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coolrainbow木虫 (著名写手)
未来国家冻凉
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请问下ligplot的问题
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我有个蛋白质-配体复合物的pdb文件，其中配体id为189，我用下面的命令： ligplot a.pdb 189 189 I 结果输出的图像里只有189这个单独的配体。是不是我得手动把与配体作用的残基的id都改成189连续的才能画呢? |
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xd200620940
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【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★
zh1987hs(金币+5): 谢谢！学到一招~哈哈 2011-10-16 13:03:53
coolrainbow(金币+10): 谢谢你的帮助，我知道我的错误了 2011-10-17 10:03:17
zh1987hs(金币+5): 谢谢！学到一招~哈哈 2011-10-16 13:03:53
coolrainbow(金币+10): 谢谢你的帮助，我知道我的错误了 2011-10-17 10:03:17
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不是。出现你所遇到的问题，大概问题是出在pdb文件上。不知道你得pdb文件是如何得到的，是docking，还是md，或是其他方法。判定一个pdb文件能否被用于ligplot，一个先前的检验办法是：用chemoffcie打开pdb文件，view >>model explorer, 如果是pdb文件格式正确的话会出现，chain X(链标号) > Fragment 和 ligand. 如果不是的话，修改pdb文件。 请先尝试，如果还有问题，再探讨。 |
2楼2011-10-15 23:19:04
coolrainbow
木虫 (著名写手)
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3楼2011-10-17 10:11:16
