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gwbk

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
西瓜(金币+5, EPI+1): Good！ 2011-07-18 15:01:38
Classification:  Oxidoreductase  
Structure Weight:  65923.49  

Molecule: Glucose oxidase
Polymer: 1 Type: polypeptide(L) Length: 583
Chains: A
EC#: 1.1.3.4     


Discovery Studio：
Protein Report for 3QVP

--------------------------------------------------------------------------------
----------Information for Molecule 3QVP----------
  Cell Space Group: 20 (C2221 Origin-1 Choice: 1) Parameters: 69.56 119.15 142.19 90.0 90.0 90.0
  Crystallographic Resolution: 1 angstroms
  Molecular Weight of Protein: 63043.9
  Amino Acid Chain Names: A  
  Number of Amino Acid Residues: 581

Amino Acid Sequence from Available Structure
  Chain A
  GIEASLLTDP KDVSGRTVDY IIAGGGLTGL TTAARLTENP NISVLVIESG
SYESDRGPII EDLNAYGDIF GSSVDHAYET VELATNNQTA LIRSGNGLGG
STLVNGGTWT RPHKAQVDSW ETVFGNEGWN WDNVAAYSLQ AERARAPNAK
QIAAGHYFNA SCHGVNGTVH AGPRDTGDDY SPIVKALMSA VEDRGVPTKK
DFGCGDPHGV SMFPNTLHED QVRSDAAREW LLPNYQRPNL QVLTGQYVGK
VLLSQNGTTP RAVGVEFGTH KGNTHNVYAK HEVLLAAGSA VSPTILEYSG
IGMKSILEPL GIDTVVDLPV GLNLQDQTTA TVRSRITSAG AGQGQAAWFA
TFNETFGDYS EKAHELLNTK LEQWAEEAVA RGGFHNTTAL LIQYENYRDW
IVNHNVAYSE LFLDTAGVAS FDVWDLLPFT RGYVHILDKD PYLHHFAYDP
QYFLNELDLL GQAAATQLAR NISNSGAMQT YFAGETIPGD NLAYDADLSA
WTEYIPYHFR PNYHGVGTCS MMPKEMGGVV DNAARVYGVQ GLRVIDGSIP
PTQMSSHVMT VFYAMALKIS DAILEDYASM Q


Comparison of actual sequence versus PDB SEQRES records
  Start of chain A appears to be missing - residues: SER ASN

Sequence of incomplete chains with missing residues in magenta
  Chain A: SNGIEASLLTDPKDVSGRTVDYIIAGGGLTGLTTAARLTENPNISVLVIESGSYESDRGPIIEDLNAYGDIFGSSVDHAYETVELATNNQTALIRSGNGLGGSTLVNGGTWTRPHKAQVDSWETVFGNEGWNWDNVAAYSLQAERARAPNAKQIAAGHYFNASCHGVNGTVHAGPRDTGDDYSPIVKALMSAVEDRGVPTKKDFGCGDPHGVSMFPNTLHEDQVRSDAAREWLLPNYQRPNLQVLTGQYVGKVLLSQNGTTPRAVGVEFGTHKGNTHNVYAKHEVLLAAGSAVSPTILEYSGIGMKSILEPLGIDTVVDLPVGLNLQDQTTATVRSRITSAGAGQGQAAWFATFNETFGDYSEKAHELLNTKLEQWAEEAVARGGFHNTTALLIQYENYRDWIVNHNVAYSELFLDTAGVASFDVWDLLPFTRGYVHILDKDPYLHHFAYDPQYFLNELDLLGQAAATQLARNISNSGAMQTYFAGETIPGDNLAYDADLSAWTEYIPYHFRPNYHGVGTCSMMPKEMGGVVDNAARVYGVQGLRVIDGSIPPTQMSSHVMTVFYAMALKISDAILEDYASMQ

Active Sites
  Active Site AC1: A:THR87 A:ASN89 A:ASN493 A:TYR509 A:NAG602
  Active Site AC2: A:ARG337 A:THR488 A:GLY491 A:ASP492 A:NAG601 A:BMA613
  Active Site AC3: A:ARG337 A:GLU487 A:NAG602 A:MAN615
  Active Site AC4: A:GLU487 A:TYR496 A:BMA613 A:MAN616
  Active Site AC5: A:GLU5 A:ALA6 A:GLY274 A:MAN615 A:GOL701
  Active Site AC6: A:TYR159 A:ASN161 A:SER163 A:TYR539 A:GLY540 A:VAL541
  Active Site AC7: A:ASN355 A:HIS366 A:VAL404 A:ASN405 A:ASN407
  Active Site AC8: A:GLN142 A:ASN388 A:ALA391 A:ILE394 A:GLU527
  Active Site AC9: A:GLY26 A:GLY28 A:LEU29 A:THR30 A:ILE49 A:GLU50 A:SER51 A:TYR68 A:HIS78 A:ARG95 A:GLY97 A:ASN98 A:GLY99 A:GLY102 A:SER103 A:ASN107 A:GLY108 A:GLY109 A:THR110 A:TYR249 A:VAL250 A:ALA288 A:ALA289 A:VAL293 A:TYR515 A:ASP548 A:GLY549 A:HIS559 A:VAL560 A:MET561 AHE564
  Active Site BC1: A:GLY274 A:ASN275 A:THR276 A:MAN616
  Active Site BC2: A:GLY359 A:ASP360 A:ASN473
  Active Site BC3: A:HIS172 A:GLU221

Ligands/Ions
  Name   Formula
  NAG601   C8 H15 N O5
  NAG602   C8 H15 N O5
  BMA613   C6 H12 O5
  MAN615   C6 H12 O5
  MAN616   C6 H12 O5
  NAG603   C8 H15 N O5
  NAG604   C8 H15 N O5
  NAG605   C8 H15 N O5
  FAD600   C27 H31 N9 O15 P2
  GOL701   C3 H8 O3
  PEG702   C4 H10 O3
  CL703   Cl

Solvent
  Number of Water Molecules: 1296

Biomolecule Generation
   
  THE AUTHOR PROVIDED AND/OR PROGRAM  
  GENERATED ASSEMBLY INFORMATION FOR THE STRUCTURE IN  
  THIS ENTRY. THE REMARK MAY ALSO PROVIDE INFORMATION ON  
  BURIED SURFACE AREA.  
   
  To generate the biomolecule(s), use Structure/Superimpose/Apply Transformation Matrix:
  BIOMOLECULE: 1  
  Apply matrix BIOMT_1 to chain(s): A  

PDB Information
  HEADER OXIDOREDUCTASE 25-FEB-11 3QVP  
  TITLE CRYSTAL STRUCTURE OF GLUCOSE OXIDASE FOR SPACE GROUP C2221 AT 1.2 A  
  TITLE 2 RESOLUTION  
  COMPND MOL_ID: 1;  
  COMPND 2 MOLECULE: GLUCOSE OXIDASE;  
  COMPND 3 CHAIN: A;  
  COMPND 4 SYNONYM: BETA-D-GLUCOSE:OXYGEN 1-OXIDO-REDUCTASE, GLUCOSE OXYHYDRASE,
  COMPND 5 GOD;  
  COMPND 6 EC: 1.1.3.4;  
  COMPND 7 ENGINEERED: YES  
  SOURCE MOL_ID: 1;  
  SOURCE 2 ORGANISM_SCIENTIFIC: ASPERGILLUS NIGER;  
  SOURCE 3 ORGANISM_TAXID: 5061;  
  SOURCE 4 GENE: GOX  
  KEYWDS OXIDOREDUCTASE  
  EXPDTA X-RAY DIFFRACTION  

2个结果不太一致，按PDB网站说的比较准确。

参考链接：
http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=3QVP
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3楼2011-07-18 13:36:39
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我们都爱小木虫

找到一些相关的精华帖子，希望有用哦~

科研从小木虫开始，人人为我，我为人人

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生物大分子降解酶

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
dhd997(金币+5, EPI+1): 2011-07-18 19:05:42
内容已删除
赞一下(1人) 回复此楼
流星来时我许了个愿，愿我有吃有喝还有舒服的猪圈。讨厌发帖前不搜索论坛重复发帖和仅把论坛当解决问题工具，久不看论坛一来就提问者，宁弃EPI和VIP也不回帖。
5楼2011-07-18 18:40:27
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gwbk

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
dhd997(金币+5, EPI+1): 2011-07-19 07:58:08
内容已删除
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6楼2011-07-18 20:54:10
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