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如何增加PCR的特异性
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如何增加PCR的特异性： 1. primers design 这是最重要的一步。理想的，只同目的序列两侧的单一序列而非其它序列退火的primer要符合下面的 一些条件 1) 足够长,18-24bp,以保证特异性.当然不是说越长越好,太长的primer同样会降低特异性,并且降低产量 2) GC% 40%~60% 3) 5'端和中间序列要多GC,以增加稳定性 4) 避免3'端GC rich, 最后3个BASE不要有GC,或者最后5个有3个不要是GC (有人说：3' 端最好是 GC/CG/CC/GG。) 5) 避免3'端的互补, 否则容易造成DIMER 6) 避免3'端的错配 7) 避免内部形成二级结构 8) 附加序列(RT site, Promoter sequence)加到5'端, 在算Tm值时不算,但在检测互补和二级结构是要加上它们 9) 使用兼并primer时, 要参考密码子使用表,注意生物的偏好性,不要在3'端使用兼并primer,并使用 较高的primer浓度(1uM-3uM) 10) 最好学会使用一种design software. PP5,Oligo6,DNAstar, Vector NTI, Online design et al. 生物http://www.shengwu114.com/ |
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2. stability of primers 定制primer的标准纯度对于大多数PCR应用是足够的。 primer产量受合成化学的效率及纯化方法的影响。定制primer以干粉形式运输。最好在TE重溶primer，使其最终浓度为100μM。TE比去离子水好，因为水的pH经常偏酸，会引起寡核甘的水解。 primer的稳定性依赖于储存条件。应将干粉和溶解的primer储存在-20℃。以大于10μM浓度溶于TE的primer在 -20℃可以稳定保存6个月，但在室温（15℃到30℃）仅能保存不到1周。干粉primer可以在-20℃保存至少1年，在室温（15℃到30℃）最多可以保存2个月 |
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