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澜森

无虫 (初入文坛)


[资源] 如何增加PCR的特异性

如何增加PCR的特异性:
1. primers design
这是最重要的一步。理想的,只同目的序列两侧的单一序列而非其它序列退火的primer要符合下面的 一些条件
1) 足够长,18-24bp,以保证特异性.当然不是说越长越好,太长的primer同样会降低特异性,并且降低产量
2) GC% 40%~60%
3) 5'端和中间序列要多GC,以增加稳定性
4) 避免3'端GC rich, 最后3个BASE不要有GC,或者最后5个有3个不要是GC (有人说:3' 端最好是 GC/CG/CC/GG。)
5) 避免3'端的互补, 否则容易造成DIMER
6) 避免3'端的错配
7) 避免内部形成二级结构
8) 附加序列(RT site, Promoter sequence)加到5'端, 在算Tm值时不算,但在检测互补和二级结构是要加上它们
9) 使用兼并primer时, 要参考密码子使用表,注意生物的偏好性,不要在3'端使用兼并primer,并使用 较高的primer浓度(1uM-3uM)
10) 最好学会使用一种design software. PP5,Oligo6,DNAstar, Vector NTI, Online design et al.   生物http://www.shengwu114.com/
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傻瓜天使2

新虫 (初入文坛)


★★★ 三星级,支持鼓励

嗯,好的,谢谢指导
3楼2011-09-01 17:02:34
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澜森

无虫 (初入文坛)


2. stability of primers
定制primer的标准纯度对于大多数PCR应用是足够的。
primer产量受合成化学的效率及纯化方法的影响。定制primer以干粉形式运输。最好在TE重溶primer,使其最终浓度为100μM。TE比去离子水好,因为水的pH经常偏酸,会引起寡核甘的水解。 primer的稳定性依赖于储存条件。应将干粉和溶解的primer储存在-20℃。以大于10μM浓度溶于TE的primer在 -20℃可以稳定保存6个月,但在室温(15℃到30℃)仅能保存不到1周。干粉primer可以在-20℃保存至少1年,在室温(15℃到30℃)最多可以保存2个月
2楼2011-09-01 16:43:55
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x518617

新虫 (初入文坛)



多来点技术资料之类的,
现在做实验我可缺少这些经验了。
LZ加油
4楼2011-09-01 17:50:03
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澜森

无虫 (初入文坛)


5楼2011-09-01 17:54:01
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