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求膜的弹性模量,用傅里叶变换请问这样做对吗?
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ruthxu
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求膜的弹性模量,用傅里叶变换请问这样做对吗?
这样做对吗?有求过膜的弹性模量的同学,可以交流一下吗?
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1楼
2011-09-07 11:02:24
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ruthxu
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2楼
:
Originally posted by
yahoohoo
at 2011-09-07 15:23:34:
弹性模量是指bending rigidity(modulus)吧。
你可以按照自己引用的公式计算一下,再与实验值或者其他分子模拟的结果比较,如果吻合就说明计算是对的。
另:当膜的面积较大时,你可以考虑快速傅立叶变换。
问题就在傅里叶变换了, 我不知道自己计算的对不对?
和别人的结果对比,自己的计算不在合理范围内。
我是用分子动力学模拟,现在有两个地方可能出错:
1 我的模拟结果不能达到zero tension
2 我引用的公式计算过程有问题
可这两个问题我都不能确定。gromacs MD模拟 NPT(semiistropic) nvt 两个系综得到的结果surface tension 都不为0; 而引用的公式用到傅里叶变换,第一次用不知道自己计算的对不对?
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3楼
2011-09-07 21:30:33
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★ ★ ★
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-09-07 15:36:16
ruthxu(金币+20): 2011-10-20 19:22:13
ruthxu(金币+20): 2011-12-19 10:02:48
引用回帖:
1楼
:
Originally posted by
ruthxu
at 2011-09-07 11:02:24:
这样做对吗?有求过膜的弹性模量的同学,可以交流一下吗?
弹性模量是指bending rigidity(modulus)吧。
你可以按照自己引用的公式计算一下,再与实验值或者其他分子模拟的结果比较,如果吻合就说明计算是对的。
另:当膜的面积较大时,你可以考虑快速傅立叶变换。
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2楼
2011-09-07 15:23:34
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ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-09-08 14:36:56
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3楼
:
Originally posted by
ruthxu
at 2011-09-07 21:30:33:
问题就在傅里叶变换了, 我不知道自己计算的对不对?
和别人的结果对比,自己的计算不在合理范围内。
我是用分子动力学模拟,现在有两个地方可能出错:
1 我的模拟结果不能达到zero tension
2 我引用 ...
建议你先考虑NVT系综。
为什么不能达到tensionless状态?在另一个帖子的回复中我不是已经建议你改变Projected Area Per Lipid以获得tensionless bilayer吗?
你是怎么由midplane height field的傅立叶变换计算bending rigidity的呢?
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4楼
2011-09-08 00:09:24
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ruthxu
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4楼
:
Originally posted by
yahoohoo
at 2011-09-08 00:09:24:
建议你先考虑NVT系综。
为什么不能达到tensionless状态?在另一个帖子的回复中我不是已经建议你改变Projected Area Per Lipid以获得tensionless bilayer吗?
你是怎么由midplane height field的傅立叶变换 ...
你好,最近有些事一直没上论坛,我看你的方向是膜生物物理学,我现在的方向也是磷脂膜计算机模拟,能不能qq聊。
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Betterlatethannever!
5楼
2011-10-20 19:12:24
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