| 查看: 5074 | 回复: 10 | |||||||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||||||
cenwanglai荣誉版主 (知名作家)
老和山猥琐派九段
|
[求助]
CH4在Ir（111）表面的解离吸附过渡态计算：Henkelman的PRL文章
|
||||||
|
用vtstool的人大概都很熟悉Graeme Henkelman了，这个是他2001年的文章。看看他是怎么计算和分析过渡态来发PRL的。 我有不少问题没有看懂，希望路人指教！ 1.作者把CH4放在表面外4埃左右的高度作为起点，解离成H和CH3的表面吸附态作为终点，插入若干image做NEB计算，然后在NEB的基础上做dimer计算找鞍点。 请问，为什么不直接用CNEB方法找鞍点呢？如果先用NEB方法，一般收敛到多高的精度（EDIFFG）再来做dimer计算？ 2.作者通过dimer找到了鞍点，那么如何确定MEP呢？直接把dimer方法找到的鞍点放到前面收敛的NEB路径中？ 3.如下图，作者做了零点能修正和dispersion interaction修正。零点能修正为什么降低总能呢？long range dispersioni interaction是什么意思？如何修正？ 4.这篇文章给出的反应路径，非常明确的给出了CH4先有物理吸附，再越过能垒，转变为化学吸附，然后解离的路径。物理吸附的能量很小，这种若作用vasp的结果是否可靠呢？下图粗黑线表明物理吸附能阱的出现，依赖于ZPE修正，如果不做修正的话是不会出现这样的结果的，图中细实线就是直接把总能列出的结果，从中丝毫没有看到物理吸附的迹象。那么ZPE对气相分子和固体材料都有图示所列的这么大的影响？我觉得只对质量小，自由度大的小分子才有大的影响的，而对金属氧化物固体材料的影响可以忽略。不知道为什么这里给出的结果，ZPE修正的粗实线整体低于细实线如此明显？ 5. MEP的ZPE修正是如何操作的呢？E+ZPE(=0.5hv)?如果是这样的话，为什么下图ZPE的粗实线在细实线的下面？难道仅仅是整体平移的“幻相”。问题见另外一个帖子：http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3507528&fpage=1   [ Last edited by cenwanglai on 2011-8-21 at 15:40 ] |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 第一性原理 | 我的饕餮 | 纳米及第一性原理方向 | 他山之玉 |
| 计算原理 |
» 本帖@通知
» 猜你喜欢
极限拉扯，如何抉择
已经有5人回复
-
课题组会帮你通过考核么？
已经有6人回复
-
OpenAI又攻克数学难题了，离AI做有机合成还有多远？
已经有7人回复
-
售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急
已经有9人回复
-
售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急
已经有10人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急
已经有8人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急
已经有9人回复
-
售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急
已经有7人回复
-
售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有10人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急
已经有9人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 巨正则系综蒙特卡洛方法是怎样计算吸附过程的
已经有14人回复
- 请教吸附试验翻译
已经有2人回复
- 该贴已过期6
已经有9人回复
- 外加电场下的表面光伏测试可以判断半导体是P型还是n型吗？
已经有11人回复
- 表面张力的方向
已经有21人回复
- 金属物质表面吸附了有机物，可以测定它吸附的含量么？
已经有7人回复
- 酰基化反应热力学计算
已经有5人回复
- 如何计算激光的束腰大小
已经有8人回复
- 表面分子吸附的几何优化
已经有5人回复
- 电极表面修饰物如何进行SEM、IR表征？
已经有19人回复
- 看看别人仅用VASP做DOS计算发好文章（两篇PRL）
已经有30人回复
- 物理吸附一定放热吗？焓变可以大于0吗？
已经有10人回复
- 请较如何根据电容器的充放电曲线计算internal resistance (IR) drop
已经有15人回复
- 【求助】如何区别分子态吸附和解离吸附？
已经有10人回复
uuv2010
荣誉版主 (职业作家)
- 1ST强帖: 6
- 应助: 160 (高中生)
- 贵宾: 3.14
- 金币: 3677.7
- 散金: 5807
- 红花: 79
- 沙发: 35
- 帖子: 4564
- 在线: 916.6小时
- 虫号: 966216
- 注册: 2010-03-09
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
- 管辖: 第一性原理
9楼2011-09-05 09:09:56
dxcharlary
专家顾问 (职业作家)
-
专家经验: +84 - 1ST强帖: 2
- 应助: 251 (大学生)
- 金币: 10533.7
- 散金: 155
- 红花: 65
- 帖子: 3149
- 在线: 759.7小时
- 虫号: 936718
- 注册: 2010-01-04
- 专业: 凝聚态物性I:结构、力学和
- 管辖: 第一性原理
【答案】应助回帖
★ ★ ★
cenwanglai(金币+10): 谢谢回复！ 2011-08-20 17:43:43
zzy870720z(金币+3): 谢谢指教 2011-09-05 08:36:05
cenwanglai(金币+10): 谢谢回复！ 2011-08-20 17:43:43
zzy870720z(金币+3): 谢谢指教 2011-09-05 08:36:05
|
这篇文章没看过，而且我也不是做这个方向的，后面的问题回答不了。只能大概的和你讲一讲。 1.不能上来就用CINEB，因为初猜路径大多数情况下是不对的。而且很有可能和MEP差很多。所以上来使用CINEB很有可能造成路径混乱。CINEB只有在路径极大值点位于鞍点附近时，即出现明显的收敛趋势时，才可以使用。 理论上说dimmer比CINEB靠谱，因为dimmer可以保证是一阶鞍点，但CINEB本身只是一个找鞍点的方法，就算计算弹簧链的话，也无法100%保证找到的是一阶鞍点。不过对于大多数势能面不是很复杂的情况，来说CINEB还是靠谱的。 2.我感觉是先通过NEB找的MEP，然后再在最高点附近做的dimmer。 3.不懂，不过我猜是和你的下一个问题有关。应该是一种计算分子间作用力的方法。 4.应该考虑分子间的作用力。其他的就不懂了。 |
2楼2011-08-20 16:47:30
cenwanglai
荣誉版主 (知名作家)
老和山猥琐派九段
- 1ST强帖: 5
- 应助: 46 (小学生)
- 贵宾: 8.842
- 金币: 7441.4
- 散金: 9654
- 红花: 119
- 沙发: 23
- 帖子: 5306
- 在线: 1961.4小时
- 虫号: 537452
- 注册: 2008-04-01
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 仿真模拟
3楼2011-08-20 17:58:11
hakuna
木虫 (知名作家)
- 1ST强帖: 3
- 应助: 82 (初中生)
- 金币: 8735.9
- 散金: 158
- 红花: 126
- 帖子: 5599
- 在线: 1367.2小时
- 虫号: 167622
- 注册: 2006-01-15
- 专业: 考古理论
4楼2011-08-20 19:03:05
