 回复此楼
3楼2011-10-15 20:49:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫
★ ★
gmy1990(金币+2): 2011-10-16 09:16:38
金币你留着吧。
从原理上讲最严格的就是诸如热力学积分/自由能微扰这类方法，由于要通过动力学模拟，所以耗时较长，做起来也相对麻烦。如果不是专门研究pka问题，不需要搞得这么复杂，用一些现成的、经验性的工具就可以了。你说的H++、PROPKA，以及PCE-pKa、Karlsberg+等等，都是通过经验方法，或者使用形式较简单的模型来快速获得pKa的方法。由于原理、数值求解过程存在差异，结果不可能总是很相符。权衡一下结果，在你的研究中注明用什么程序获得的pKa就行了。
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2011-10-16 00:14:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gzgzgz

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by helitrope at 2011-10-15 20:49:53:
谢谢你，请问怎样给你分啊
呵呵，我用了几个软件，H++,PROPKA
但是计算得到的结果不一样，因此想找一个更精确的方法。

精确计算pka是很难的事，你说的那几个服务器都做了好几级近似，乃至有些都不真正认为那些基团是可滴定的，或者使用平均场近似，动力学效应当然无悬念的忽略，phemto和pheps服务器做的比较好，另外mcce也可以考虑
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

helitrope
5楼2011-10-16 07:07:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

linzhongaiguo

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

helitrope(金币+25): 谢谢您 2011-10-16 12:44:35
ACD-Labs 可以预测pKa值
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

helitrope
DFT
6楼2011-10-16 09:43:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

helitrope

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by sobereva at 2011-10-16 00:14:11:
金币你留着吧。
从原理上讲最严格的就是诸如热力学积分/自由能微扰这类方法，由于要通过动力学模拟，所以耗时较长，做起来也相对麻烦。如果不是专门研究pka问题，不需要搞得这么复杂，用一些现成的、经验性的工具 ...

sobereva
竟然是您，刚开始没有注意名字，今天过来一看，竟然是您！
真的太感谢您了，您帮过我很多！！
a thousands thanks
best wishes!!
赞一下 回复此楼
7楼2011-10-16 12:46:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

helitrope

新虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
5楼: Originally posted by gzgzgz at 2011-10-16 07:07:26:
精确计算pka是很难的事，你说的那几个服务器都做了好几级近似，乃至有些都不真正认为那些基团是可滴定的，或者使用平均场近似，动力学效应当然无悬念的忽略，phemto和pheps服务器做的比较好，另外mcce也可以考虑

真的很感谢您，可是评分的时候，因为您不是应助帖子，所以没有办法给您评分。
真的很感谢您了！
赞一下 回复此楼
8楼2011-10-16 12:48:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

helitrope

新虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by linzhongaiguo at 2011-10-16 09:43:55:
ACD-Labs 可以预测pKa值

呵呵，非常感谢您！
我今天用Discovery Studio计算了一下PKa值，结果与PROPKA的值比较近似，可是也还是有一些出入，我再用您说的软件试一下，非常感谢您！
赞一下 回复此楼
9楼2011-10-16 12:53:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

basinlotus

新虫 (初入文坛)
要精确计算的话需要量化计算，但是对于氨基酸来说也仍然比较困难。
可以参考这篇文章，附件里有输入文件的模版。
J. Phys. Chem. A, 2018, 122 (17), pp 4366–4374
DOI: 10.1021/acs.jpca.8b01751
赞一下 回复此楼
10楼2018-11-03 00:01:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 helitrope 的主题更新
101/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 面上函评意见出来了，像什么等级？ 20+4 Tsingking1 2026-08-27 15/750 2026-09-01 12:23 by icm639
[基金申请] 麻烦专家们看看评委们的意见（F口面上） +7 gdd2018 2026-08-28 12/600 2026-09-01 08:32 by 尼古拉斯小虫
[基金申请] 怎么看青基中了没有啊 +6 叶九微 2026-08-26 6/300 2026-08-31 23:54 by yudaoqian88
[基金申请] 投票:  有多少人是今天查系统知道结果的？ +17 爱看书的可乐 2026-08-26 19/950 2026-08-31 21:30 by xiangy672
[基金申请] 基金未中，这种答复是模板吗？ +6 zhaosm1982 2026-08-27 7/350 2026-08-31 21:18 by qdxxmc
[基金申请] 哪位高人中了，把查询到的截图贴出来让我看看，让我长长见识 +6 yuleib84 2026-08-26 7/350 2026-08-31 19:46 by 鱼翔浅底1
[基金申请] 面上意见出来了 +12 黄鸟于飞Chao 2026-08-29 23/1150 2026-08-31 18:57 by 黄鸟于飞Chao
[基金申请] 中青基了要发朋友圈吗？ +7 349506619 2026-08-28 7/350 2026-08-31 13:39 by 冼亮淀粉酶
[基金申请] 29号明天会评吗 +4 笨笨唐 2026-08-28 4/200 2026-08-31 09:30 by huixian257
[基金申请] 为什么到现在没收到通知？ +5 tannykie 2026-08-29 5/250 2026-08-30 21:05 by purplejack
[基金申请] 我就是申请一个面上项目而已，这评审意见是按照杰青的条件评的吧？ +6 gouxfjh 2026-08-28 11/550 2026-08-30 07:57 by gouxfjh
[基金申请] 国自然面上复盘~欢迎讨论 (金币+15) +15 晴天加油 2026-08-26 16/800 2026-08-29 18:28 by symmetry
[基金申请] 2026年叶企孙基金 +4 bud_bud 2026-08-27 7/350 2026-08-29 07:23 by foolishmani
[基金申请] 看板上这么多中的，有点像50人群里49个人都是骗子的那种感觉…… +5 a089 2026-08-26 6/300 2026-08-27 14:05 by jonewore
[基金申请] 我不理解！ +15 Edward_pc 2026-08-26 23/1150 2026-08-26 20:34 by zzuzxg
[基金申请] 2026年8月25日国自然放榜前突然收到列入评审专家邮件，有关系吗？ +25 木水思豆 2026-08-25 28/1400 2026-08-26 14:53 by draco1987
[基金申请] 国合里面能看到了 +7 一怀馨秋 2026-08-26 7/350 2026-08-26 11:23 by zhaosm1982
[基金申请] 系统进不去 +4 yanglien 2026-08-26 5/250 2026-08-26 11:10 by wenfengw83
[基金申请] 国合可查了 +3 paperzjh 2026-08-26 3/150 2026-08-26 10:41 by LemmonTr
[基金申请] 今天务委会开完了，明天出结果吗 +19 angus9576 2026-08-25 23/1150 2026-08-26 10:03 by zp519
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭