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adslye银虫 (正式写手)
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文章被人抢先发了！想用信息学分析改变文章方向。问：信息学分析相关。
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 背景：辛苦做的东西，被洋人先发了！！！！！！！悲剧~~~~~~~~ 有一部分数据是一定数量的基因表达量real-time pcr数据和LC-MS数据。测了一个代谢通路中大部分基因，大约20个基因在两种条件，9个连续时间点的表达量（20*2*9=360个数据），以及在这些时间点每个基因对应作用的化合物的含量(360）。这是一个有价值的代谢通路，但很多基因功能研究不深。 本人药学出生，研究生转生物，对于生物信息学，实在是杀不动了 目的：能否通过生物信息学手段从这些数据中挖出点东西，做一篇实验与信息学结合的文章。 想问： 1.这种样本量做聚类分析有意义吗？想把一些各时间点表达趋势相似的基因和化合物聚类。这样可能说明它们受同一些因素调控。 2.同样关联分析可做吗？因为很多基因的功能没被研究，但有几个潜在的转录因子被报道。可以根据转录因子和可能目的基因的表达趋势做关联分析吗？（就是说很可能这个转录因子调控这些基因） 3.如果1或2可行，有哪些软件可以做。 4.有没有其他的信息学手段分析下以上那些数据？因为很可能我病急乱投医想的点子其 实不可行。 5.这样的文章应该发什么样的杂志，因为结合了生物，化学，信息学，但都不深入。有过来人吗？ 自己已有思路（重复的想法就不用回复了，多谢）： 1.通过化合物的含量以及基因的表达量，基本可以确定哪些地方是调控的节点。 2.两种诱导条件诱导机制上的差异与关系。调控哪些基因和化合物这个也可以知道。 这次有力的回答的奖励都>10!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!奖池不时补充！！！！！ 感谢各位了！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！ [ Last edited by adslye on 2011-8-27 at 15:27 ] |
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【答案】应助回帖
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lstt09nk(金币+3): 感谢交流， 2011-08-27 10:36:33
adslye(金币+15): 感谢！思路我懂了。聚类用什么软件做呢？ 2011-08-27 12:21:17
adslye(金币+20): 后面那两贴不是应助，不能给金币。非常感谢！ 2011-08-27 15:25:14
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做关联分析要有群体以及相关群体结构数据（软件Tassel， Structure ），如果没有的话，那还不如做转基因研究功能。 聚类是要做，聚类可以对功能的分析提供参考，不过需要多个植物物种包括水稻拟南介的基因序列，这样根据水稻拟南芥的功能情况以及聚类的结果分析你的物种。 |
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