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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 文章被人抢先发了！想用信息学分析改变文章方向。问：信息学分析相关。
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adslye

银虫 (正式写手)

[求助] 文章被人抢先发了！想用信息学分析改变文章方向。问：信息学分析相关。


背景：辛苦做的东西，被洋人先发了！！！！！！！悲剧~~~~~~~~
有一部分数据是一定数量的基因表达量real-time pcr数据和LC-MS数据。测了一个代谢通路中大部分基因，大约20个基因在两种条件，9个连续时间点的表达量（20*2*9=360个数据），以及在这些时间点每个基因对应作用的化合物的含量(360）。这是一个有价值的代谢通路，但很多基因功能研究不深。
本人药学出生，研究生转生物，对于生物信息学，实在是杀不动了
目的：能否通过生物信息学手段从这些数据中挖出点东西，做一篇实验与信息学结合的文章。

想问：
1.这种样本量做聚类分析有意义吗？想把一些各时间点表达趋势相似的基因和化合物聚类。这样可能说明它们受同一些因素调控。
2.同样关联分析可做吗？因为很多基因的功能没被研究，但有几个潜在的转录因子被报道。可以根据转录因子和可能目的基因的表达趋势做关联分析吗？（就是说很可能这个转录因子调控这些基因）
3.如果1或2可行，有哪些软件可以做。
4.有没有其他的信息学手段分析下以上那些数据？因为很可能我病急乱投医想的点子其
实不可行。
5.这样的文章应该发什么样的杂志，因为结合了生物，化学，信息学，但都不深入。有过来人吗？
自己已有思路（重复的想法就不用回复了，多谢）：
1.通过化合物的含量以及基因的表达量，基本可以确定哪些地方是调控的节点。
2.两种诱导条件诱导机制上的差异与关系。调控哪些基因和化合物这个也可以知道。

这次有力的回答的奖励都>10!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!奖池不时补充！！！！！
感谢各位了！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！

[ Last edited by adslye on 2011-8-27 at 15:27 ]
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1楼2011-08-26 17:05:19
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adslye

银虫 (正式写手)
夜间有事，明早回复回帖~~~先谢谢各位了！！！
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2楼2011-08-26 17:07:51
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cexoihtydx

金虫 (正式写手)
嗨，同时天涯沦落人啊，让人心烦的“药改生”。。。
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不放弃，日子总有阳光，追求总有希望！
3楼2011-08-26 19:09:25
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amisking

荣誉版主 (文坛精英)

优秀区长优秀版主
表示慰问。
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如果没有人帮助你，那么你就去帮助别人。
4楼2011-08-26 19:59:40
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adslye

银虫 (正式写手)
感谢楼上二位前辈~~~坐等回复。没有好的建议的话只有自己去试着分析了。
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5楼2011-08-27 07:54:43
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wanhscn

木虫 (职业作家)

哲学@草根

【答案】应助回帖

★ ★ ★
lstt09nk(金币+3): 感谢交流， 2011-08-27 10:36:33
adslye(金币+15): 感谢！思路我懂了。聚类用什么软件做呢？ 2011-08-27 12:21:17
adslye(金币+20): 后面那两贴不是应助，不能给金币。非常感谢！ 2011-08-27 15:25:14
做关联分析要有群体以及相关群体结构数据（软件Tassel， Structure ），如果没有的话，那还不如做转基因研究功能。
聚类是要做，聚类可以对功能的分析提供参考，不过需要多个植物物种包括水稻拟南介的基因序列，这样根据水稻拟南芥的功能情况以及聚类的结果分析你的物种。
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真相是最大的奢侈品
6楼2011-08-27 09:17:04
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wanhscn

木虫 (职业作家)

哲学@草根
引用回帖:
6楼: Originally posted by wanhscn at 2011-08-27 09:17:04:
做关联分析要有群体以及相关群体结构数据（软件Tassel， Structure ），如果没有的话，那还不如做转基因研究功能。
聚类是要做，聚类可以对功能的分析提供参考，不过需要多个植物物种包括水稻拟南介的基因序列， ...

我做标记用了PowerMarker以及NTsys
分析序列的人用Clustal W 以及Mega（4.0）以及figtree 修改聚类、系统进化图的颜色。
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真相是最大的奢侈品
7楼2011-08-27 15:05:59
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wanhscn

木虫 (职业作家)

哲学@草根
网上可以下，看说明书。
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真相是最大的奢侈品
8楼2011-08-27 15:07:19
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jsh0610

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

adslye(金币+5): 恩，感谢~~还有个保底的实验~~ 2011-08-29 09:45:30
帮不上大忙，但是门没有了，窗打开了，别灰心！
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jjii
9楼2011-08-28 22:46:09
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scelab

荣誉版主 (文坛精英)

小木虫之有关部门负责人
试验周期不能太长啊，耗不起啊。。。

以后注意了
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小木虫之有关部门负责人
10楼2011-08-28 22:54:59
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