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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » transiesta 计算错误
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天地逍遥

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
279761楼: Originally posted by zhangguangping at 2011-08-21 13:55:54
附带上一个套输入文件：
体系结构：
24/97/529624_1313905891_601.jpg
说明：左右电极相同，是一个3*4的Au(111)的ABC结构，三层，每层12个原子。中间是散射区，金连有点长而已。

电极的输入文件：
SystemNa ...

请问，再用这些数据之前，你是用CG＝100经过coordinate optimization的嘛？也是用这36个原子，输入文件也一样，就CG变了变是嘛？
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11楼2012-07-09 04:50:49
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
★
fzx2008: 金币+1, 谢谢回帖！ 2012-07-09 08:36:56
引用回帖:
4624647楼: Originally posted by 天地逍遥 at 2012-07-09 04:50:49
请问，再用这些数据之前，你是用CG＝100经过coordinate optimization的嘛？也是用这36个原子，输入文件也一样，就CG变了变是嘛？...

这儿的CG=0不再进行优化了。优化结构是之前的事。
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弘德明志博学笃行
12楼2012-07-09 08:07:17
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天地逍遥

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
4624671楼: Originally posted by zhangguangping at 2012-07-09 08:07:17
这儿的CG=0不再进行优化了。优化结构是之前的事。...

对，这个结构就是优化完的结果吧，你之前的优化输入文件还有嘛，可否给我看下，我设定的CG＝100，然后Kpoints是10x10x20，16个原子优化了好久都没有优化完，而且原子坐标变化都好大。。。正发愁呢。。。

tangshengjie61@gmail.com
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13楼2012-07-09 08:55:46
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
引用回帖:
4624693楼: Originally posted by 天地逍遥 at 2012-07-09 08:55:46
对，这个结构就是优化完的结果吧，你之前的优化输入文件还有嘛，可否给我看下，我设定的CG＝100，然后Kpoints是10x10x20，16个原子优化了好久都没有优化完，而且原子坐标变化都好大。。。正发愁呢。。。

tangsh ...

你的k点设置的有点大。如果带着部分Au优化的话，k设置一个6x6x1或者6x6x1就行，并且z方向不用使用周期性边界条件。如果你做的是固定电极的距离的优化的话，z方向使用周期性边界条件也行，不过会加大计算量的。
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弘德明志博学笃行
14楼2012-07-09 09:53:27
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天地逍遥

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
4624755楼: Originally posted by zhangguangping at 2012-07-09 09:53:27
你的k点设置的有点大。如果带着部分Au优化的话，k设置一个6x6x1或者6x6x1就行，并且z方向不用使用周期性边界条件。如果你做的是固定电极的距离的优化的话，z方向使用周期性边界条件也行，不过会加大计算量的。...

那个K点不是要从小到大不断测试，直到能量趋于稳定嘛？难道K点不用多次测试，去能量稳定的最少值，可以直接取嘛？做Au的时候我是6x6x1一直试到10x10x20都快把我算死了。
如何设置Z方向不是周期性边界条件呀，默认的是周期性的吧？
这是我做的Cu电极优化前的输入文件，请指教呀，哪里可以纠正一下呢？
SystemName  bulk
SystemLabel bulk

==================================================
==================================================
# SPECIES AND BASIS

# Number of species
NumberOfSpecies 1
%block ChemicalSpeciesLabel
  1  29 Cu
%endblock ChemicalSpeciesLabel

PAO.BasisType    split
PAO.BasisSize SZP
PAO.EnergyShift 50 meV

==================================================
==================================================
# K-points

%block kgrid_Monkhorst_Pack
10   0   0   0.0
0   10   0   0.0
0   0   20  0.5
%endblock kgrid_Monkhorst_Pack
==================================================
==================================================
# UNIT CELL
LatticeConstant       3.615 Ang
%block LatticeVectors
1   0  0
0  1  0
0   0  1
%endblock LatticeVectors


# Atomic coordinates
NumberOfAtoms 16
AtomicCoordinatesFormat Ang
%block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
  2.5562  0.0000  0.0000       1
  1.2781  2.2137  0.0000       1
  3.8343  2.2137  0.0000       1
  0.0000  0.0000  0.0000       1
  1.2781  0.7379  2.0871       1
  3.8343  0.7379  2.0871       1
  0.0000  4.4275  0.0000       1
  2.5562  4.4275  0.0000       1
  2.5562  2.9516  2.0871       1
  1.2781  5.1654  2.0871       1
  3.8343  5.1654  2.0871       1
  0.0000  2.9516  2.0871       1
  0.0000  1.4758  4.1742       1
  1.2781  3.6895  4.1742       1
  3.8343  3.6895  4.1742       1
  2.5562  1.4758  4.1742       1
%endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies

==================================================
==================================================
# General variables

ElectronicTemperature  300 K
OccupationFunction MP
MeshCutoff           350. Ry
xc.functional         LDA           # Exchange-correlation functional
xc.authors            CA
SpinPolarized .false.

==================================================
==================================================
SolutionMethod Diagon


==================================================
==================================================
# SCF variables

DM.MixSCF1   T
MaxSCFIterations      300           # Maximum number of SCF iter
DM.MixingWeight       0.01          # New DM amount for next SCF cycle
DM.Tolerance          1.d-4         # Tolerance in maximum difference
DM.UseSaveDM          true          # to use continuation files
DM.NumberPulay         3
DM.NumberKick         50
DM.KickMixingWeight   0.05
Diag.DivideAndConquer     no

==================================================
==================================================
# MD variables

MD.FinalTimeStep         1
MD.TypeOfRun                 CG
MD.NumCGsteps             100
MD.UseSaveXV              .true.
MD.VariableCell                .true.

=================================================
=================================================


==================================================
==================================================
# Output variables

WriteMullikenPop                1
WriteBands                      .false.
#SaveRho                         .true.
#SaveDeltaRho                    .true.
SaveHS                          .false.
#SaveElectrostaticPotential      .true.
#SaveTotalPotential              .true.
#SaveIonicCharge                        .true.
#SaveTotalCharge                        .true.
WriteCoorXmol                   .true.
WriteMDXmol                     .true.  #animation created
WriteMDhistory                  .false.
#WriteEigenvalues                yes

==================================================
==================================================
# Parallel variables

Diag.ParallelOverK      true

==================================================
==================================================
我看到我的xc.functional和xc.authors与你的设置不太一样，这个有关系嘛？
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15楼2012-07-09 12:25:48
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天地逍遥

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
4624755楼: Originally posted by zhangguangping at 2012-07-09 09:53:27
你的k点设置的有点大。如果带着部分Au优化的话，k设置一个6x6x1或者6x6x1就行，并且z方向不用使用周期性边界条件。如果你做的是固定电极的距离的优化的话，z方向使用周期性边界条件也行，不过会加大计算量的。...

您好，请问，就是如何设置非周期性边界呀，默认的是周期性的呀，我找了半天的命令都没找到。我是想先优化Cu电极，然后算电极，再优化整个体系（电极距离固定），然后再算整个体系的transiesta，我这样可以z方向非周期，然后6x6x1嘛？还有就是怎么设置呀。。。唉，现在非常迷惑中。
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16楼2012-07-10 00:21:56
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