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adslye

银虫 (正式写手)

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专业: 流行病学方法与卫生统计

[求助] 文章被人抢先发了！想用信息学分析改变文章方向。问：信息学分析相关。

背景：辛苦做的东西，被洋人先发了！！！！！！！悲剧~~~~~~~~
有一部分数据是一定数量的基因表达量real-time pcr数据和LC-MS数据。测了一个代谢通路中大部分基因，大约20个基因在两种条件，9个连续时间点的表达量（20*2*9=360个数据），以及在这些时间点每个基因对应作用的化合物的含量(360）。这是一个有价值的代谢通路，但很多基因功能研究不深。
本人药学出生，研究生转生物，对于生物信息学，实在是杀不动了

目的：能否通过生物信息学手段从这些数据中挖出点东西，做一篇实验与信息学结合的文章。

想问：
1.这种样本量做聚类分析有意义吗？想把一些各时间点表达趋势相似的基因和化合物聚类。这样可能说明它们受同一些因素调控。
2.同样关联分析可做吗？因为很多基因的功能没被研究，但有几个潜在的转录因子被报道。可以根据转录因子和可能目的基因的表达趋势做关联分析吗？（就是说很可能这个转录因子调控这些基因）
3.如果1或2可行，有哪些软件可以做。
4.有没有其他的信息学手段分析下以上那些数据？因为很可能我病急乱投医想的点子其
实不可行。
5.这样的文章应该发什么样的杂志，因为结合了生物，化学，信息学，但都不深入。有过来人吗？
自己已有思路（重复的想法就不用回复了，多谢）：
1.通过化合物的含量以及基因的表达量，基本可以确定哪些地方是调控的节点。
2.两种诱导条件诱导机制上的差异与关系。调控哪些基因和化合物这个也可以知道。

这次有力的回答的奖励都>10!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!奖池不时补充！！！！！
感谢各位了！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！

[ Last edited by adslye on 2011-8-27 at 15:27 ]

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1楼2011-08-26 17:05:19

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tigeryth

金虫 (小有名气)

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【答案】应助回帖

adslye(金币+30): 很有用！ 2011-09-09 20:45:00

首先，可以肯定的是，整个研究思路是正确的---生物实验的结果驱动生物信息学分析，后者在反哺前者。

实验的结果，或者你考量的生物学特征直接影响要采用什么模型来分析，比如20个gene，2个condition,9个time point，每个gene的表达量，形成一个矩阵。这些都是你要量化入生物信息学模型中去的。基于你是药学出身，那一定对药代有些了解吧。这样滴话，如何把你的实验结果转化为特征向量应该比较容易一些。在此基础上再了解那些生物信息学方法（其实说白了，就是一些机器学习---machine learning）特点，需要什么样的输入，会产生什么样的输出，这应该不难！！如果在会点编程，比如c++，那更容易了！！

妄言一番！！！见笑！