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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » amber中硅原子键参数如何获取？
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jj2006

木虫 (小有名气)

[求助] amber中硅原子键参数如何获取？

用amber做动力学计算涉及到了硅烷化试剂分子，但是amber力场里面好像没有对应的硅原子的力学参数，怎样才能获取相应的力学参数，求高手指教！！！

[ Last edited by jj2006 on 2011-8-28 at 15:58 ]
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it‘snottimetomakeadecision，it'stimetomakemistakes！
1楼 2011-08-28 15:50:37
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dubo

金虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-08-28 22:56:17
jj2006(金币+3): 谢谢，能不能具体点怎么用prodrg操作呢？ 2011-08-29 14:07:21
查文献吧！
要么用PRODRG，然后改格式
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2楼2011-08-28 22:31:15
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dubo

金虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★
jj2006(金币+5): thanks！ 2011-08-30 11:23:49
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-08-31 22:52:44
http://davapc1.bioch.dundee.ac.uk/prodrg/

这有手册
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3楼2011-08-29 22:52:32
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jj2006

木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by dubo at 2011-08-29 22:52:32:
http://davapc1.bioch.dundee.ac.uk/prodrg/

这有手册

可惜里面暂时无法识别SI
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it‘snottimetomakeadecision，it'stimetomakemistakes！
4楼2011-08-30 12:53:05
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saabx

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by dubo at 2011-08-28 22:31:15:
查文献吧！
要么用PRODRG，然后改格式

请问下PRODRG不是96立场吗？和AMBER应该不一样啊，请指点！
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5楼2011-08-31 09:11:40
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shengxiang

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-09-21 21:44:10
jj2006(金币+2): 谢谢 2011-09-21 21:47:24
amber里就是没有Si的，还是想想用别的力场吧
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6楼2011-09-21 10:11:53
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jj2006

木虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by shengxiang at 2011-09-21 10:11:53:
amber里就是没有Si的，还是想想用别的力场吧

别的立场可以和amber兼容吗？立场参数在哪里找？我搜了很多文献，收获很少啊......
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it‘snottimetomakeadecision，it'stimetomakemistakes！
7楼2011-09-21 21:48:46
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shengxiang

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
ghcacj(金币+1): 谢谢 2011-09-22 13:53:01
jj2006(金币+1): 谢谢 2011-10-27 19:46:24
引用回帖:
7楼: Originally posted by jj2006 at 2011-09-21 21:48:46:
别的立场可以和amber兼容吗？立场参数在哪里找？我搜了很多文献，收获很少啊......

确实是不好找，不知道你是否可以选择诸如OPLS力场
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8楼2011-09-22 08:39:30
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
引用回帖:
755743楼: Originally posted by jj2006 at 2011-08-28 15:50:37
用amber做动力学计算涉及到了硅烷化试剂分子，但是amber力场里面好像没有对应的硅原子的力学参数，怎样才能获取相应的力学参数，求高手指教！！！

一定要用AMBER吗？如果是gromacs我有办法
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9楼2012-06-09 14:07:50
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