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gjh123

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[求助] vasp 编译出错（求助）

使用pgi 在服务器上并行编译vasp 5.2，在编译vasp.5.lib时出错：

[root@cluster vasp.5.lib]# make
mpif90 -Mx,119,0x200000  -O1 -tp k8-64 -i8 -Mfree  -c preclib.f
mpif90 -Mx,119,0x200000  -O1 -tp k8-64 -i8 -Mfree  -c diolib.f
mpif90 -Mx,119,0x200000  -O1 -tp k8-64 -i8 -Mfree  -c dlexlib.f
mpif90 -Mx,119,0x200000  -O1 -tp k8-64 -i8 -Mfree  -c drdatab.f
rm libdmy.a
rm: cannot remove `libdmy.a': No such file or directory
make: [libdmy.a] Error 1 (ignored)
ar vq libdmy.a preclib.o timing_.o derrf_.o dclock_.o  diolib.o dlexlib.o drdatab.o
ar: creating libdmy.a
ar: preclib.o: No such file or directory
make: *** [libdmy.a] Error 1

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1楼2011-08-24 17:09:44

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gjh123

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引用回帖:

5楼: Originally posted by gjh123 at 2011-08-25 10:35:55:
版主您好，我把编译器该成ifort 后，编译出了libdmy.a. 然后我再用openmpi 编译vasp 时，又出现了一个问题:
[root@cluster vasp.5.2]# make
./preprocess <xml.F | /usr/bin/cpp -P -C -traditional >xm ...

我的makefile 是（省略了一些）：

.SUFFIXES: .inc .f .f90 .F
# all CPP processed fortran files have the extension .f90
SUFFIX=.f90
#-----------------------------------------------------------------------
# fortran compiler and linker
#-----------------------------------------------------------------------
FC=/opt/intel/Compiler/11.1/072/bin/intel64/ifort
# fortran linker
FCL=$(FC)
#-------------------------------------------------------------------------------
CPP_ =  ./preprocess <$*.F | /usr/bin/cpp -P -C -traditional >$*$(SUFFIX)
#-----------------------------------------------------------------------

#CPP    = $(CPP_)  -DHOST=\"LinuxIFC\" \
      -Dkind8 -DCACHE_SIZE=12000 -DPGF90 -Davoidalloc -DNGXhalf \
#       -DRPROMU_DGEMV  -DRACCMU_DGEMV
#-----------------------------------------------------------------------

FFLAGS =  -FR -lowercase
#-----------------------------------------------------------------------

# ifc.9.1, ifc.10.1 recommended
OFLAG=-O3

OFLAG_HIGH = $(OFLAG)
OBJ_HIGH =
OBJ_NOOPT =
DEBUG  = -FR -O0
INLINE = $(OFLAG)

#-----------------------------------------------------------------------
# the following lines specify the position of BLAS  and LAPACK
# VASP works fastest with the libgoto library
# so that's what we recommend
#-----------------------------------------------------------------------

# mkl.10.0
# set -DRPROMU_DGEMV  -DRACCMU_DGEMV in the CPP lines
#BLAS=-L/opt/intel/mkl100/lib/em64t -lmkl -lpthread

# even faster for VASP Kazushige Goto's BLAS
# http://www.cs.utexas.edu/users/kgoto/signup_first.html
# parallel goto version requires sometimes -libverbs
BLAS=  /opt/libs/libgoto/libgoto.so

# LAPACK, simplest use vasp.5.lib/lapack_double
LAPACK= ../vasp.5.lib/lapack_double.o
#=======================================================================
#-----------------------------------------------------------------------
# fortran linker for mpi
#-----------------------------------------------------------------------

FC=/opt/openmpi/bin/mpif90
FCL=$(FC)

#-----------------------------------------------------------------------
# additional options for CPP in parallel version (see also above):
# NGZhalf             charge density reduced in Z direction
# wNGZhalf             gamma point only reduced in Z direction
# scaLAPACK          use scaLAPACK (usually slower on 100 Mbit Net)
#-----------------------------------------------------------------------

CPP = $(CPP_) -DMPI  -DHOST=\"LinuxIFC\" -DIFC \
   -Dkind8 -DCACHE_SIZE=16000 -DPGF90 -Davoidalloc -DNGZhalf \
   -DMPI_BLOCK=8000 -DRPROMU_DGEMV  -DRACCMU_DGEMV

#-----------------------------------------------------------------------
# location of SCALAPACK
# if you do not use SCALAPACK simply leave that section commented out
#-----------------------------------------------------------------------

#BLACS=$(HOME)/archives/SCALAPACK/BLACS/
#SCA_=$(HOME)/archives/SCALAPACK/SCALAPACK

#SCA= $(SCA_)/libscalapack.a  \
# $(BLACS)/LIB/blacsF77init_MPI-LINUX-0.a $(BLACS)/LIB/blacs_MPI-LINUX-0.a $(BLACS)/LIB/blacsF77init_MPI-LINUX-0.a

SCA=

#-----------------------------------------------------------------------
# libraries for mpi
#-----------------------------------------------------------------------

LIB    = -L../vasp.5.lib -ldmy  \
   ../vasp.5.lib/linpack_double.o \
   -L/opt/intel/mkl/10.2.5.035/lib/em64t \
-lmkl_em64t -lguide -lpthread -lm \
-L/opt/intel/Compiler/11.1/072/lib/intel64 -lsvml -limf \
-L/opt/intel/Compiler/11.1/072/lib/intel64 -lsvml -limf
#LINK = -static
# FFT: fftmpi.o with fft3dlib of Juergen Furthmueller
FFT3D = fftmpi.o fftmpi_map.o fft3dfurth.o fft3dlib.o \
/opt/intel/mkl/10.2.5.035/lib/em64t/libfftw3xf_intel.a

# alternatively: fftw.3.1.X is slighly faster and should be used if available
#FFT3D = fftmpi.o fftmpi_map.o fftw3d.o fft3dlib.o  /opt/libs/fftw-3.1.2/lib/libfftw3.a

#-----------------------------------------------------------------------
# general rules and compile lines
#-----------------------------------------------------------------------
BASIC= symmetry.o symlib.o lattlib.o  random.o

SOURCE=  base.o    mpi.o    smart_allocate.o    xml.o  \
      constant.o jacobi.o main_mpi.o  scala.o \
      asa.o    lattice.o  poscar.o ini.o    xclib.o    xclib_grad.o \
      radial.o pseudo.o mgrid.o gridq.o    ebs.o  \
      mkpoints.o wave.o    wave_mpi.o  wave_high.o  \
      $(BASIC) nonl.o    nonlr.o nonl_high.o dfast.o choleski2.o \
      mix.o    hamil.o xcgrad.o xcspin.o potex1.o potex2.o  \
      metagga.o constrmag.o cl_shift.o relativistic.o LDApU.o \
      paw_base.o egrad.o pawsym.o pawfock.o  pawlhf.o paw.o \
      mkpoints_full.o    charge.o dipol.o pot.o  \
      dos.o    elf.o    tet.o    tetweight.o hamil_rot.o \
      steep.o chain.o dyna.o    sphpro.o us.o  core_rel.o \
      aedens.o wavpre.o wavpre_noio.o broyden.o \
      dynbr.o rmm-diis.o reader.o writer.o tutor.o xml_writer.o \
      brent.o stufak.o fileio.o opergrid.o stepver.o  \
      chgloc.o fast_aug.o fock.o    mkpoints_change.o sym_grad.o \
      mymath.o internals.o dimer_heyden.o dvvtrajectory.o vdwforcefield.o \
      hamil_high.o nmr.o force.o \
      pead.o    subrot.o subrot_scf.o pwlhf.o  gw_model.o optreal.o davidson.o \
      electron.o rot.o  electron_all.o shm.o pardens.o  paircorrection.o \
      optics.o constr_cell_relax.o stm.o finite_diff.o elpol.o \
      hamil_lr.o rmm-diis_lr.o  subrot_cluster.o subrot_lr.o \
      lr_helper.o hamil_lrf.o elinear_response.o ilinear_response.o \
      linear_optics.o linear_response.o \
      setlocalpp.o  wannier.o electron_OEP.o electron_lhf.o twoelectron4o.o \
      ratpol.o screened_2e.o wave_cacher.o chi_base.o wpot.o local_field.o \
      ump2.o bse.o acfdt.o chi.o sydmat.o

INC=

vasp: $(SOURCE) $(FFT3D) $(INC) main.o
      rm -f vasp
      $(FCL) -o vasp main.o  $(SOURCE) $(FFT3D) $(LIB) $(LINK)
makeparam: $(SOURCE) $(FFT3D) makeparam.o main.F $(INC)
      $(FCL) -o makeparam  $(LINK) makeparam.o $(SOURCE) $(FFT3D) $(LIB)
zgemmtest: zgemmtest.o base.o random.o $(INC)
      $(FCL) -o zgemmtest $(LINK) zgemmtest.o random.o base.o $(LIB)
dgemmtest: dgemmtest.o base.o random.o $(INC)
      $(FCL) -o dgemmtest $(LINK) dgemmtest.o random.o base.o $(LIB)
ffttest: base.o smart_allocate.o mpi.o mgrid.o random.o ffttest.o $(FFT3D) $(INC)
      $(FCL) -o ffttest $(LINK) ffttest.o mpi.o mgrid.o random.o smart_allocate.o base.o $(FFT3D) $(LIB)
kpoints: $(SOURCE) $(FFT3D) makekpoints.o main.F $(INC)
      $(FCL) -o kpoints $(LINK) makekpoints.o $(SOURCE) $(FFT3D) $(LIB)

clean:
      -rm -f *.g *.f *.o *.L *.mod ; touch *.F

main.o: main$(SUFFIX)
      $(FC) $(FFLAGS)$(DEBUG)  $(INCS) -c main$(SUFFIX)
xcgrad.o: xcgrad$(SUFFIX)
      $(FC) $(FFLAGS) $(INLINE)  $(INCS) -c xcgrad$(SUFFIX)
xcspin.o: xcspin$(SUFFIX)
      $(FC) $(FFLAGS) $(INLINE)  $(INCS) -c xcspin$(SUFFIX)

makeparam.o: makeparam$(SUFFIX)
      $(FC) $(FFLAGS)$(DEBUG)  $(INCS) -c makeparam$(SUFFIX)

makeparam$(SUFFIX): makeparam.F main.F
#
# MIND: I do not have a full dependency list for the include
# and MODULES: here are only the minimal basic dependencies
# if one strucuture is changed then touch_dep must be called
# with the corresponding name of the structure
#
base.o: base.inc base.F
mgrid.o: mgrid.inc mgrid.F
constant.o: constant.inc constant.F
lattice.o: lattice.inc lattice.F
setex.o: setexm.inc setex.F
pseudo.o: pseudo.inc pseudo.F
poscar.o: poscar.inc poscar.F
mkpoints.o: mkpoints.inc mkpoints.F
wave.o: wave.inc wave.F
nonl.o: nonl.inc nonl.F
nonlr.o: nonlr.inc nonlr.F

$(OBJ_HIGH):
      $(CPP)
      $(FC) $(FFLAGS) $(OFLAG_HIGH) $(INCS) -c $*$(SUFFIX)
$(OBJ_NOOPT):
      $(CPP)
      $(FC) $(FFLAGS) $(INCS) -c $*$(SUFFIX)

fft3dlib_f77.o: fft3dlib_f77.F
      $(CPP)
      $(F77) $(FFLAGS_F77) -c $*$(SUFFIX)

.F.o:
      $(CPP)
      $(FC) $(FFLAGS) $(OFLAG) $(INCS) -c $*$(SUFFIX)
.F$(SUFFIX):
      $(CPP)
$(SUFFIX).o:
      $(FC) $(FFLAGS) $(OFLAG) $(INCS) -c $*$(SUFFIX)

# special rules
#-----------------------------------------------------------------------
# these special rules are cummulative (that is once failed
# in one compiler version, stays in the list forever)
# -tpp5|6|7 P, PII-PIII, PIV
# -xW use SIMD (does not pay of on PII, since fft3d uses double prec)
# all other options do no affect the code performance since -O1 is used

fft3dlib.o : fft3dlib.F
      $(CPP)
      $(FC) -FR -lowercase -O2 -c $*$(SUFFIX)
fft3dfurth.o : fft3dfurth.F
      $(CPP)
      $(FC) -FR -lowercase -O1 -c $*$(SUFFIX)

radial.o : radial.F
      $(CPP)
      $(FC) -FR -lowercase -O1 -c $*$(SUFFIX)

symlib.o : symlib.F
      $(CPP)
      $(FC) -FR -lowercase -O1 -c $*$(SUFFIX)

symmetry.o : symmetry.F
      $(CPP)
      $(FC) -FR -lowercase -O1 -c $*$(SUFFIX)

wave_mpi.o : wave_mpi.F
      $(CPP)
      $(FC) -FR -lowercase -O1 -c $*$(SUFFIX)

wave.o : wave.F
      $(CPP)
      $(FC) -FR -lowercase -O1 -c $*$(SUFFIX)

dynbr.o : dynbr.F
      $(CPP)
      $(FC) -FR -lowercase -O1 -c $*$(SUFFIX)

asa.o : asa.F
      $(CPP)
      $(FC) -FR -lowercase -O1 -c $*$(SUFFIX)

broyden.o : broyden.F
      $(CPP)
      $(FC) -FR -lowercase -O2 -c $*$(SUFFIX)

us.o : us.F
      $(CPP)
      $(FC) -FR -lowercase -O1 -c $*$(SUFFIX)

LDApU.o : LDApU.F
      $(CPP)
      $(FC) -FR -lowercase -O2 -c $*$(SUFFIX)

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6楼2011-08-25 10:45:49

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mazuju028

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【答案】应助回帖

★
gjh123(金币+10): 2011-08-24 21:09:09
youzhizhe(金币+1): 谢谢交流。 2011-08-25 23:37:07

要看一下makefile才知道问题啊。
一般吧FC设置正确，编译应该没有问题的。

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2楼2011-08-24 17:49:48

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gjh123

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2楼: Originally posted by mazuju028 at 2011-08-24 17:49:48:
要看一下makefile才知道问题啊。
一般吧FC设置正确，编译应该没有问题的。

这个是我的makefile, 麻烦版主帮我看看哪个地方出错了吧？

Last login: Wed Aug 24 21:05:52 2011
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[root@cluster ~]# cd /sourcecode/vasp5.2/vasp.5.lib
[root@cluster vasp.5.lib]# vi makefile
.SUFFIXES: .inc .f .F
#-----------------------------------------------------------------------
# Makefile for Portland Group F90/HPF compiler
# the makefile was tested only under Linux on Intel platforms
# however it might work on other platforms as well
#
# this release of vasp.4.lib contains lapack v2.0
# this can be compiled with pgf90 compiler if the option -O1 is used
#
# Mind: one user reported that he had to copy preclib.F diolib.F
#  dlexlib.F and drdatab.F to the directory vasp.4.4, compile the files
#  there and link them directly  into vasp
#  for no obvious reason these files could not be linked from the library
#
#-----------------------------------------------------------------------

# C-preprocessor
CPP    = mpicc -E -P -C $*.F >$*.f
FC=mpif90 -Mx,119,0x200000

CFLAGS = -O
FFLAGS = -O1 -tp k8-64 -i8
FREE = -Mfree

DOBJ =  preclib.o timing_.o derrf_.o dclock_.o  diolib.o dlexlib.o drdatab.o

#-----------------------------------------------------------------------
# general rules
#-----------------------------------------------------------------------

libdmy.a: $(DOBJ) lapack_double.o linpack_double.o lapack_atlas.o
      -rm libdmy.a
      ar vq libdmy.a $(DOBJ)

# files which do not require autodouble
lapack_double.o: lapack_double.f
      $(FC) $(FFLAGS) $(NOFREE) -c lapack_double.f
lapack_single.o: lapack_single.f
      $(FC) $(FFLAGS) $(NOFREE) -c lapack_single.f
lapack_atlas.o: lapack_atlas.f
      $(FC) $(FFLAGS) $(NOFREE) -c lapack_atlas.f
linpack_double.o: linpack_double.f
      $(FC) $(FFLAGS) $(NOFREE) -c linpack_double.f
linpack_single.o: linpack_single.f
      $(FC) $(FFLAGS) $(NOFREE) -c linpack_single.f

.c.o:
      $(CC) $(CFLAGS) -c $*.c
.F.o:
      $(CPP)
      $(FC) $(FFLAGS) $(FREE) $(INCS) -c $*.f
.F.f:
      $(CPP)
.f.o:
      $(FC) $(FFLAGS) $(FREE) $(INCS) -c $*.f

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3楼2011-08-24 21:08:04

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mazuju028

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gjh123(金币+10): 2011-08-25 10:29:28
youzhizhe(金币+1): 谢谢交流。 2011-08-25 23:37:16

引用回帖:

3楼: Originally posted by gjh123 at 2011-08-24 21:08:04:
这个是我的makefile, 麻烦版主帮我看看哪个地方出错了吧？

Last login: Wed Aug 24 21:05:52 2011
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[root@clus ...

你的mpif90能用吗？

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4楼2011-08-24 23:18:34

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