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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 对配合物结构的处理（不优化，取代基修饰，部分优化）
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ZJboy

木虫 (著名写手)

[交流] 对配合物结构的处理（不优化，取代基修饰，部分优化） 已有5人参与

在计算配合物的性质前，要对结构进行一些处理。首先通常是从晶体结构中取一个单元。
然后可能做出以下选择：
1.若单元较大，可能不优化而直接计算分子轨道等。
2.把一些较大取代基改成较小取代基（如甲基改为氢）后，完全优化。
3.固定一些键或原子，再部分优化。
不少文献中采用前两种方法，而第三种方法，起码在配合物；领域我还没见过。
那么，请问大家一般是怎么处理的。谢谢。
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1楼 2011-07-23 01:17:53
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ZJboy

木虫 (著名写手)
引用回帖:
1141312楼: Originally posted by oyljw at 2011-08-11 09:25:49
全优化了  但是结果达不到审稿人要求 （要求键长键角相对误差在%1一下）正心急火燎中........................................

对于一、二、三维的配位聚合物而言，你要取一个单元出来进行计算必然要切断配位键，以及周围的弱作用，即使是寡聚物或单核配合物，配位单元之间通常存在氢键等弱作用，如果弱作用整体上较强，必然导致此配位单元在优化后与其在晶体结构中有较大的几何结构差异。这方面不知阁下是否考虑过？
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10楼2012-08-07 20:24:03
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oyljw

至尊木虫 (职业作家)

格物致知Professional
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
全优化了  但是结果达不到审稿人要求 （要求键长键角相对误差在%1一下）正心急火燎中........................................
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独立之精神自由之思想
2楼2011-08-11 09:25:49
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angiu

银虫 (初入文坛)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
gmy1990(金币+1): 2011-08-11 17:55:00
如果取代基太大或者对反应影响很小,譬如说做手性催化的立体中心,那开始做机理能量时先用小基组代替,有必要再还原完全的结构
赞一下(2人) 回复此楼
3楼2011-08-11 16:59:49
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ZJboy

木虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by angiu at 2011-08-11 16:59:49:
如果取代基太大或者对反应影响很小,譬如说做手性催化的立体中心,那开始做机理能量时先用小基组代替,有必要再还原完全的结构

是“小基组”还是“小基团”？
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4楼2011-08-11 22:59:04
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