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jj2006

木虫 (小有名气)

[求助] amber中硅原子键参数如何获取?

用amber做动力学计算涉及到了硅烷化试剂分子,但是amber力场里面好像没有对应的硅原子的力学参数,怎样才能获取相应的力学参数,求高手指教!!!

[ Last edited by jj2006 on 2011-8-28 at 15:58 ]
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dubo

金虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-08-28 22:56:17
jj2006(金币+3): 谢谢,能不能具体点怎么用prodrg操作呢? 2011-08-29 14:07:21
查文献吧!
要么用PRODRG,然后改格式
2楼2011-08-28 22:31:15
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dubo

金虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★
jj2006(金币+5): thanks! 2011-08-30 11:23:49
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-08-31 22:52:44
3楼2011-08-29 22:52:32
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jj2006

木虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by dubo at 2011-08-29 22:52:32:
http://davapc1.bioch.dundee.ac.uk/prodrg/

这有手册

可惜里面暂时无法识别SI
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4楼2011-08-30 12:53:05
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saabx

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by dubo at 2011-08-28 22:31:15:
查文献吧!
要么用PRODRG,然后改格式

请问下PRODRG不是96立场吗?和AMBER应该不一样啊,请指点!
5楼2011-08-31 09:11:40
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shengxiang

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-09-21 21:44:10
jj2006(金币+2): 谢谢 2011-09-21 21:47:24
amber里就是没有Si的,还是想想用别的力场吧
6楼2011-09-21 10:11:53
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jj2006

木虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by shengxiang at 2011-09-21 10:11:53:
amber里就是没有Si的,还是想想用别的力场吧

别的立场可以和amber兼容吗?立场参数在哪里找?我搜了很多文献,收获很少啊......
it‘snottimetomakeadecision,it'stimetomakemistakes!
7楼2011-09-21 21:48:46
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shengxiang

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖


ghcacj(金币+1): 谢谢 2011-09-22 13:53:01
jj2006(金币+1): 谢谢 2011-10-27 19:46:24
引用回帖:
7楼: Originally posted by jj2006 at 2011-09-21 21:48:46:
别的立场可以和amber兼容吗?立场参数在哪里找?我搜了很多文献,收获很少啊......

确实是不好找,不知道你是否可以选择诸如OPLS力场
8楼2011-09-22 08:39:30
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

引用回帖:
755743楼: Originally posted by jj2006 at 2011-08-28 15:50:37
用amber做动力学计算涉及到了硅烷化试剂分子,但是amber力场里面好像没有对应的硅原子的力学参数,怎样才能获取相应的力学参数,求高手指教!!!

一定要用AMBER吗?如果是gromacs我有办法
9楼2012-06-09 14:07:50
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