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guohuazhong

至尊木虫 (职业作家)

[求助] ATK 并行问题求助

我现在用到是ATK2008.10linux x86-64版本，安装成功后，计算一个输运问题，如果采用2核计算
mpirun -np 2 atk *.py > log.out
则部分输出如下
# ----------------------------------------------------------------
# Electrodes Calculation
# ----------------------------------------------------------------
# ----------------------------------------------------------------
# Electrodes Calculation
# ----------------------------------------------------------------
# sc  0 : Fermi Energy =    0.00000 Ry
# sc  0 : Fermi Energy =    0.00000 Ry
# sc  1 : Fermi Energy =   -0.04668 Ry  dRho =  2.7934E-01
# sc  1 : Fermi Energy =   -0.04668 Ry  dRho =  2.7934E-01
# sc  2 : Fermi Energy =   -0.05558 Ry  dRho =  7.8680E-03
# sc  2 : Fermi Energy =   -0.05558 Ry  dRho =  7.8680E-03
。。。。。。。。。。
但是如果我采用8核计算
mpirun -np 8 atk *.py >log.out
则输出如下
# ----------------------------------------------------------------
# Electrodes Calculation
# ----------------------------------------------------------------
# ----------------------------------------------------------------
# Electrodes Calculation
# ----------------------------------------------------------------
# ----------------------------------------------------------------
# Electrodes Calculation
# ----------------------------------------------------------------
# ----------------------------------------------------------------
# Electrodes Calculation
# ----------------------------------------------------------------
# ----------------------------------------------------------------
# Electrodes Calculation
# ----------------------------------------------------------------
# ----------------------------------------------------------------
# Electrodes Calculation
# ----------------------------------------------------------------
# ----------------------------------------------------------------
# Electrodes Calculation
# ----------------------------------------------------------------
# ----------------------------------------------------------------
# Electrodes Calculation
# ----------------------------------------------------------------
# sc  0 : Fermi Energy =    0.00000 Ry
# sc  0 : Fermi Energy =    0.00000 Ry
# sc  0 : Fermi Energy =    0.00000 Ry
# sc  0 : Fermi Energy =    0.00000 Ry
# sc  0 : Fermi Energy =    0.00000 Ry
# sc  0 : Fermi Energy =    0.00000 Ry
# sc  0 : Fermi Energy =    0.00000 Ry
# sc  0 : Fermi Energy =    0.00000 Ry
# sc  1 : Fermi Energy =   -0.04668 Ry  dRho =  2.7934E-01
# sc  1 : Fermi Energy =   -0.04668 Ry  dRho =  2.7934E-01
# sc  1 : Fermi Energy =   -0.04668 Ry  dRho =  2.7934E-01
# sc  1 : Fermi Energy =   -0.04668 Ry  dRho =  2.7934E-01
# sc  1 : Fermi Energy =   -0.04668 Ry  dRho =  2.7934E-01
# sc  1 : Fermi Energy =   -0.04668 Ry  dRho =  2.7934E-01
# sc  1 : Fermi Energy =   -0.04668 Ry  dRho =  2.7934E-01
# sc  1 : Fermi Energy =   -0.04668 Ry  dRho =  2.7934E-01
# sc  2 : Fermi Energy =   -0.05558 Ry  dRho =  7.8680E-03
# sc  2 : Fermi Energy =   -0.05558 Ry  dRho =  7.8680E-03
# sc  2 : Fermi Energy =   -0.05558 Ry  dRho =  7.8680E-03
# sc  2 : Fermi Energy =   -0.05558 Ry  dRho =  7.8680E-03
# sc  2 : Fermi Energy =   -0.05558 Ry  dRho =  7.8680E-03
# sc  2 : Fermi Energy =   -0.05558 Ry  dRho =  7.8680E-03
# sc  2 : Fermi Energy =   -0.05558 Ry  dRho =  7.8680E-03
# sc  2 : Fermi Energy =   -0.05558 Ry  dRho =  7.8680E-03
用top命令看确实是两个核或是8个核则计算，但我怀疑是两个核或者8个核在重复计算，导致输出俩个或者8个相同的输出，不知道各位虫友的atk并行计算时是不是也是这样的。求解答。先谢谢了！
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1楼 2011-07-30 15:38:16
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zhangguangping

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

guohuazhong(金币+10): 谢谢！试试吧！ 2011-07-31 16:53:09
guohuazhong(金币+10): 谢谢！ 2011-07-31 23:51:29
引用回帖:
1楼: Originally posted by guohuazhong at 2011-07-30 08:38:16:
我现在用到是ATK2008.10linux x86-64版本，安装成功后，计算一个输运问题，如果采用2核计算
mpirun -np 2 atk *.py > log.out
则部分输出如下
# -------------------------------------------------------- ...

你的问题是一个用ATK的人可能都会遇到的问题。我曾经遇到过，也为之苦恼过。
问题不是你所说的重复计算，只是输出的问题罢了。
将
mpirun -np 8 atk *.py >log.out
修改为
mpirun -np 8 atk *.py >log.out < /dev/null &
会解决你的问题。
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弘德明志博学笃行
2楼2011-07-31 10:58:55
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