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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 【求助】ATK Linux并行运算lisence问题
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freshgirl

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】ATK Linux并行运算lisence问题已有1人参与

ATK 2008.10.0 Linux版，我查看了自己的lisence文件，里面只有一个slave lisence的序列号，这是不是意味着不能进行并行运算？除非我再有一个slave lisence的序列号？
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1楼2009-06-17 23:20:11
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wuchenwf
帮顶一下  
2楼2009-06-18 20:21:50
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freshgirl

木虫 (正式写手)

【问题解决】

★ ★ ★ ★ ★
zdhlover(金币+5,VIP+0):谢谢交流反馈，欢迎常来，呵呵 6-19 18:20
先介绍一下我的系统情况，Centos，MPICH，intel-i7-920，物理四核，逻辑八核。我要完成的任务是保证ATK在单机上并行使用到多个CPU。

下面介绍ATK lisence的构造，只要lisence里有master lisence和slave lisence号，就表明这个lisence是可以并行运算的。和slave lisence的个数无关。只有当时多台机器，也就说是一个集群组的时候，我们才需要在每一台单个机器上安装不同的ATK lisence。

注意，这里需要强调，单机Multi CPU并行运算，只需要一个lisence。多机集群组并行运算，需要每台机子都装有不同的lisence。但是其实两者效果是一样的，因为即使是集群组，每次也只有一个CPU在跑。。。

明白这个道理，我就完全可以在自己的电脑上并行跑ATK了。首先我要使用
mpd &
命令来调动起MPI

接下来，按照manual上所说的，用以下命令
mpirun -np 2(你想开的CPU个数) /$ATK_DIR(自己安装atk目录)/bin/atk **.py > **.log &
这里建议将输出文件pipeout到另外一个文件中

最后，为了验证是否有多核在跑，运行查看命令
ps(或者top)
会发现，有多个atk, atk_exec进程。同时打开CPU管理器，也可以看到多个CPU在同时工作。

并行的威力非常大，我试验了manual的femgofe程序，并行情况下spin-up和spin-dn只用了一个小时不到跑完，但是串行跑了10小时还没有完成。。。。差距啊。。。
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3楼2009-06-20 14:07:30
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yjr

铁杆木虫 (正式写手)
太牛了吧，真是像楼主介绍的那样。
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4楼2009-06-20 20:54:27
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
楼主能把你的license发给我一份吗？我想用一下2008.10.0 Linux版本的ATK ！我的机器是64位的！license不会分多少位的吧？谢谢！我的邮箱zgp121@126.com
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弘德明志博学笃行
5楼2010-04-02 21:12:31
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by freshgirl at 2009-06-17 16:20:11:
ATK 2008.10.0 Linux版，我查看了自己的lisence文件，里面只有一个slave lisence的序列号，这是不是意味着不能进行并行运算？除非我再有一个slave lisence的序列号？

楼主安装mpich2的的时候安装完了，还要做什么设置吗？我现在安装完了，并且能过测试例子，
mpirun -np 8 /home/atk/tmp/mpich2-1.2.1/examples/cpi
Process 4 of 8 is on cl240
Process 0 of 8 is on cl240
Process 5 of 8 is on cl240
Process 7 of 8 is on cl240
Process 2 of 8 is on cl240
Process 3 of 8 is on cl240
Process 1 of 8 is on cl240
Process 6 of 8 is on cl240
pi is approximately 3.1415926544231247, Error is 0.0000000008333316
wall clock time = 0.299681
是不是证明我的mpich2已经安装好了啊。
但是我mpirun -np 8 atk *.py &
时出现老多错误啊！
象如：
Separation (Angstrom)   Total Energy (eV)       Spin (hbar)Separation (Angstrom)        Total Energy (eV)       Spin (hbar)

Separation (Angstrom)   Total Energy (eV)       Spin (hbar)
Separation (Angstrom)   Total Energy (eV)       Spin (hbar)
Separation (Angstrom)   Total Energy (eV)       Spin (hbar)
Separation (Angstrom)   Total Energy (eV)       Spin (hbar)
Separation (Angstrom)   Total Energy (eV)       Spin (hbar)
Separation (Angstrom)   Total Energy (eV)       Spin (hbar)
mpiexec_cl239 (handle_stdin_input 1089): stdin problem; if pgm is run in background, redirect from /dev/null
mpiexec_cl239 (handle_stdin_input 1090):     e.g.: mpiexec -n 4 a.out < /dev/null &
mpiexec_cl239 (handle_stdin_input 1089): stdin problem; if pgm is run in background, redirect from /dev/null
mpiexec_cl239 (handle_stdin_input 1090):     e.g.: mpiexec -n 4 a.out < /dev/null &
mpiexec_cl239 (handle_stdin_input 1089): stdin problem; if pgm is run in background, redirect from /dev/null
mpiexec_cl239 (handle_stdin_input 1090):     e.g.: mpiexec -n 4 a.out < /dev/null &
mpiexec_cl239 (handle_stdin_input 1089): stdin problem; if pgm is run in background, redirect from /dev/null
这只是一个片段。所以我想知道，我那个地方么有设置好吗？还有就是为什么多核并行的时候相同的内容输出多遍呢？
谢谢！
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弘德明志博学笃行
6楼2010-05-22 12:11:05
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