应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » transiesta 计算错误
52/1返回列表
查看: 3455  |  回复: 15
只看楼主@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

guohuazhon

木虫 (正式写手)

[求助] transiesta 计算错误

这一阵子试着用transiesta，计算例子的时候没有问题，可用自己的输入文件用transiesta计算时没有问题，当用tbtrans的时候就出现如下问题
ERROR: Unexpected no. orbs. in L elec.
ERROR: lastoL,NGL2           0          60
ERROR: Unexpected no. orbs. in L elec.
ERROR STOP from Node:    0
ERROR STOP from Node:    0
求助，望高手指点。另外，我使用的是siesta 3.0 rc2版本。当然能提供一个电极和散射区的输入例子就更好了。
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼2011-08-21 08:53:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

天地逍遥

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
4624755楼: Originally posted by zhangguangping at 2012-07-09 09:53:27
你的k点设置的有点大。如果带着部分Au优化的话，k设置一个6x6x1或者6x6x1就行，并且z方向不用使用周期性边界条件。如果你做的是固定电极的距离的优化的话，z方向使用周期性边界条件也行，不过会加大计算量的。...

那个K点不是要从小到大不断测试，直到能量趋于稳定嘛？难道K点不用多次测试，去能量稳定的最少值，可以直接取嘛？做Au的时候我是6x6x1一直试到10x10x20都快把我算死了。
如何设置Z方向不是周期性边界条件呀，默认的是周期性的吧？
这是我做的Cu电极优化前的输入文件，请指教呀，哪里可以纠正一下呢？
SystemName  bulk
SystemLabel bulk

==================================================
==================================================
# SPECIES AND BASIS

# Number of species
NumberOfSpecies 1
%block ChemicalSpeciesLabel
  1  29 Cu
%endblock ChemicalSpeciesLabel

PAO.BasisType    split
PAO.BasisSize SZP
PAO.EnergyShift 50 meV

==================================================
==================================================
# K-points

%block kgrid_Monkhorst_Pack
10   0   0   0.0
0   10   0   0.0
0   0   20  0.5
%endblock kgrid_Monkhorst_Pack
==================================================
==================================================
# UNIT CELL
LatticeConstant       3.615 Ang
%block LatticeVectors
1   0  0
0  1  0
0   0  1
%endblock LatticeVectors


# Atomic coordinates
NumberOfAtoms 16
AtomicCoordinatesFormat Ang
%block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
  2.5562  0.0000  0.0000       1
  1.2781  2.2137  0.0000       1
  3.8343  2.2137  0.0000       1
  0.0000  0.0000  0.0000       1
  1.2781  0.7379  2.0871       1
  3.8343  0.7379  2.0871       1
  0.0000  4.4275  0.0000       1
  2.5562  4.4275  0.0000       1
  2.5562  2.9516  2.0871       1
  1.2781  5.1654  2.0871       1
  3.8343  5.1654  2.0871       1
  0.0000  2.9516  2.0871       1
  0.0000  1.4758  4.1742       1
  1.2781  3.6895  4.1742       1
  3.8343  3.6895  4.1742       1
  2.5562  1.4758  4.1742       1
%endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies

==================================================
==================================================
# General variables

ElectronicTemperature  300 K
OccupationFunction MP
MeshCutoff           350. Ry
xc.functional         LDA           # Exchange-correlation functional
xc.authors            CA
SpinPolarized .false.

==================================================
==================================================
SolutionMethod Diagon


==================================================
==================================================
# SCF variables

DM.MixSCF1   T
MaxSCFIterations      300           # Maximum number of SCF iter
DM.MixingWeight       0.01          # New DM amount for next SCF cycle
DM.Tolerance          1.d-4         # Tolerance in maximum difference
DM.UseSaveDM          true          # to use continuation files
DM.NumberPulay         3
DM.NumberKick         50
DM.KickMixingWeight   0.05
Diag.DivideAndConquer     no

==================================================
==================================================
# MD variables

MD.FinalTimeStep         1
MD.TypeOfRun                 CG
MD.NumCGsteps             100
MD.UseSaveXV              .true.
MD.VariableCell                .true.

=================================================
=================================================


==================================================
==================================================
# Output variables

WriteMullikenPop                1
WriteBands                      .false.
#SaveRho                         .true.
#SaveDeltaRho                    .true.
SaveHS                          .false.
#SaveElectrostaticPotential      .true.
#SaveTotalPotential              .true.
#SaveIonicCharge                        .true.
#SaveTotalCharge                        .true.
WriteCoorXmol                   .true.
WriteMDXmol                     .true.  #animation created
WriteMDhistory                  .false.
#WriteEigenvalues                yes

==================================================
==================================================
# Parallel variables

Diag.ParallelOverK      true

==================================================
==================================================
我看到我的xc.functional和xc.authors与你的设置不太一样，这个有关系嘛？
赞一下 回复此楼
15楼2012-07-09 12:25:48
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 16 个回答

zhangguangping

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
guohuazhon(金币+5): 谢谢，按照提示，问题解决了！ 2011-08-21 17:05:49
zzy870720z(金币+1): 谢谢指教 2011-09-01 10:49:25
引用回帖:
1楼: Originally posted by guohuazhon at 2011-08-21 08:53:25:
这一阵子试着用transiesta，计算例子的时候没有问题，可用自己的输入文件用transiesta计算时没有问题，当用tbtrans的时候就出现如下问题
ERROR: Unexpected no. orbs. in L elec.
ERROR: lastoL,NGL2          ...

我猜测你在计算tbtrans的时候，输入文件中忘记写出下面两个参数了。虽然手册上有一个默认值，在TranSIESTA的计算中，好像是写不写都无所谓，这个选项不读，而是直接使用的是电极计算中基函数的数目；但是如果在tbtrans中不写，默认值是0，所以出现错误。
TS.NumUsedAtomsLeft
TS.NumUsedAtomsRight

希望这个能解决你的问题。
赞一下(1人) 回复此楼
弘德明志博学笃行
2楼2011-08-21 13:50:50
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangguangping

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
guohuazhon(金币+10): 谢谢！ 2011-08-21 17:06:25
zzy870720z(金币+1): 谢谢补充 2011-09-01 10:49:39
引用回帖:
1楼: Originally posted by guohuazhon at 2011-08-21 08:53:25:
这一阵子试着用transiesta，计算例子的时候没有问题，可用自己的输入文件用transiesta计算时没有问题，当用tbtrans的时候就出现如下问题
ERROR: Unexpected no. orbs. in L elec.
ERROR: lastoL,NGL2          ...

附带上一个套输入文件：
体系结构：

说明：左右电极相同，是一个3*4的Au(111)的ABC结构，三层，每层12个原子。中间是散射区，金连有点长而已。

电极的输入文件：
SystemName  bulk_electrode
SystemLabel bulk_electrode

NumberOfSpecies  1
NumberOfAtoms    36

%block ChemicalSpeciesLabel
   1   79  Au
%endblock ChemicalSpeciesLabel

PAO.EnergyShift       100 meV

PAO.BasisType    split   
     
PAO.BasisSize    SZP

LatticeConstant   1.0 Ang

%block LatticeVectors
8.65128000    0.00000000    0.00000000
0.00000000    9.98964000    0.00000000
0.00000000    0.00000000    7.06374000   
%endblock LatticeVectors

#kgrid_cutoff                        20. Ang   
                             
%block kgrid_Monkhorst_Pack  
  4   0   0    0.5           
  0   4   0    0.5           
  0   0   6    0.5           
%endblock kgrid_Monkhorst_Pack

# SPIN options

xc.functional         GGA             # Exchange-correlation functional
xc.authors            PBE             # Exchange-correlation version
SpinPolarized         F               # Logical parameters are: yes or no
FixSpin               F
TotalSpin             0.0   
NonCollinearSpin                   F                       # 'T', 'F'
MeshCutoff                               300. Ry                  # Equivalent plane wave cutoff for the grid


# SCF options

DM.Tolerance          1.d-4         # Tolerance in maximum difference between input and output DM
MaxSCFIterations       300          # Maximum number of SCF iter
DM.UseSaveDM           T            # to use continuation files
DM.MixingWeight       0.05          # New DM amount for next SCF cycle
DM.NumberPulay         5
DM.MixSCF1                               F
DM.PulayOnFile                           F                         # Store in memory ('F') or in files ('T')
# NeglNonOverlapInt                 T             # 'F'=do not neglect
SolutionMethod        Diagon         # OrderN or Diagon or transiesta if you do a transport calculation
ElectronicTemperature  300 K          # Temp. for Fermi smearing

# MD options

MD.TypeOfRun           CG            # Type of dynamics:
MD.VariableCell        F
MD.NumCGsteps          000           # Number of CG steps for coordinate optimization
ZM.UnitsLength         Ang           #the units of length used during Z-matrix input  
ZM.UnitsAngle          deg           #the units of angles used during Z-matrix input
ZM.ForceTolLength      0.02 eV/Ang   #controls the convergence with respect to forces on Z-matrix lengths
ZM.ForceTolAngle       0.00356549 Ry/rad     #controls the convergence with respect to forces on Z-matrix angles
ZM.MaxDisplLength      0.1  Ang      # controls the maximum change in a Zmatrix length during an optimisation step
ZM.MaxDisplAngle       0.003 rad     # controls the maximum change in a Z-matrix angle during an optimisation step
ZM.CalcAllForces       T             # Default value

AtomicCoordinatesFormat     Ang
%block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
2.883760    8.324698   -4.709160    1
5.767520    8.324698   -4.709160    1
0.000000    8.324698   -4.709160    1
4.325640    0.832467   -4.709160    1
7.209400    0.832467   -4.709160    1
1.441880    0.832467   -4.709160    1
2.883760    3.329876   -4.709160    1
5.767520    3.329876   -4.709160    1
0.000000    3.329876   -4.709160    1
4.325640    5.827285   -4.709160    1
7.209400    5.827285   -4.709160    1
1.441880    5.827285   -4.709160    1
4.325640    9.157169   -2.354580    1
7.209400    9.157169   -2.354580    1
1.441880    9.157169   -2.354580    1
5.767520    1.664938   -2.354580    1
0.000000    1.664938   -2.354580    1
2.883760    1.664938   -2.354580    1
4.325640    4.162347   -2.354580    1
7.209400    4.162347   -2.354580    1
1.441880    4.162347   -2.354580    1
5.767520    6.659756   -2.354580    1
0.000000    6.659756   -2.354580    1
2.883760    6.659756   -2.354580    1
5.767520    0.000000    0.000000    1
0.000000    0.000000    0.000000    1
2.883760    0.000000    0.000000    1
7.209400    2.497409    0.000000    1
1.441880    2.497409    0.000000    1
4.325640    2.497409    0.000000    1
5.767520    4.994818    0.000000    1
0.000000    4.994818    0.000000    1
2.883760    4.994818    0.000000    1
7.209400    7.492227    0.000000    1
1.441880    7.492227    0.000000    1
4.325640    7.492227    0.000000    1
%endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies

# Output options

WriteCoorInitial          T
WriteCoorStep             T
WriteCoorXmol             T
WriteForces               T
WriteEigenvalues          F            # If .false., it writes them in the file Systemlabel.EIG
WriteMullikenPop          1            # Write Mulliken Population Analysis
#WriteKpoints             T
#WriteKbands              T
#WriteBands               T
WriteMDCoorXmol           T
WriteMDhistory            T


# Options for saving or reading information
                             
MD.UseSaveZM                T     # Use stored positions and velocities
MD.UseSaveCG                T     # Use stored positions and velocities
SaveRho                     T     # Write valence pseudocharge at the mesh
SaveDeltaRho                T     # Write RHOscf-RHOatm at the mesh
SaveElectrostaticPotential  T     # Write the total elect. pot. at the mesh
                                  # (local pseudopotential + Hartree)
SaveTotalPotential          T     # write the valence total effective local potential
                                  # (local pseudopotential + Hartree + Vxc)
WriteSiestaDim              T     # Write minimum dim to siesta.h and stop
WriteDenchar                T     # Write information for DENCHAR
赞一下(1人) 回复此楼
弘德明志博学笃行
3楼2011-08-21 13:55:54
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangguangping

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
guohuazhon(金币+5): 谢谢！广平兄辛苦了，呵呵！ 2011-08-21 17:07:11
zzy870720z(金币+3): guangping兄太热情了，呵呵，辛苦了 2011-09-01 10:50:07
引用回帖:
1楼: Originally posted by guohuazhon at 2011-08-21 08:53:25:
这一阵子试着用transiesta，计算例子的时候没有问题，可用自己的输入文件用transiesta计算时没有问题，当用tbtrans的时候就出现如下问题
ERROR: Unexpected no. orbs. in L elec.
ERROR: lastoL,NGL2          ...

散射区的输入文件：
SystemName  scatter_region_symm-0.0
SystemLabel scatter_region_symm-0.0

TS.biasContour.NumPoints         15
TS.Voltage  0.0  eV

TS.TBT.PDOSFrom  37
TS.TBT.PDOSTo    74

NumberOfSpecies 1
NumberOfAtoms   110

%block ChemicalSpeciesLabel
  1   79   Au
%endblock ChemicalSpeciesLabel


PAO.EnergyShift       100 meV

PAO.BasisType    split   
     
%block PAO.BasisSizes                     
Au  SZP                 
%endblock PAO.BasisSizes


LatticeConstant   1.0 Ang

%block LatticeVectors
8.65128000    0.00000000    0.00000000
0.00000000    9.98964000    0.00000000
0.00000000    0.00000000   46.08670000   
%endblock LatticeVectors


#kgrid_cutoff                        20. Ang   
                             
%block kgrid_Monkhorst_Pack  
  4   0   0    0.5           
  0   4   0    0.5           
  0   0   1    0.0           
%endblock kgrid_Monkhorst_Pack

# SPIN options

xc.functional         GGA             # Exchange-correlation functional
xc.authors            PBE             # Exchange-correlation version
SpinPolarized         F               # Logical parameters are: yes or no
FixSpin               F
TotalSpin             0.0   
NonCollinearSpin                   F                       # 'T', 'F'
MeshCutoff                               300. Ry                  # Equivalent plane wave cutoff for the grid


# SCF options

DM.Tolerance          1.d-4         # Tolerance in maximum difference between input and output DM
MaxSCFIterations       300          # Maximum number of SCF iter
DM.UseSaveDM           T            # to use continuation files
DM.MixingWeight       0.01          # New DM amount for next SCF cycle
DM.NumberPulay         5
DM.MixSCF1                               F
DM.PulayOnFile                           F                         # Store in memory ('F') or in files ('T')
# NeglNonOverlapInt                 T             # 'F'=do not neglect
SolutionMethod        transiesta         # OrderN or Diagon or transiesta if you do a transport calculation
ElectronicTemperature  300 K          # Temp. for Fermi smearing

# MD options

MD.TypeOfRun           CG            # Type of dynamics:
MD.VariableCell        F
MD.NumCGsteps          000           # Number of CG steps for coordinate optimization
ZM.UnitsLength         Ang           #the units of length used during Z-matrix input  
ZM.UnitsAngle          deg           #the units of angles used during Z-matrix input
ZM.ForceTolLength      0.02 eV/Ang   #controls the convergence with respect to forces on Z-matrix lengths
ZM.ForceTolAngle       0.00356549 Ry/rad     #controls the convergence with respect to forces on Z-matrix angles
ZM.MaxDisplLength      0.1  Ang      # controls the maximum change in a Zmatrix length during an optimisation step
ZM.MaxDisplAngle       0.003 rad     # controls the maximum change in a Z-matrix angle during an optimisation step
ZM.CalcAllForces       T             # Default value


AtomicCoordinatesFormat Ang

%block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
   2.883760    8.324698   -4.709160     1
   5.767520    8.324698   -4.709160     1
   0.000000    8.324698   -4.709160     1
   4.325640    0.832467   -4.709160     1
   7.209400    0.832467   -4.709160     1
   1.441880    0.832467   -4.709160     1
   2.883760    3.329876   -4.709160     1
   5.767520    3.329876   -4.709160     1
   0.000000    3.329876   -4.709160     1
   4.325640    5.827285   -4.709160     1
   7.209400    5.827285   -4.709160     1
   1.441880    5.827285   -4.709160     1
   4.325640    9.157169   -2.354580     1
   7.209400    9.157169   -2.354580     1
   1.441880    9.157169   -2.354580     1
   5.767520    1.664938   -2.354580     1
   0.000000    1.664938   -2.354580     1
   2.883760    1.664938   -2.354580     1
   4.325640    4.162347   -2.354580     1
   7.209400    4.162347   -2.354580     1
   1.441880    4.162347   -2.354580     1
   5.767520    6.659756   -2.354580     1
   0.000000    6.659756   -2.354580     1
   2.883760    6.659756   -2.354580     1
   5.767520    0.000000    0.000000     1
   0.000000    0.000000    0.000000     1
   2.883760    0.000000    0.000000     1
   7.209400    2.497409    0.000000     1
   1.441880    2.497409    0.000000     1
   4.325640    2.497409    0.000000     1
   5.767520    4.994818    0.000000     1
   0.000000    4.994818    0.000000     1
   2.883760    4.994818    0.000000     1
   7.209400    7.492227    0.000000     1
   1.441880    7.492227    0.000000     1
   4.325640    7.492227    0.000000     1
   2.883760    8.324698    2.354580     1
   5.767520    8.324698    2.354580     1
   0.000000    8.324698    2.354580     1
   4.325640    0.832467    2.354580     1
   7.209400    0.832467    2.354580     1
   1.441880    0.832467    2.354580     1
   2.883760    3.329876    2.354580     1
   5.767520    3.329876    2.354580     1
   0.000000    3.329876    2.354580     1
   4.325640    5.827285    2.354580     1
   7.209400    5.827285    2.354580     1
   1.441880    5.827285    2.354580     1
   4.325640    4.162347    4.709160     1
   5.767520    6.659756    4.709160     1
   2.883760    6.659756    4.709160     1
   4.325640    5.827285    7.063740     1
   4.325640    5.827285    9.947500     1
   4.325640    5.827285   12.831260     1
   4.325640    5.827285   15.715020     1
   4.325640    5.827285   18.598780     1
   4.325640    5.827285   21.482540     1
   4.325640    5.827285   24.366300     1
   4.325640    5.827285   27.250060     1
   4.325640    4.162347   29.604640     1
   2.883760    6.659756   29.604640     1
   5.767520    6.659756   29.604640     1
   5.767520    0.000000   31.959220     1
   0.000000    0.000000   31.959220     1
   2.883760    0.000000   31.959220     1
   7.209400    2.497409   31.959220     1
   1.441880    2.497409   31.959220     1
   4.325640    2.497409   31.959220     1
   5.767520    4.994818   31.959220     1
   0.000000    4.994818   31.959220     1
   2.883760    4.994818   31.959220     1
   7.209400    7.492227   31.959220     1
   1.441880    7.492227   31.959220     1
   4.325640    7.492227   31.959220     1
   2.883760    8.324698   34.313800     1
   5.767520    8.324698   34.313800     1
   0.000000    8.324698   34.313800     1
   4.325640    0.832467   34.313800     1
   7.209400    0.832467   34.313800     1
   1.441880    0.832467   34.313800     1
   2.883760    3.329876   34.313800     1
   5.767520    3.329876   34.313800     1
   0.000000    3.329876   34.313800     1
   4.325640    5.827285   34.313800     1
   7.209400    5.827285   34.313800     1
   1.441880    5.827285   34.313800     1
   4.325640    9.157169   36.668380     1
   7.209400    9.157169   36.668380     1
   1.441880    9.157169   36.668380     1
   5.767520    1.664938   36.668380     1
   0.000000    1.664938   36.668380     1
   2.883760    1.664938   36.668380     1
   4.325640    4.162347   36.668380     1
   7.209400    4.162347   36.668380     1
   1.441880    4.162347   36.668380     1
   5.767520    6.659756   36.668380     1
   0.000000    6.659756   36.668380     1
   2.883760    6.659756   36.668380     1
   5.767520    0.000000   39.022960     1
   0.000000    0.000000   39.022960     1
   2.883760    0.000000   39.022960     1
   7.209400    2.497409   39.022960     1
   1.441880    2.497409   39.022960     1
   4.325640    2.497409   39.022960     1
   5.767520    4.994818   39.022960     1
   0.000000    4.994818   39.022960     1
   2.883760    4.994818   39.022960     1
   7.209400    7.492227   39.022960     1
   1.441880    7.492227   39.022960     1
   4.325640    7.492227   39.022960     1
%endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies

#WriteWaveFunctions        T            # coefficients of the wavefunctions in the basis set orbitals expansion     
#WaveFuncKPointsScale     ReciprocalLatticeVectors
#%block WaveFuncKPoints
#0.000 0.000 0.000  from    1 to 10      # Gamma wavefuncs 1 to 10
#%endblock WaveFuncKPoints

# Output options

WriteCoorInitial          T
WriteCoorStep             T
WriteCoorXmol             T
WriteForces               T
WriteEigenvalues          F            # If .false., it writes them in the file Systemlabel.EIG
WriteMullikenPop          1            # Write Mulliken Population Analysis
#WriteKpoints             T
#WriteKbands              T
#WriteBands               T
WriteMDCoorXmol           T
WriteMDhistory            T


# Options for saving or reading information
                             
MD.UseSaveZM                T     # Use stored positions and velocities
MD.UseSaveCG                T     # Use stored positions and velocities
SaveRho                     T     # Write valence pseudocharge at the mesh
SaveDeltaRho                T     # Write RHOscf-RHOatm at the mesh
SaveElectrostaticPotential  T     # Write the total elect. pot. at the mesh
                                  # (local pseudopotential + Hartree)
SaveTotalPotential          T     # write the valence total effective local potential
                                  # (local pseudopotential + Hartree + Vxc)
WriteSiestaDim              T     # Write minimum dim to siesta.h and stop
WriteDenchar                T     # Write information for DENCHAR


#######################TRANSIESTA OPTIONS#######################
# GF OPTIONS

TS.ComplexContour.Emin      -50.0 eV
TS.ComplexContour.NPoles         16
TS.ComplexContour.NCircle        16
TS.ComplexContour.NLine          11

# BIAS OPTIONS  
               

TS.UpdateDMCROnly               true

# TS OPTIONS



# TBT OPTIONS
TS.CalcGF  F
TS.MixH    T
TS.TBT.Emin                   -1.0 eV
TS.TBT.Emax                    1.0 eV
TS.TBT.NPoints                100
TS.TBT.NEigen                  10
TS.TBT.Eta                   1.d-6 Ry

# Write hamiltonian  

TS.SaveHS                      true


# LEFT ELECTRODE
TS.HSFileLeft            ./bulk_electrode.TSHS
TS.ReplicateA1Left       1
TS.ReplicateA2Left       1
TS.NumUsedAtomsLeft      36
TS.BufferAtomsLeft       0

# RIGHT ELECTRODE
TS.HSFileRight            ./bulk_electrode.TSHS
TS.ReplicateA1Right      1
TS.ReplicateA2Right      1
TS.NumUsedAtomsRight     36
TS.BufferAtomsRight      0

#######################TRANSIESTA OPTIONS#######################
赞一下(1人) 回复此楼
弘德明志博学笃行
4楼2011-08-21 13:56:34
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 16 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭