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libing198968

银虫 (初入文坛)

[求助] RACE实验中的 GC-Rich 问题

大家好,我刚开始做RACE的新兵,我用的是Clontech的SMARTer™ RACE  cDNA Amplification Kit。说明书上提示说GC含量过高,不能得到预期产物,就要用Clontech 提供Advantage GC 2 Polymerase Mix (Cat. No. 639114) and PCR Kit (Cat. Nos. 639119 &639120) 来有效扩增 GC-rich模板。
我想问一下,对于植物而言,GC含量多少以上就算是GC含量过高呢?
还有就是假设预期的GC含量比较高,但真实的GC含量没有那么高,用Advantage GC 2 Polymerase Mix 来扩增会不会更加影响扩增效率呢?
求大侠指点
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空谷幽风

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
libing198968(金币+5): 非常感谢 2011-07-21 11:18:57
西瓜(金币+3): Good! 2011-07-21 11:45:36
libing198968(金币+2): 2011-08-15 11:02:38
GC含量在65%以上就是GC rich了,如果实际的GC含量没有预期的高,那么你采用做GC rich的盒子来做虽然降低了扩增效率但提高了特异性,理论上讲是这样,但如果引物的Tm值很低,那么过高的退化温度会让引物很难结合到模板上,有时候也得不到片段,所以做之前要认真分析一下再做
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6楼2011-07-20 22:14:45
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