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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 求膜的弹性模量，用傅里叶变换请问这样做对吗？
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ruthxu

金虫 (正式写手)

[求助] 求膜的弹性模量，用傅里叶变换请问这样做对吗？

这样做对吗？有求过膜的弹性模量的同学，可以交流一下吗？
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Betterlatethannever!
1楼 2011-09-07 11:02:24
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ruthxu

金虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by yahoohoo at 2011-09-08 00:09:24:
建议你先考虑NVT系综。

为什么不能达到tensionless状态？在另一个帖子的回复中我不是已经建议你改变Projected Area Per Lipid以获得tensionless bilayer吗？

你是怎么由midplane height field的傅立叶变换 ...

O. Farago, The Journal of Chemical Physics 119 (1), 596 (2003).

方法一句两句我也说不清楚，弯曲模量的计算方法类似这篇文献中的方法，你可以看一下
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Betterlatethannever!
6楼2011-10-20 19:16:40
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yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-09-07 15:36:16
ruthxu(金币+20): 2011-10-20 19:22:13
ruthxu(金币+20): 2011-12-19 10:02:48
引用回帖:
1楼: Originally posted by ruthxu at 2011-09-07 11:02:24:
这样做对吗？有求过膜的弹性模量的同学，可以交流一下吗？

弹性模量是指bending rigidity(modulus)吧。

你可以按照自己引用的公式计算一下，再与实验值或者其他分子模拟的结果比较，如果吻合就说明计算是对的。

另：当膜的面积较大时，你可以考虑快速傅立叶变换。
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2楼2011-09-07 15:23:34
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ruthxu

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by yahoohoo at 2011-09-07 15:23:34:
弹性模量是指bending rigidity(modulus)吧。

你可以按照自己引用的公式计算一下，再与实验值或者其他分子模拟的结果比较，如果吻合就说明计算是对的。

另：当膜的面积较大时，你可以考虑快速傅立叶变换。

问题就在傅里叶变换了， 我不知道自己计算的对不对？

和别人的结果对比，自己的计算不在合理范围内。

我是用分子动力学模拟，现在有两个地方可能出错：

1 我的模拟结果不能达到zero tension

2 我引用的公式计算过程有问题

可这两个问题我都不能确定。gromacs MD模拟 NPT(semiistropic) nvt 两个系综得到的结果surface tension 都不为0； 而引用的公式用到傅里叶变换，第一次用不知道自己计算的对不对？
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Betterlatethannever!
3楼2011-09-07 21:30:33
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yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-09-08 14:36:56
引用回帖:
3楼: Originally posted by ruthxu at 2011-09-07 21:30:33:
问题就在傅里叶变换了， 我不知道自己计算的对不对？

和别人的结果对比，自己的计算不在合理范围内。

我是用分子动力学模拟，现在有两个地方可能出错：

1 我的模拟结果不能达到zero tension

2 我引用 ...

建议你先考虑NVT系综。

为什么不能达到tensionless状态？在另一个帖子的回复中我不是已经建议你改变Projected Area Per Lipid以获得tensionless bilayer吗？

你是怎么由midplane height field的傅立叶变换计算bending rigidity的呢？
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4楼2011-09-08 00:09:24
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