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adslye银虫 (正式写手)
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[求助]
文章被人抢先发了！想用信息学分析改变文章方向。问：信息学分析相关。
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 背景：辛苦做的东西，被洋人先发了！！！！！！！悲剧~~~~~~~~ 有一部分数据是一定数量的基因表达量real-time pcr数据和LC-MS数据。测了一个代谢通路中大部分基因，大约20个基因在两种条件，9个连续时间点的表达量（20*2*9=360个数据），以及在这些时间点每个基因对应作用的化合物的含量(360）。这是一个有价值的代谢通路，但很多基因功能研究不深。 本人药学出生，研究生转生物，对于生物信息学，实在是杀不动了 目的：能否通过生物信息学手段从这些数据中挖出点东西，做一篇实验与信息学结合的文章。 想问： 1.这种样本量做聚类分析有意义吗？想把一些各时间点表达趋势相似的基因和化合物聚类。这样可能说明它们受同一些因素调控。 2.同样关联分析可做吗？因为很多基因的功能没被研究，但有几个潜在的转录因子被报道。可以根据转录因子和可能目的基因的表达趋势做关联分析吗？（就是说很可能这个转录因子调控这些基因） 3.如果1或2可行，有哪些软件可以做。 4.有没有其他的信息学手段分析下以上那些数据？因为很可能我病急乱投医想的点子其 实不可行。 5.这样的文章应该发什么样的杂志，因为结合了生物，化学，信息学，但都不深入。有过来人吗？ 自己已有思路（重复的想法就不用回复了，多谢）： 1.通过化合物的含量以及基因的表达量，基本可以确定哪些地方是调控的节点。 2.两种诱导条件诱导机制上的差异与关系。调控哪些基因和化合物这个也可以知道。 这次有力的回答的奖励都>10!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!奖池不时补充！！！！！ 感谢各位了！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！ [ Last edited by adslye on 2011-8-27 at 15:27 ] |
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【答案】应助回帖
adslye(金币+30): 很有用！ 2011-09-09 20:45:00
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首先，可以肯定的是，整个研究思路是正确的---生物实验的结果驱动生物信息学分析，后者在反哺前者。 实验的结果，或者你考量的生物学特征直接影响要采用什么模型来分析，比如20个gene，2个condition,9个time point，每个gene的表达量，形成一个矩阵。这些都是你要量化入生物信息学模型中去的。基于你是药学出身，那一定对药代有些了解吧。这样滴话，如何把你的实验结果转化为特征向量应该比较容易一些。在此基础上再了解那些生物信息学方法（其实说白了，就是一些机器学习---machine learning）特点，需要什么样的输入，会产生什么样的输出，这应该不难！！如果在会点编程，比如c++，那更容易了！！ 妄言一番！！！见笑！ |
14楼2011-09-09 00:02:00
【答案】应助回帖
adslye(金币+75): 给力！多谢！！！ 2011-09-10 10:57:59
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现有的软件我没有用过。需要地话都是自己处理数据，自己编程。至于文献后面再说； 要是说道计划的话，换成我，我会这样做：实验做到这个程度，想用生物信息学的方法来分析，或挖掘一下现有的实验结果，那首先我要明白所谓的生物信息学方法本质上都是机器学习方面的东东。好，那就找一找呗。看看这个圈子里都是一些什么东东。我会发现什么ANN，svm，k-mean等等。这些东东找出来了。那就去ncbi等一些网站去搜呗。如svm+dna等等------这就提到了找什么样的文献了吧！肯定的是，这方面的文章确实有一定数量地！然后，回来根据这些文章熟悉路子。然后依葫芦画个瓢。最后，可能的话自己再创新一下，不管是生物学属性选择上，还是数据转化等等。 妄言一番！！见笑！！！ 祝你成功！！ |
16楼2011-09-10 00:04:35