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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 【求助】ATK并行的问题
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gradius

银虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】ATK并行的问题 已有6人参与

这两天终于等来了ATK-2008的license，装好后$atk --version显示为ATK 2008.10.0 Linux-x86_64 build 14677 2008-11-27，说明安装成功。交作业写了一个简单的脚本，内容为mpirun -np 4 ~/soft/atk-2008.10.0/bin/atk water02-egv.py > water.log，运行的时候top一下发现还是单个cpu在跑而不是四个，应该怎样解决这个问题？我用的mpirun是mpich1.2.7
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请广大老师同学批评指正！
1楼 2010-05-10 08:58:42
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忽悠小皮

铜虫 (小有名气)
手册上有介绍，仔细看过没有？
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2楼2010-05-19 21:34:56
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
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Originally posted by gradius at 2010-05-10 01:58:42:
这两天终于等来了ATK-2008的license，装好后$atk --version显示为ATK 2008.10.0 Linux-x86_64 build 14677 2008-11-27，说明安装成功。交作业写了一个简单的脚本，内容为mpirun -np 4 ~/soft/atk-2008.10.0/bin/a ...

你的lic是申请的免费的？
哎，我想用个破解的。免费的需要该机器的时间，很不方便啊。另外你申请的时候还要提供机器码是吗？也就是说你的lic只能用与一台机器。
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弘德明志博学笃行
3楼2010-05-20 09:44:46
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163.com

金虫 (著名写手)

实习版主
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
这个做并行的时候友好多东西，我们组做这歌ATK 的并行也是搞了好久

最起码的， 你的mpi装好了没有？ 用mpd启动ATK
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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

lisi2007
阿什顿联
4楼2010-05-21 11:51:11
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
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Originally posted by 163.com at 2010-05-21 04:51:11:
这个做并行的时候友好多东西，我们组做这歌ATK 的并行也是搞了好久

最起码的， 你的mpi装好了没有？ 用mpd启动ATK

用mpd启动atk什么意思？ 安装好了mpich2之后，直接mpd&启动起mpich不就可以用mpirun -np 8 atk *.py &并行吗？
但是我的也不能并行啊！虽然是有那么多核在跑。但是屏幕上输出一些很奇怪的信息。
Separation (Angstrom)   Total Energy (eV)       Spin (hbar)Separation (Angstrom)        Total Energy (eV)       Spin (hbar)

Separation (Angstrom)   Total Energy (eV)       Spin (hbar)
Separation (Angstrom)   Total Energy (eV)       Spin (hbar)
Separation (Angstrom)   Total Energy (eV)       Spin (hbar)
Separation (Angstrom)   Total Energy (eV)       Spin (hbar)
Separation (Angstrom)   Total Energy (eV)       Spin (hbar)
Separation (Angstrom)   Total Energy (eV)       Spin (hbar)
mpiexec_cl239 (handle_stdin_input 1089): stdin problem; if pgm is run in background, redirect from /dev/null
mpiexec_cl239 (handle_stdin_input 1090):     e.g.: mpiexec -n 4 a.out < /dev/null &
mpiexec_cl239 (handle_stdin_input 1089): stdin problem; if pgm is run in background, redirect from /dev/null
mpiexec_cl239 (handle_stdin_input 1090):     e.g.: mpiexec -n 4 a.out < /dev/null &
mpiexec_cl239 (handle_stdin_input 1089): stdin problem; if pgm is run in background, redirect from /dev/null
mpiexec_cl239 (handle_stdin_input 1090):     e.g.: mpiexec -n 4 a.out < /dev/null &
mpiexec_cl239 (handle_stdin_input 1089): stdin problem; if pgm is run in background, redirect from /dev/null
这是为什么呢？
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弘德明志博学笃行
5楼2010-05-22 12:21:08
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
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Originally posted by 163.com at 2010-05-21 04:51:11:
这个做并行的时候友好多东西，我们组做这歌ATK 的并行也是搞了好久

最起码的， 你的mpi装好了没有？ 用mpd启动ATK

我想请教一个问题，用Linux下的ATK计算的结果能用windows下的VNL查看吗？
windows下的结果，我的能查看，但是Linux下的查看不了。Linux是64位的，windows是32位的。这个和软件位数应该没什么关系吧！查看计算结果嘛！
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弘德明志博学笃行
6楼2010-05-22 13:22:33
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
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wuli8(金币+1): 2010-05-23 11:00:42
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Originally posted by zhangguangping at 2010-05-22 05:21:08:

用mpd启动atk什么意思？ 安装好了mpich2之后，直接mpd&启动起mpich不就可以用mpirun -np 8 atk *.py &并行吗？
但是我的也不能并行啊！虽然是有那么多核在跑。但是屏幕上输出一些很奇怪的信息。
Sepa ...

这个问题解决了，并行的时候使用这样命令就行了：
mpirun -np 8 atk *.py >out < /dev/null &就可以了。输出文件里面就没有那些乱七八糟的东西了。
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弘德明志博学笃行
7楼2010-05-22 13:35:15
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a1597916

铜虫 (初入文坛)
★
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Originally posted by zhangguangping at 2010-05-22 13:35:15:

这个问题解决了，并行的时候使用这样命令就行了：
mpirun -np 8 atk *.py >out < /dev/null &就可以了。输出文件里面就没有那些乱七八糟的东西了。

能不能给我发一个VNL200810 linux 的license，用windows的好慢，先谢谢了！我的邮箱是kgdu198801@126.com。
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8楼2010-05-23 12:53:57
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
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Originally posted by gradius at 2010-05-10 01:58:42:
这两天终于等来了ATK-2008的license，装好后$atk --version显示为ATK 2008.10.0 Linux-x86_64 build 14677 2008-11-27，说明安装成功。交作业写了一个简单的脚本，内容为mpirun -np 4 ~/soft/atk-2008.10.0/bin/a ...

我记得手册上说是用mpich2做并行的。没有说用mpich
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弘德明志博学笃行
9楼2010-05-23 15:58:46
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gradius

银虫 (初入文坛)
有好几天没上小木虫了，谢谢大家
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请广大老师同学批评指正！
10楼2010-05-27 17:26:46
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