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guohuazhon

木虫 (正式写手)

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[求助] transiesta 计算错误

这一阵子试着用transiesta，计算例子的时候没有问题，可用自己的输入文件用transiesta计算时没有问题，当用tbtrans的时候就出现如下问题
ERROR: Unexpected no. orbs. in L elec.
ERROR: lastoL,NGL2 0 60
ERROR: Unexpected no. orbs. in L elec.
ERROR STOP from Node: 0
ERROR STOP from Node: 0
求助，望高手指点。另外，我使用的是siesta 3.0 rc2版本。当然能提供一个电极和散射区的输入例子就更好了。

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1楼 2011-08-21 08:53:25

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zhangguangping

木虫 (著名写手)

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【答案】应助回帖

★
guohuazhon(金币+5): 谢谢，按照提示，问题解决了！ 2011-08-21 17:05:49
zzy870720z(金币+1): 谢谢指教 2011-09-01 10:49:25

引用回帖:

1楼: Originally posted by guohuazhon at 2011-08-21 08:53:25:
这一阵子试着用transiesta，计算例子的时候没有问题，可用自己的输入文件用transiesta计算时没有问题，当用tbtrans的时候就出现如下问题
ERROR: Unexpected no. orbs. in L elec.
ERROR: lastoL,NGL2 ...

我猜测你在计算tbtrans的时候，输入文件中忘记写出下面两个参数了。虽然手册上有一个默认值，在TranSIESTA的计算中，好像是写不写都无所谓，这个选项不读，而是直接使用的是电极计算中基函数的数目；但是如果在tbtrans中不写，默认值是0，所以出现错误。
TS.NumUsedAtomsLeft
TS.NumUsedAtomsRight

希望这个能解决你的问题。

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弘德明志博学笃行

2楼2011-08-21 13:50:50

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zhangguangping

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【答案】应助回帖

★
guohuazhon(金币+10): 谢谢！ 2011-08-21 17:06:25
zzy870720z(金币+1): 谢谢补充 2011-09-01 10:49:39

引用回帖:

附带上一个套输入文件：
体系结构：

说明：左右电极相同，是一个3*4的Au(111)的ABC结构，三层，每层12个原子。中间是散射区，金连有点长而已。

电极的输入文件：
SystemName  bulk_electrode
SystemLabel bulk_electrode

NumberOfSpecies  1
NumberOfAtoms 36

%block ChemicalSpeciesLabel
1 79  Au
%endblock ChemicalSpeciesLabel

PAO.EnergyShift    100 meV

PAO.BasisType split

PAO.BasisSize SZP

LatticeConstant 1.0 Ang

%block LatticeVectors
8.65128000 0.00000000 0.00000000
0.00000000 9.98964000 0.00000000
0.00000000 0.00000000 7.06374000
%endblock LatticeVectors

#kgrid_cutoff 20. Ang

%block kgrid_Monkhorst_Pack
  4 0 0 0.5
  0 4 0 0.5
  0 0 6 0.5
%endblock kgrid_Monkhorst_Pack

# SPIN options

xc.functional       GGA          # Exchange-correlation functional
xc.authors          PBE          # Exchange-correlation version
SpinPolarized       F             # Logical parameters are: yes or no
FixSpin             F
TotalSpin          0.0
NonCollinearSpin    F                # 'T', 'F'
MeshCutoff            300. Ry             # Equivalent plane wave cutoff for the grid

# SCF options

DM.Tolerance       1.d-4       # Tolerance in maximum difference between input and output DM
MaxSCFIterations    300       # Maximum number of SCF iter
DM.UseSaveDM          T          # to use continuation files
DM.MixingWeight    0.05       # New DM amount for next SCF cycle
DM.NumberPulay       5
DM.MixSCF1          F
DM.PulayOnFile    F          # Store in memory ('F') or in files ('T')
# NeglNonOverlapInt    T          # 'F'=do not neglect
SolutionMethod       Diagon       # OrderN or Diagon or transiesta if you do a transport calculation
ElectronicTemperature  300 K       # Temp. for Fermi smearing

# MD options

MD.TypeOfRun          CG          # Type of dynamics:
MD.VariableCell       F
MD.NumCGsteps       000          # Number of CG steps for coordinate optimization
ZM.UnitsLength       Ang          #the units of length used during Z-matrix input
ZM.UnitsAngle       deg          #the units of angles used during Z-matrix input
ZM.ForceTolLength    0.02 eV/Ang #controls the convergence with respect to forces on Z-matrix lengths
ZM.ForceTolAngle    0.00356549 Ry/rad    #controls the convergence with respect to forces on Z-matrix angles
ZM.MaxDisplLength    0.1  Ang    # controls the maximum change in a Zmatrix length during an optimisation step
ZM.MaxDisplAngle    0.003 rad    # controls the maximum change in a Z-matrix angle during an optimisation step
ZM.CalcAllForces    T          # Default value

AtomicCoordinatesFormat    Ang
%block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
2.883760 8.324698 -4.709160 1
5.767520 8.324698 -4.709160 1
0.000000 8.324698 -4.709160 1
4.325640 0.832467 -4.709160 1
7.209400 0.832467 -4.709160 1
1.441880 0.832467 -4.709160 1
2.883760 3.329876 -4.709160 1
5.767520 3.329876 -4.709160 1
0.000000 3.329876 -4.709160 1
4.325640 5.827285 -4.709160 1
7.209400 5.827285 -4.709160 1
1.441880 5.827285 -4.709160 1
4.325640 9.157169 -2.354580 1
7.209400 9.157169 -2.354580 1
1.441880 9.157169 -2.354580 1
5.767520 1.664938 -2.354580 1
0.000000 1.664938 -2.354580 1
2.883760 1.664938 -2.354580 1
4.325640 4.162347 -2.354580 1
7.209400 4.162347 -2.354580 1
1.441880 4.162347 -2.354580 1
5.767520 6.659756 -2.354580 1
0.000000 6.659756 -2.354580 1
2.883760 6.659756 -2.354580 1
5.767520 0.000000 0.000000 1
0.000000 0.000000 0.000000 1
2.883760 0.000000 0.000000 1
7.209400 2.497409 0.000000 1
1.441880 2.497409 0.000000 1
4.325640 2.497409 0.000000 1
5.767520 4.994818 0.000000 1
0.000000 4.994818 0.000000 1
2.883760 4.994818 0.000000 1
7.209400 7.492227 0.000000 1
1.441880 7.492227 0.000000 1
4.325640 7.492227 0.000000 1
%endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies

# Output options

WriteCoorInitial       T
WriteCoorStep          T
WriteCoorXmol          T
WriteForces             T
WriteEigenvalues       F          # If .false., it writes them in the file Systemlabel.EIG
WriteMullikenPop       1          # Write Mulliken Population Analysis
#WriteKpoints          T
#WriteKbands             T
#WriteBands             T
WriteMDCoorXmol          T
WriteMDhistory          T

# Options for saving or reading information

MD.UseSaveZM             T    # Use stored positions and velocities
MD.UseSaveCG             T    # Use stored positions and velocities
SaveRho                   T    # Write valence pseudocharge at the mesh
SaveDeltaRho             T    # Write RHOscf-RHOatm at the mesh
SaveElectrostaticPotential  T    # Write the total elect. pot. at the mesh
                              # (local pseudopotential + Hartree)
SaveTotalPotential       T    # write the valence total effective local potential
                              # (local pseudopotential + Hartree + Vxc)
WriteSiestaDim             T    # Write minimum dim to siesta.h and stop
WriteDenchar             T    # Write information for DENCHAR

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弘德明志博学笃行

3楼2011-08-21 13:55:54

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zhangguangping

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【答案】应助回帖

★ ★ ★
guohuazhon(金币+5): 谢谢！广平兄辛苦了，呵呵！ 2011-08-21 17:07:11
zzy870720z(金币+3): guangping兄太热情了，呵呵，辛苦了 2011-09-01 10:50:07

引用回帖:

散射区的输入文件：
SystemName  scatter_region_symm-0.0
SystemLabel scatter_region_symm-0.0

TS.biasContour.NumPoints       15
TS.Voltage  0.0  eV

TS.TBT.PDOSFrom  37
TS.TBT.PDOSTo 74

NumberOfSpecies 1
NumberOfAtoms 110

%block ChemicalSpeciesLabel
  1 79 Au
%endblock ChemicalSpeciesLabel

PAO.EnergyShift    100 meV

PAO.BasisType split

%block PAO.BasisSizes
Au  SZP
%endblock PAO.BasisSizes

LatticeConstant 1.0 Ang

%block LatticeVectors
8.65128000 0.00000000 0.00000000
0.00000000 9.98964000 0.00000000
0.00000000 0.00000000 46.08670000
%endblock LatticeVectors

#kgrid_cutoff 20. Ang

%block kgrid_Monkhorst_Pack
  4 0 0 0.5
  0 4 0 0.5
  0 0 1 0.0
%endblock kgrid_Monkhorst_Pack

# SPIN options

xc.functional       GGA          # Exchange-correlation functional
xc.authors          PBE          # Exchange-correlation version
SpinPolarized       F             # Logical parameters are: yes or no
FixSpin             F
TotalSpin          0.0
NonCollinearSpin    F                # 'T', 'F'
MeshCutoff            300. Ry             # Equivalent plane wave cutoff for the grid

# SCF options

DM.Tolerance       1.d-4       # Tolerance in maximum difference between input and output DM
MaxSCFIterations    300       # Maximum number of SCF iter
DM.UseSaveDM          T          # to use continuation files
DM.MixingWeight    0.01       # New DM amount for next SCF cycle
DM.NumberPulay       5
DM.MixSCF1          F
DM.PulayOnFile    F          # Store in memory ('F') or in files ('T')
# NeglNonOverlapInt    T          # 'F'=do not neglect
SolutionMethod       transiesta       # OrderN or Diagon or transiesta if you do a transport calculation
ElectronicTemperature  300 K       # Temp. for Fermi smearing

# MD options

MD.TypeOfRun          CG          # Type of dynamics:
MD.VariableCell       F
MD.NumCGsteps       000          # Number of CG steps for coordinate optimization
ZM.UnitsLength       Ang          #the units of length used during Z-matrix input
ZM.UnitsAngle       deg          #the units of angles used during Z-matrix input
ZM.ForceTolLength    0.02 eV/Ang #controls the convergence with respect to forces on Z-matrix lengths
ZM.ForceTolAngle    0.00356549 Ry/rad    #controls the convergence with respect to forces on Z-matrix angles
ZM.MaxDisplLength    0.1  Ang    # controls the maximum change in a Zmatrix length during an optimisation step
ZM.MaxDisplAngle    0.003 rad    # controls the maximum change in a Z-matrix angle during an optimisation step
ZM.CalcAllForces    T          # Default value

AtomicCoordinatesFormat Ang

%block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
2.883760 8.324698 -4.709160    1
5.767520 8.324698 -4.709160    1
0.000000 8.324698 -4.709160    1
4.325640 0.832467 -4.709160    1
7.209400 0.832467 -4.709160    1
1.441880 0.832467 -4.709160    1
2.883760 3.329876 -4.709160    1
5.767520 3.329876 -4.709160    1
0.000000 3.329876 -4.709160    1
4.325640 5.827285 -4.709160    1
7.209400 5.827285 -4.709160    1
1.441880 5.827285 -4.709160    1
4.325640 9.157169 -2.354580    1
7.209400 9.157169 -2.354580    1
1.441880 9.157169 -2.354580    1
5.767520 1.664938 -2.354580    1
0.000000 1.664938 -2.354580    1
2.883760 1.664938 -2.354580    1
4.325640 4.162347 -2.354580    1
7.209400 4.162347 -2.354580    1
1.441880 4.162347 -2.354580    1
5.767520 6.659756 -2.354580    1
0.000000 6.659756 -2.354580    1
2.883760 6.659756 -2.354580    1
5.767520 0.000000 0.000000    1
0.000000 0.000000 0.000000    1
2.883760 0.000000 0.000000    1
7.209400 2.497409 0.000000    1
1.441880 2.497409 0.000000    1
4.325640 2.497409 0.000000    1
5.767520 4.994818 0.000000    1
0.000000 4.994818 0.000000    1
2.883760 4.994818 0.000000    1
7.209400 7.492227 0.000000    1
1.441880 7.492227 0.000000    1
4.325640 7.492227 0.000000    1
2.883760 8.324698 2.354580    1
5.767520 8.324698 2.354580    1
0.000000 8.324698 2.354580    1
4.325640 0.832467 2.354580    1
7.209400 0.832467 2.354580    1
1.441880 0.832467 2.354580    1
2.883760 3.329876 2.354580    1
5.767520 3.329876 2.354580    1
0.000000 3.329876 2.354580    1
4.325640 5.827285 2.354580    1
7.209400 5.827285 2.354580    1
1.441880 5.827285 2.354580    1
4.325640 4.162347 4.709160    1
5.767520 6.659756 4.709160    1
2.883760 6.659756 4.709160    1
4.325640 5.827285 7.063740    1
4.325640 5.827285 9.947500    1
4.325640 5.827285 12.831260    1
4.325640 5.827285 15.715020    1
4.325640 5.827285 18.598780    1
4.325640 5.827285 21.482540    1
4.325640 5.827285 24.366300    1
4.325640 5.827285 27.250060    1
4.325640 4.162347 29.604640    1
2.883760 6.659756 29.604640    1
5.767520 6.659756 29.604640    1
5.767520 0.000000 31.959220    1
0.000000 0.000000 31.959220    1
2.883760 0.000000 31.959220    1
7.209400 2.497409 31.959220    1
1.441880 2.497409 31.959220    1
4.325640 2.497409 31.959220    1
5.767520 4.994818 31.959220    1
0.000000 4.994818 31.959220    1
2.883760 4.994818 31.959220    1
7.209400 7.492227 31.959220    1
1.441880 7.492227 31.959220    1
4.325640 7.492227 31.959220    1
2.883760 8.324698 34.313800    1
5.767520 8.324698 34.313800    1
0.000000 8.324698 34.313800    1
4.325640 0.832467 34.313800    1
7.209400 0.832467 34.313800    1
1.441880 0.832467 34.313800    1
2.883760 3.329876 34.313800    1
5.767520 3.329876 34.313800    1
0.000000 3.329876 34.313800    1
4.325640 5.827285 34.313800    1
7.209400 5.827285 34.313800    1
1.441880 5.827285 34.313800    1
4.325640 9.157169 36.668380    1
7.209400 9.157169 36.668380    1
1.441880 9.157169 36.668380    1
5.767520 1.664938 36.668380    1
0.000000 1.664938 36.668380    1
2.883760 1.664938 36.668380    1
4.325640 4.162347 36.668380    1
7.209400 4.162347 36.668380    1
1.441880 4.162347 36.668380    1
5.767520 6.659756 36.668380    1
0.000000 6.659756 36.668380    1
2.883760 6.659756 36.668380    1
5.767520 0.000000 39.022960    1
0.000000 0.000000 39.022960    1
2.883760 0.000000 39.022960    1
7.209400 2.497409 39.022960    1
1.441880 2.497409 39.022960    1
4.325640 2.497409 39.022960    1
5.767520 4.994818 39.022960    1
0.000000 4.994818 39.022960    1
2.883760 4.994818 39.022960    1
7.209400 7.492227 39.022960    1
1.441880 7.492227 39.022960    1
4.325640 7.492227 39.022960    1
%endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies

#WriteWaveFunctions       T          # coefficients of the wavefunctions in the basis set orbitals expansion
#WaveFuncKPointsScale    ReciprocalLatticeVectors
#%block WaveFuncKPoints
#0.000 0.000 0.000  from 1 to 10    # Gamma wavefuncs 1 to 10
#%endblock WaveFuncKPoints

# Output options

WriteCoorInitial       T
WriteCoorStep          T
WriteCoorXmol          T
WriteForces             T
WriteEigenvalues       F          # If .false., it writes them in the file Systemlabel.EIG
WriteMullikenPop       1          # Write Mulliken Population Analysis
#WriteKpoints          T
#WriteKbands             T
#WriteBands             T
WriteMDCoorXmol          T
WriteMDhistory          T

# Options for saving or reading information

MD.UseSaveZM             T    # Use stored positions and velocities
MD.UseSaveCG             T    # Use stored positions and velocities
SaveRho                   T    # Write valence pseudocharge at the mesh
SaveDeltaRho             T    # Write RHOscf-RHOatm at the mesh
SaveElectrostaticPotential  T    # Write the total elect. pot. at the mesh
                              # (local pseudopotential + Hartree)
SaveTotalPotential       T    # write the valence total effective local potential
                              # (local pseudopotential + Hartree + Vxc)
WriteSiestaDim             T    # Write minimum dim to siesta.h and stop
WriteDenchar             T    # Write information for DENCHAR

#######################TRANSIESTA OPTIONS#######################
# GF OPTIONS

TS.ComplexContour.Emin    -50.0 eV
TS.ComplexContour.NPoles       16
TS.ComplexContour.NCircle       16
TS.ComplexContour.NLine       11

# BIAS OPTIONS


TS.UpdateDMCROnly             true

# TS OPTIONS

# TBT OPTIONS
TS.CalcGF  F
TS.MixH T
TS.TBT.Emin                -1.0 eV
TS.TBT.Emax                   1.0 eV
TS.TBT.NPoints             100
TS.TBT.NEigen                10
TS.TBT.Eta                1.d-6 Ry

# Write hamiltonian

TS.SaveHS                   true

# LEFT ELECTRODE
TS.HSFileLeft          ./bulk_electrode.TSHS
TS.ReplicateA1Left    1
TS.ReplicateA2Left    1
TS.NumUsedAtomsLeft    36
TS.BufferAtomsLeft    0

# RIGHT ELECTRODE
TS.HSFileRight          ./bulk_electrode.TSHS
TS.ReplicateA1Right    1
TS.ReplicateA2Right    1
TS.NumUsedAtomsRight    36
TS.BufferAtomsRight    0

#######################TRANSIESTA OPTIONS#######################

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弘德明志博学笃行

4楼2011-08-21 13:56:34

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3楼: Originally posted by zhangguangping at 2011-08-21 13:55:54:
附带上一个套输入文件：
体系结构：

说明：左右电极相同，是一个3*4的Au(111)的ABC结构，三层，每层12个原子。中间是散射区，金连有点长而已。

电极的输入文 ...

你好我最近一直在学习transiesta 因为初学所以很想知道对于electrode.fdf和bulk.fdf的原子坐标怎么写，是在写bulk.fdf的原子坐标时还要把电极的坐标也要写在里面吗，请问二楼图中是否含有Au电极，还是不含有电极仅是屏蔽层和散射区原子？非常感谢

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5楼2011-08-31 20:36:34

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5楼: Originally posted by 伐木工 at 2011-08-31 20:36:34:
你好我最近一直在学习transiesta 因为初学所以很想知道对于electrode.fdf和bulk.fdf的原子坐标怎么写，是在写bulk.fdf的原子坐标时还要把电极的坐标也要写在里面吗，请问二楼图中是否含有Au电极，还是不含有电 ...

不明白你的第一个问题什么意思。散射区中包含两个电极的原子。也就是图中是包含两个电极的。

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弘德明志博学笃行

6楼2011-08-31 20:43:02

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不明白你的第一个问题什么意思。散射区中包含两个电极的原子。也就是图中是包含两个电极的。

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弘德明志博学笃行

7楼2011-08-31 20:44:34

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6楼: Originally posted by zhangguangping at 2011-08-31 20:43:02:
不明白你的第一个问题什么意思。散射区中包含两个电极的原子。也就是图中是包含两个电极的。

不好意思没表述清楚我是说在用transiesta计算时需要两步来完成第一步计算elec.fdf 来得到elec.TSHS文件这个文件中已经储存了关于电极的所有信息包括电子密度、原子结构等等，在算散射区时写bulk.fdf文件中的原子坐标是不是还要将电极的原子坐标也写进来呢？图中的原子坐标包含了电极，也就是说在计算散射区电子性质时要将电极的原子坐标和散射区的原子坐标一同写在bulk.fdf文件中多吧？多谢指导

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8楼2011-09-01 10:46:37

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youzhizhe(金币+1): 谢谢交流。 2011-09-01 11:31:47

引用回帖:

8楼: Originally posted by 伐木工 at 2011-09-01 10:46:37:
不好意思没表述清楚我是说在用transiesta计算时需要两步来完成第一步计算elec.fdf 来得到elec.TSHS文件这个文件中已经储存了关于电极的所有信息包括电子密度、原子结构等等，在算散射区时写bulk.fdf文件中 ...

是的。但是我们一般散射区的文件不叫bulk。

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伐木工

弘德明志博学笃行

9楼2011-09-01 11:24:50

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9楼: Originally posted by zhangguangping at 2011-09-01 11:24:50:
是的。但是我们一般散射区的文件不叫bulk。

Thank you very much

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10楼2011-09-01 12:28:46

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