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飞翔的诗人

银虫 (小有名气)

[求助] 1.5kb的 PCR目的序列GC含量高达67%,引物Tm值达90℃,怎么P比较好?

本人根据目的序列的CDS区设计出引物,由于目的序列本身GC含量达67%,设计出的引物GC含量也超过了60%,oligo给出的两条引物的Tm值均在90℃左右,其推荐的退火温度为68.4℃(最高72度),
上游 5'-tcGAATTCatgtcccagc ccgacgccac cccgtt-3' (EcoR I酶切位点)
下游 5'-tctAAGCTTtcaggctccg gcccggttga ggacg-3'(Hind III酶切位点)
oligo最后给引物的PCR评价没问题,不过这么高的GC含量,该怎么P比较好?如果是用带GC缓冲液的Taq酶,梯度PCR反应条件该如何设计?
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peace12039088

银虫 (小有名气)

★ ★ ★
西瓜(金币+3): Good! 2011-08-29 17:52:10
就我做过的梯度PCR而言,其反应体系和一般PCR体系是一样的,只是在P的时候放在梯度PCR仪中进行而已,从左至右12个孔又12个不同的温度,其中第一孔与最后一孔分别是你梯度范围的最低、最高温度(梯度范围需在在PCR仪上设好)。此外,针对GC含量高的问题,我选的是可扩展高GC含量的Taq 及GC buffer,DMSO没有亲自用过,据说添加体系有些繁琐。还有引物设计软件显示的Tm值不一定就是实际扩增时的Tm值。总之做下梯度应该有所收获。
9楼2011-08-29 16:47:15
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空谷幽风

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
飞翔的诗人(金币+10): 5 2011-08-29 14:49:28
西瓜(金币+3): Good 2011-08-29 17:50:35
1.建议你把保护碱基的数量增加到4-5个
2.你说的GC缓冲液我没用过,不过你可以在扩增体系中加入DMSO,扩增程序可以这么设置看看行不行:
96℃  5min
96℃  30s
63℃  20s
72℃  2min
设置30个循环,每个循环降0.2
a?,c??ae~?a,EURc§?c?μé-,cs,,a‘?é?“i1/4?i1/4?i1/4?i1/4?
2楼2011-08-29 13:19:19
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飞翔的诗人

银虫 (小有名气)

谢谢你的回复,有几个问题再问下,首先是为什么要加上4-5个保护碱基,还有加入DMSO起了什么作用,每个循环降0.2是指退火温度降0.2度吗?
3楼2011-08-29 14:56:14
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blackrose8089

铁杆木虫 (职业作家)

呵呵,我们做的物种GC含量平均还在66%左右!
jiayoubashaonian
4楼2011-08-29 14:58:08
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