24小时热门版块排行榜    

查看: 1482  |  回复: 16
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

ZJboy

木虫 (著名写手)

[交流] 对配合物结构的处理(不优化,取代基修饰,部分优化) 已有5人参与

在计算配合物的性质前,要对结构进行一些处理。首先通常是从晶体结构中取一个单元。
然后可能做出以下选择:
1.若单元较大,可能不优化而直接计算分子轨道等。
2.把一些较大取代基改成较小取代基(如甲基改为氢)后,完全优化。
3.固定一些键或原子,再部分优化。
不少文献中采用前两种方法,而第三种方法,起码在配合物;领域我还没见过。
那么,请问大家一般是怎么处理的。谢谢。
回复此楼

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ZJboy

木虫 (著名写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by angiu at 2011-08-11 16:59:49:
如果取代基太大或者对反应影响很小,譬如说做手性催化的立体中心,那开始做机理能量时先用小基组代替,有必要再还原完全的结构

是“小基组”还是“小基团”?
4楼2011-08-11 22:59:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ZJboy

木虫 (著名写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by hzfish at 2011-08-21 13:15:25:
分子大,可以考虑分层。

ONIOM?
7楼2011-08-21 21:01:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ZJboy

木虫 (著名写手)

引用回帖:
1141312楼: Originally posted by oyljw at 2011-08-11 09:25:49
全优化了  但是结果达不到审稿人要求 (要求键长键角相对误差在%1一下)正心急火燎中........................................

请问您的相对误差是怎么来的?是否把优化后的结构与晶体结构相比?
9楼2012-08-07 16:45:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ZJboy

木虫 (著名写手)

引用回帖:
1141312楼: Originally posted by oyljw at 2011-08-11 09:25:49
全优化了  但是结果达不到审稿人要求 (要求键长键角相对误差在%1一下)正心急火燎中........................................

对于一、二、三维的配位聚合物而言,你要取一个单元出来进行计算必然要切断配位键,以及周围的弱作用,即使是寡聚物或单核配合物,配位单元之间通常存在氢键等弱作用,如果弱作用整体上较强,必然导致此配位单元在优化后与其在晶体结构中有较大的几何结构差异。这方面不知阁下是否考虑过?
10楼2012-08-07 20:24:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ZJboy

木虫 (著名写手)

引用回帖:
1639482楼: Originally posted by oyljw at 2012-08-07 20:46:24
多谢您提醒! 我用密度泛函 试着用了几个泛函 用了pw91 得到的结果 瞎猫碰上了死老鼠 符合要求了 编辑再没有提出 问题。...

倒也没必要这样说自己。能发出去就了不起。
13楼2012-08-08 00:08:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ZJboy

木虫 (著名写手)

引用回帖:
1369545楼: Originally posted by hzfish at 2011-08-21 13:15:25
分子大,可以考虑分层。

请问OMIOM与QM/MM有何异同?谢谢。
14楼2012-08-08 00:10:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ZJboy

木虫 (著名写手)

引用回帖:
16楼: Originally posted by maxwell妖 at 2013-04-03 19:46:10
第一次优化,最好不要采用固定原子的方法,可以先将部分片段优化,或者拿些实验数据片段。据我所做的来看,对过渡金属采用SDD,优化的结果比较满意。

其实有时候也很难说用什么基组会比较好我习惯先用Lanl2dz试一下。
17楼2013-04-05 14:15:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 ZJboy 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
信息提示
请填处理意见