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qianbh

至尊木虫 (著名写手)

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[求助] 结构中的游离水，位于二重轴附近，旋转后二个O原子相距离太近，不知如何处理？

解一个配合物结构，碰到游离水的氧原子，GROW后二个氧原子1.3-1.4，不知如何处理。请高手指点！

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1楼 2011-10-03 16:17:17

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patriot_csu

至尊木虫 (正式写手)

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【答案】应助回帖

qianbh(金币+5): 谢谢您的指点，我先试试。 2011-10-03 20:39:49

个人的见解。至少有3种办法可以尝试：

（1）将该O位置的占有率设定为0.5或者以下，然后精修得到较为靠谱的占有率（小于等于0.5）。这样的话，两个O原子就不会打架了。因为这样可以避免同时出现的情况；

（2）如果对结构的空间群不是很确定的话，可以考虑降低对称性看看，比如说去掉那个2次轴，再精修；

（3）或者干脆先尝试把那个水分子坐标直接定在二次轴上，而不是二次轴附近。看看能不能精修出合理的结构出来。