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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 【求助】tbtrans错误怎么办
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redskywei

木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】tbtrans错误怎么办已有3人参与

今天用tbtrans计算一下我算的结果，才发现不能用，超郁闷，特向高手请教。输入计算命令tbtrans scater-tb.out ，结果提示如下：
tbtrans scater-tb.out
forrtl: severe (39): error during read, unit 12, file /home/redsky/input-me/newtests/pure.TSHS
Image              PC                Routine            Line        Source            
tbtrans            00000000005CAA4A  Unknown               Unknown  Unknown
tbtrans            00000000005C9C4A  Unknown               Unknown  Unknown
tbtrans            000000000058720E  Unknown               Unknown  Unknown
tbtrans            00000000005466ED  Unknown               Unknown  Unknown
tbtrans            0000000000545FDB  Unknown               Unknown  Unknown
tbtrans            0000000000561131  Unknown               Unknown  Unknown
tbtrans            000000000044A355  Unknown               Unknown  Unknown
tbtrans            000000000044AAD4  Unknown               Unknown  Unknown
tbtrans            0000000000404442  Unknown               Unknown  Unknown
libc.so.6          0000003BCB21D974  Unknown               Unknown  Unknown
tbtrans            0000000000404369  Unknown               Unknown  Unknown

这该怎么办~~~
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坠入无边的网~~
1楼2010-06-12 21:07:14
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163.com

金虫 (著名写手)

实习版主
★
zzy870720z(金币+1):谢谢交流 2010-06-13 07:57:51
redskywei(金币+4):这对我的要求太高了，这个是官方版本啊，怎么会是源程序问题，我没有动他的源程序的～～ 2010-06-14 14:35:11
这是你源程序调用内存出错，

建议:  修改源程序。
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阿什顿联
2楼2010-06-13 00:13:34
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
★ ★
cenwanglai(金币+2):谢谢回复 2010-06-19 22:48:51
redskywei(金币+4):感谢交流，我的transiesta计算没问题，所得到的TSHS文件就在原地没动的，应该不是这个问题，你编译tbtrans怎么做的呢～～ 2010-06-20 10:15:24
引用回帖:
Originally posted by redskywei at 2010-06-12 14:07:14:
今天用tbtrans计算一下我算的结果，才发现不能用，超郁闷，特向高手请教。输入计算命令tbtrans scater-tb.out ，结果提示如下：
tbtrans scater-tb.out
forrtl: seve ...

要是你的软件编译很顺利的话，transiesta能算的话，这个问题一般是由于你的文件pure.TSHS造成的。可能这个文件你是拷贝到另外一个目录下的，更有可能是你用文件传输软件转移的，而不是用Linux下面的拷贝命令。如果是你用前者的方法容易出现这个问题，原因是你还没有完全下载完文件，就开始又上传这个文件，使得文件不完整。我之前也碰到过这个问题。这个时候只需要把文件重新拷贝一下就可以了。希望我的猜测没有错误！我之前确实碰到过这个错误。后来我发现时这个原因造成的。也许你的问题可能更复杂！
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弘德明志博学笃行
3楼2010-06-19 22:13:17
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
redskywei(金币+4):那么请问你执行tbtrans命令时输入文件是哪个文件？我今天也编译通过，结果还是上面的那种错误~~~ 2010-06-21 12:03:35
我直接到相应的目录下make就完了。没有过多的复杂！
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弘德明志博学笃行
4楼2010-06-20 11:00:41
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redskywei

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by zhangguangping at 2010-06-20 11:00:41:
我直接到相应的目录下make就完了。没有过多的复杂！

能否给出个执行tbtrans的标准命令，看看是否我命令执行时有何不妥~~
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坠入无边的网~~
5楼2010-06-21 12:06:50
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
★
redskywei(金币+4):zhang兄的input文件跟transiesata的输入文件一样么，就是那个scatter.fdf文件么 2010-06-22 21:23:42
zzy870720z(金币+1):谢谢指点 2010-07-21 08:28:38
引用回帖:
Originally posted by redskywei at 2010-06-21 05:06:50:


能否给出个执行tbtrans的标准命令，看看是否我命令执行时有何不妥~~

我都是用的mpirun -np  8 tbtrans output &
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弘德明志博学笃行
6楼2010-06-21 15:29:58
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
是的，input就是你的输入文件*.fdf，输出文件就是自己随便命名的。
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弘德明志博学笃行
7楼2010-06-23 14:20:59
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
★ ★
lvjian8596(金币+2):感谢交流！ 2010-07-20 21:25:52
redskywei(金币+4):感谢交流，不过我用的还是3.0b版，rc1版试了不行改回的3.0b版的，rc2版暂时没试 2010-07-21 23:48:31
引用回帖:
Originally posted by redskywei at 2010-06-12 14:07:14:
今天用tbtrans计算一下我算的结果，才发现不能用，超郁闷，特向高手请教。输入计算命令tbtrans scater-tb.out ，结果提示如下：
tbtrans scater-tb.out
forrtl: seve ...

对了，你是不是用的siesta-3.0-rc1版本编译的啊？这个版本的tbtrans不能计算，transiesta计算没问题.所以用3.0-b版本或者是3.0-rc2版本吧！（我现在用的是beta版本，rc2版本没有用，也没计算测试能不能用，等大家都说能用了，我再用。因为rc1刚出来，我就安装了一遍，发现不能用，好个浪费时间）
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弘德明志博学笃行
8楼2010-07-20 21:20:38
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redskywei

木虫 (著名写手)
我把软件重新编译了一下，简单例子已经可以算了，自己的输入文件还有些问题，努力中～～～
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坠入无边的网~~
9楼2010-07-21 23:50:55
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zzy870720z(金币+2):谢谢指导 2010-07-22 09:17:52
引用回帖:
Originally posted by redskywei at 2010-07-21 16:50:55:
我把软件重新编译了一下，简单例子已经可以算了，自己的输入文件还有些问题，努力中～～～

还是出现这样的错误吗？
forrtl: severe (39): error during read, unit 12, file /home/redsky/input-me/newtests/pure.TSHS
你说的简单例子能算，自己建立的体系不能算，是不是因为你自己建立的体系比较大，内存不够用啊！或者说你的内存虽然够用，但是你的机器对数组大小做了限制，要是做了限制的话，在你的用户bash里面加上这么一句（ulimit -s unlimited）可能解决问题，我以前遇到过这个问题。遇到这个问题的时候，计算莫名其妙的中断，出现mpi问题，或者出现Segment fault.
祝你好运！
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弘德明志博学笃行
10楼2010-07-22 09:13:21
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