3楼: Originally posted by tlger at 2011-09-11 13:01:41:
对于第二种情况请问如何在md中退火模拟呢？

1楼: Originally posted by tlger at 2011-09-09 09:18:27:
1、对高聚物模拟必须进行退火模拟吗？
2、如果没退火，只达到局部最小化而不是全局最小化，这在最终的结果中能够看出来吗？

2楼: Originally posted by yahoohoo at 2011-09-10 01:40:57:
1. 取决于你考虑的体系。比如考虑高分子单链在溶液中的构象，普通的Monte Carlo或者MD就可以，不需要模拟退火。

2. 在大部分具有复杂势能面的体系中，很难达到全局最小值。同时也很难在严格意义上证明你达到全 ...

4楼: Originally posted by yahoohoo at 2011-09-12 15:52:16:
模拟退火利用的原理是高温下体系可以轻易地跨过自由能垒。在MD中，你可以使系统逐步极小幅度地降温。你可以比较由不同初始构象出发模拟的结果是否一致，从而预测是否达到能量最小。不过这仍然不是严格的证明。