应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » amber中硅原子键参数如何获取？
91/1返回列表
查看: 2047  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

jj2006

木虫 (小有名气)

[求助] amber中硅原子键参数如何获取？

用amber做动力学计算涉及到了硅烷化试剂分子，但是amber力场里面好像没有对应的硅原子的力学参数，怎样才能获取相应的力学参数，求高手指教！！！

[ Last edited by jj2006 on 2011-8-28 at 15:58 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
it‘snottimetomakeadecision，it'stimetomakemistakes！
1楼 2011-08-28 15:50:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dubo

金虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-08-28 22:56:17
jj2006(金币+3): 谢谢，能不能具体点怎么用prodrg操作呢？ 2011-08-29 14:07:21
查文献吧！
要么用PRODRG，然后改格式
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2011-08-28 22:31:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dubo

金虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★
jj2006(金币+5): thanks！ 2011-08-30 11:23:49
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-08-31 22:52:44
http://davapc1.bioch.dundee.ac.uk/prodrg/

这有手册
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2011-08-29 22:52:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jj2006

木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by dubo at 2011-08-29 22:52:32:
http://davapc1.bioch.dundee.ac.uk/prodrg/

这有手册

可惜里面暂时无法识别SI
赞一下 回复此楼
it‘snottimetomakeadecision，it'stimetomakemistakes！
4楼2011-08-30 12:53:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

saabx

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by dubo at 2011-08-28 22:31:15:
查文献吧！
要么用PRODRG，然后改格式

请问下PRODRG不是96立场吗？和AMBER应该不一样啊，请指点！
赞一下 回复此楼
5楼2011-08-31 09:11:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shengxiang

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-09-21 21:44:10
jj2006(金币+2): 谢谢 2011-09-21 21:47:24
amber里就是没有Si的，还是想想用别的力场吧
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2011-09-21 10:11:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jj2006

木虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by shengxiang at 2011-09-21 10:11:53:
amber里就是没有Si的，还是想想用别的力场吧

别的立场可以和amber兼容吗？立场参数在哪里找？我搜了很多文献，收获很少啊......
赞一下 回复此楼
it‘snottimetomakeadecision，it'stimetomakemistakes！
7楼2011-09-21 21:48:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shengxiang

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
ghcacj(金币+1): 谢谢 2011-09-22 13:53:01
jj2006(金币+1): 谢谢 2011-10-27 19:46:24
引用回帖:
7楼: Originally posted by jj2006 at 2011-09-21 21:48:46:
别的立场可以和amber兼容吗？立场参数在哪里找？我搜了很多文献，收获很少啊......

确实是不好找，不知道你是否可以选择诸如OPLS力场
赞一下(1人) 回复此楼
8楼2011-09-22 08:39:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
引用回帖:
755743楼: Originally posted by jj2006 at 2011-08-28 15:50:37
用amber做动力学计算涉及到了硅烷化试剂分子，但是amber力场里面好像没有对应的硅原子的力学参数，怎样才能获取相应的力学参数，求高手指教！！！

一定要用AMBER吗？如果是gromacs我有办法
赞一下 回复此楼
9楼2012-06-09 14:07:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 jj2006 的主题更新
91/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 TZqyNTBa07NP 2026-11-13 3/150 2026-11-15 11:14 by xSrQNSSjcgoX
[论文投稿] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 TZqyNTBa07NP 2026-11-13 3/150 2026-11-15 11:03 by xSrQNSSjcgoX
[硕博家园] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 TZqyNTBa07NP 2026-11-13 3/150 2026-11-15 10:52 by xSrQNSSjcgoX
[考博] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +4 TZqyNTBa07NP 2026-11-13 4/200 2026-11-15 09:57 by xSrQNSSjcgoX
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 uKOSCocCb6Fm 2026-11-13 3/150 2026-11-15 05:11 by xSrQNSSjcgoX
[论文投稿] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 uKOSCocCb6Fm 2026-11-12 7/350 2026-11-15 03:10 by xSrQNSSjcgoX
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +4 G2rhSvqvhNzl 2026-11-10 5/250 2026-11-13 11:37 by Equinoxhua
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 gRND4NVAZ8VG 2026-11-11 5/250 2026-11-13 11:15 by Equinoxhua
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +5 C6CRn66RYYXS 2026-11-10 6/300 2026-11-13 11:04 by Equinoxhua
[考博] 27博士申请（市政/环境） +3 ladf 2026-11-12 3/150 2026-11-13 08:19 by Equinoxhua
[考博] 27博士申请 +5 白白白ly 2026-11-09 5/250 2026-11-13 05:01 by wlf1982
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 Z7qfCsdIiD1T 2026-11-10 7/350 2026-11-12 11:31 by HajghKOMynmz
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +5 Z7qfCsdIiD1T 2026-11-10 8/400 2026-11-12 11:22 by HajghKOMynmz
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 czAiolzR0IJC 2026-11-10 8/400 2026-11-12 11:11 by HajghKOMynmz
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +5 czAiolzR0IJC 2026-11-10 6/300 2026-11-12 11:03 by HajghKOMynmz
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 czAiolzR0IJC 2026-11-10 6/300 2026-11-12 11:00 by HajghKOMynmz
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +6 YHiw1gou1Eda 2026-11-10 6/300 2026-11-12 10:08 by HajghKOMynmz
[基金申请] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +6 zSbvVX9JFl9J 2026-11-09 9/450 2026-11-12 09:21 by HajghKOMynmz
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 FChKX8meu1ds 2026-11-09 8/400 2026-11-12 05:30 by 9fOTqj074tIg
[考研] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 Z7qfCsdIiD1T 2026-11-10 4/200 2026-11-12 02:23 by 9fOTqj074tIg
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭