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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 怎样计算氨基酸PKa值
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helitrope

新虫 (小有名气)

[求助] 怎样计算氨基酸PKa值

我想计算一个蛋白中某个酸性氨基酸的PKa值，请问各位，应该怎样实现?
可不可以说得具体一些。
非常感谢，金币不多，只能送给两位应助者，还请原谅。
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1楼2011-10-15 14:33:02
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basinlotus

新虫 (初入文坛)
要精确计算的话需要量化计算，但是对于氨基酸来说也仍然比较困难。
可以参考这篇文章，附件里有输入文件的模版。
J. Phys. Chem. A, 2018, 122 (17), pp 4366–4374
DOI: 10.1021/acs.jpca.8b01751
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10楼2018-11-03 00:01:52
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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫
★ ★
gmy1990(金币+2): 2011-10-16 09:16:24
可以通过热力学积分方法获得电离前后的自由能差，以此获得PKa。
可以参考Amber的这个教程http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial6/
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helitrope
2楼2011-10-15 18:36:28
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helitrope

新虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by sobereva at 2011-10-15 18:36:28:
可以通过热力学积分方法获得电离前后的自由能差，以此获得PKa。
可以参考Amber的这个教程http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial6/

谢谢你，请问怎样给你分啊
呵呵，我用了几个软件，H++,PROPKA
但是计算得到的结果不一样，因此想找一个更精确的方法。
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3楼2011-10-15 20:49:53
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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫
★ ★
gmy1990(金币+2): 2011-10-16 09:16:38
金币你留着吧。
从原理上讲最严格的就是诸如热力学积分/自由能微扰这类方法，由于要通过动力学模拟，所以耗时较长，做起来也相对麻烦。如果不是专门研究pka问题，不需要搞得这么复杂，用一些现成的、经验性的工具就可以了。你说的H++、PROPKA，以及PCE-pKa、Karlsberg+等等，都是通过经验方法，或者使用形式较简单的模型来快速获得pKa的方法。由于原理、数值求解过程存在差异，结果不可能总是很相符。权衡一下结果，在你的研究中注明用什么程序获得的pKa就行了。
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4楼2011-10-16 00:14:11
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