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葡萄糖氧化酶的相对分子质量是多少
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 【分子生物】EPI帖 |
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2楼2011-07-18 10:42:22
gwbk
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西瓜(金币+5, EPI+1): Good！ 2011-07-18 15:01:38
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Classification: Oxidoreductase Structure Weight: 65923.49 Molecule: Glucose oxidase Polymer: 1 Type: polypeptide(L) Length: 583 Chains: A EC#: 1.1.3.4 Discovery Studio： Protein Report for 3QVP -------------------------------------------------------------------------------- ----------Information for Molecule 3QVP---------- Cell Space Group: 20 (C2221 Origin-1 Choice: 1) Parameters: 69.56 119.15 142.19 90.0 90.0 90.0 Crystallographic Resolution: 1 angstroms Molecular Weight of Protein: 63043.9 Amino Acid Chain Names: A Number of Amino Acid Residues: 581 Amino Acid Sequence from Available Structure Chain A GIEASLLTDP KDVSGRTVDY IIAGGGLTGL TTAARLTENP NISVLVIESG SYESDRGPII EDLNAYGDIF GSSVDHAYET VELATNNQTA LIRSGNGLGG STLVNGGTWT RPHKAQVDSW ETVFGNEGWN WDNVAAYSLQ AERARAPNAK QIAAGHYFNA SCHGVNGTVH AGPRDTGDDY SPIVKALMSA VEDRGVPTKK DFGCGDPHGV SMFPNTLHED QVRSDAAREW LLPNYQRPNL QVLTGQYVGK VLLSQNGTTP RAVGVEFGTH KGNTHNVYAK HEVLLAAGSA VSPTILEYSG IGMKSILEPL GIDTVVDLPV GLNLQDQTTA TVRSRITSAG AGQGQAAWFA TFNETFGDYS EKAHELLNTK LEQWAEEAVA RGGFHNTTAL LIQYENYRDW IVNHNVAYSE LFLDTAGVAS FDVWDLLPFT RGYVHILDKD PYLHHFAYDP QYFLNELDLL GQAAATQLAR NISNSGAMQT YFAGETIPGD NLAYDADLSA WTEYIPYHFR PNYHGVGTCS MMPKEMGGVV DNAARVYGVQ GLRVIDGSIP PTQMSSHVMT VFYAMALKIS DAILEDYASM Q Comparison of actual sequence versus PDB SEQRES records Start of chain A appears to be missing - residues: SER ASN Sequence of incomplete chains with missing residues in magenta Chain A: SNGIEASLLTDPKDVSGRTVDYIIAGGGLTGLTTAARLTENPNISVLVIESGSYESDRGPIIEDLNAYGDIFGSSVDHAYETVELATNNQTALIRSGNGLGGSTLVNGGTWTRPHKAQVDSWETVFGNEGWNWDNVAAYSLQAERARAPNAKQIAAGHYFNASCHGVNGTVHAGPRDTGDDYSPIVKALMSAVEDRGVPTKKDFGCGDPHGVSMFPNTLHEDQVRSDAAREWLLPNYQRPNLQVLTGQYVGKVLLSQNGTTPRAVGVEFGTHKGNTHNVYAKHEVLLAAGSAVSPTILEYSGIGMKSILEPLGIDTVVDLPVGLNLQDQTTATVRSRITSAGAGQGQAAWFATFNETFGDYSEKAHELLNTKLEQWAEEAVARGGFHNTTALLIQYENYRDWIVNHNVAYSELFLDTAGVASFDVWDLLPFTRGYVHILDKDPYLHHFAYDPQYFLNELDLLGQAAATQLARNISNSGAMQTYFAGETIPGDNLAYDADLSAWTEYIPYHFRPNYHGVGTCSMMPKEMGGVVDNAARVYGVQGLRVIDGSIPPTQMSSHVMTVFYAMALKISDAILEDYASMQ Active Sites Active Site AC1: A:THR87 A:ASN89 A:ASN493 A:TYR509 A:NAG602 Active Site AC2: A:ARG337 A:THR488 A:GLY491 A:ASP492 A:NAG601 A:BMA613 Active Site AC3: A:ARG337 A:GLU487 A:NAG602 A:MAN615 Active Site AC4: A:GLU487 A:TYR496 A:BMA613 A:MAN616 Active Site AC5: A:GLU5 A:ALA6 A:GLY274 A:MAN615 A:GOL701 Active Site AC6: A:TYR159 A:ASN161 A:SER163 A:TYR539 A:GLY540 A:VAL541 Active Site AC7: A:ASN355 A:HIS366 A:VAL404 A:ASN405 A:ASN407 Active Site AC8: A:GLN142 A:ASN388 A:ALA391 A:ILE394 A:GLU527 Active Site AC9: A:GLY26 A:GLY28 A:LEU29 A:THR30 A:ILE49 A:GLU50 A:SER51 A:TYR68 A:HIS78 A:ARG95 A:GLY97 A:ASN98 A:GLY99 A:GLY102 A:SER103 A:ASN107 A:GLY108 A:GLY109 A:THR110 A:TYR249 A:VAL250 A:ALA288 A:ALA289 A:VAL293 A:TYR515 A:ASP548 A:GLY549 A:HIS559 A:VAL560 A:MET561 A  HE564 Active Site BC1: A:GLY274 A:ASN275 A:THR276 A:MAN616 Active Site BC2: A:GLY359 A:ASP360 A:ASN473 Active Site BC3: A:HIS172 A:GLU221 Ligands/Ions Name Formula NAG601 C8 H15 N O5 NAG602 C8 H15 N O5 BMA613 C6 H12 O5 MAN615 C6 H12 O5 MAN616 C6 H12 O5 NAG603 C8 H15 N O5 NAG604 C8 H15 N O5 NAG605 C8 H15 N O5 FAD600 C27 H31 N9 O15 P2 GOL701 C3 H8 O3 PEG702 C4 H10 O3 CL703 Cl Solvent Number of Water Molecules: 1296 Biomolecule Generation THE AUTHOR PROVIDED AND/OR PROGRAM GENERATED ASSEMBLY INFORMATION FOR THE STRUCTURE IN THIS ENTRY. THE REMARK MAY ALSO PROVIDE INFORMATION ON BURIED SURFACE AREA. To generate the biomolecule(s), use Structure/Superimpose/Apply Transformation Matrix: BIOMOLECULE: 1 Apply matrix BIOMT_1 to chain(s): A PDB Information HEADER OXIDOREDUCTASE 25-FEB-11 3QVP TITLE CRYSTAL STRUCTURE OF GLUCOSE OXIDASE FOR SPACE GROUP C2221 AT 1.2 A TITLE 2 RESOLUTION COMPND MOL_ID: 1; COMPND 2 MOLECULE: GLUCOSE OXIDASE; COMPND 3 CHAIN: A; COMPND 4 SYNONYM: BETA-D-GLUCOSE:OXYGEN 1-OXIDO-REDUCTASE, GLUCOSE OXYHYDRASE, COMPND 5 GOD; COMPND 6 EC: 1.1.3.4; COMPND 7 ENGINEERED: YES SOURCE MOL_ID: 1; SOURCE 2 ORGANISM_SCIENTIFIC: ASPERGILLUS NIGER; SOURCE 3 ORGANISM_TAXID: 5061; SOURCE 4 GENE: GOX KEYWDS OXIDOREDUCTASE EXPDTA X-RAY DIFFRACTION 2个结果不太一致，按PDB网站说的比较准确。 参考链接： http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=3QVP |
3楼2011-07-18 13:36:39
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