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1楼2011-07-18 10:09:37

http://zhidao.baidu.com/question/4883857

bronzezt

至尊木虫 (职业作家)

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【答案】应助回帖

★ ★
淋漓尽致(金币+2): 2011-07-18 11:00:16
dhd997(金币+2): 鼓励一下 2011-07-18 12:46:02

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2楼2011-07-18 10:42:22

gwbk

木虫 (正式写手)

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【答案】应助回帖

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西瓜(金币+5, EPI+1): Good！ 2011-07-18 15:01:38

Classification:  Oxidoreductase
Structure Weight:  65923.49

Molecule: Glucose oxidase
Polymer: 1 Type: polypeptide(L) Length: 583
Chains: A
EC#: 1.1.3.4

Discovery Studio：
Protein Report for 3QVP

--------------------------------------------------------------------------------
----------Information for Molecule 3QVP----------
  Cell Space Group: 20 (C2221 Origin-1 Choice: 1) Parameters: 69.56 119.15 142.19 90.0 90.0 90.0
  Crystallographic Resolution: 1 angstroms
  Molecular Weight of Protein: 63043.9
  Amino Acid Chain Names: A
  Number of Amino Acid Residues: 581

Amino Acid Sequence from Available Structure
  Chain A
  GIEASLLTDP KDVSGRTVDY IIAGGGLTGL TTAARLTENP NISVLVIESG
SYESDRGPII EDLNAYGDIF GSSVDHAYET VELATNNQTA LIRSGNGLGG
STLVNGGTWT RPHKAQVDSW ETVFGNEGWN WDNVAAYSLQ AERARAPNAK
QIAAGHYFNA SCHGVNGTVH AGPRDTGDDY SPIVKALMSA VEDRGVPTKK
DFGCGDPHGV SMFPNTLHED QVRSDAAREW LLPNYQRPNL QVLTGQYVGK
VLLSQNGTTP RAVGVEFGTH KGNTHNVYAK HEVLLAAGSA VSPTILEYSG
IGMKSILEPL GIDTVVDLPV GLNLQDQTTA TVRSRITSAG AGQGQAAWFA
TFNETFGDYS EKAHELLNTK LEQWAEEAVA RGGFHNTTAL LIQYENYRDW
IVNHNVAYSE LFLDTAGVAS FDVWDLLPFT RGYVHILDKD PYLHHFAYDP
QYFLNELDLL GQAAATQLAR NISNSGAMQT YFAGETIPGD NLAYDADLSA
WTEYIPYHFR PNYHGVGTCS MMPKEMGGVV DNAARVYGVQ GLRVIDGSIP
PTQMSSHVMT VFYAMALKIS DAILEDYASM Q

Comparison of actual sequence versus PDB SEQRES records
  Start of chain A appears to be missing - residues: SER ASN

Sequence of incomplete chains with missing residues in magenta
  Chain A: SNGIEASLLTDPKDVSGRTVDYIIAGGGLTGLTTAARLTENPNISVLVIESGSYESDRGPIIEDLNAYGDIFGSSVDHAYETVELATNNQTALIRSGNGLGGSTLVNGGTWTRPHKAQVDSWETVFGNEGWNWDNVAAYSLQAERARAPNAKQIAAGHYFNASCHGVNGTVHAGPRDTGDDYSPIVKALMSAVEDRGVPTKKDFGCGDPHGVSMFPNTLHEDQVRSDAAREWLLPNYQRPNLQVLTGQYVGKVLLSQNGTTPRAVGVEFGTHKGNTHNVYAKHEVLLAAGSAVSPTILEYSGIGMKSILEPLGIDTVVDLPVGLNLQDQTTATVRSRITSAGAGQGQAAWFATFNETFGDYSEKAHELLNTKLEQWAEEAVARGGFHNTTALLIQYENYRDWIVNHNVAYSELFLDTAGVASFDVWDLLPFTRGYVHILDKDPYLHHFAYDPQYFLNELDLLGQAAATQLARNISNSGAMQTYFAGETIPGDNLAYDADLSAWTEYIPYHFRPNYHGVGTCSMMPKEMGGVVDNAARVYGVQGLRVIDGSIPPTQMSSHVMTVFYAMALKISDAILEDYASMQ

Active Sites
  Active Site AC1: A:THR87 A:ASN89 A:ASN493 A:TYR509 A:NAG602
  Active Site AC2: A:ARG337 A:THR488 A:GLY491 A:ASP492 A:NAG601 A:BMA613
  Active Site AC3: A:ARG337 A:GLU487 A:NAG602 A:MAN615
  Active Site AC4: A:GLU487 A:TYR496 A:BMA613 A:MAN616
  Active Site AC5: A:GLU5 A:ALA6 A:GLY274 A:MAN615 A:GOL701
  Active Site AC6: A:TYR159 A:ASN161 A:SER163 A:TYR539 A:GLY540 A:VAL541
  Active Site AC7: A:ASN355 A:HIS366 A:VAL404 A:ASN405 A:ASN407
  Active Site AC8: A:GLN142 A:ASN388 A:ALA391 A:ILE394 A:GLU527
  Active Site AC9: A:GLY26 A:GLY28 A:LEU29 A:THR30 A:ILE49 A:GLU50 A:SER51 A:TYR68 A:HIS78 A:ARG95 A:GLY97 A:ASN98 A:GLY99 A:GLY102 A:SER103 A:ASN107 A:GLY108 A:GLY109 A:THR110 A:TYR249 A:VAL250 A:ALA288 A:ALA289 A:VAL293 A:TYR515 A:ASP548 A:GLY549 A:HIS559 A:VAL560 A:MET561 A

HE564
  Active Site BC1: A:GLY274 A:ASN275 A:THR276 A:MAN616
  Active Site BC2: A:GLY359 A:ASP360 A:ASN473
  Active Site BC3: A:HIS172 A:GLU221

Ligands/Ions
  Name Formula
  NAG601 C8 H15 N O5
  NAG602 C8 H15 N O5
  BMA613 C6 H12 O5
  MAN615 C6 H12 O5
  MAN616 C6 H12 O5
  NAG603 C8 H15 N O5
  NAG604 C8 H15 N O5
  NAG605 C8 H15 N O5
  FAD600 C27 H31 N9 O15 P2
  GOL701 C3 H8 O3
  PEG702 C4 H10 O3
  CL703 Cl

Solvent
  Number of Water Molecules: 1296

Biomolecule Generation

  THE AUTHOR PROVIDED AND/OR PROGRAM
  GENERATED ASSEMBLY INFORMATION FOR THE STRUCTURE IN
  THIS ENTRY. THE REMARK MAY ALSO PROVIDE INFORMATION ON
  BURIED SURFACE AREA.

  To generate the biomolecule(s), use Structure/Superimpose/Apply Transformation Matrix:
  BIOMOLECULE: 1
  Apply matrix BIOMT_1 to chain(s): A

PDB Information
  HEADER OXIDOREDUCTASE 25-FEB-11 3QVP
  TITLE CRYSTAL STRUCTURE OF GLUCOSE OXIDASE FOR SPACE GROUP C2221 AT 1.2 A
  TITLE 2 RESOLUTION
  COMPND MOL_ID: 1;
  COMPND 2 MOLECULE: GLUCOSE OXIDASE;
  COMPND 3 CHAIN: A;
  COMPND 4 SYNONYM: BETA-D-GLUCOSE:OXYGEN 1-OXIDO-REDUCTASE, GLUCOSE OXYHYDRASE,
  COMPND 5 GOD;
  COMPND 6 EC: 1.1.3.4;
  COMPND 7 ENGINEERED: YES
  SOURCE MOL_ID: 1;
  SOURCE 2 ORGANISM_SCIENTIFIC: ASPERGILLUS NIGER;
  SOURCE 3 ORGANISM_TAXID: 5061;
  SOURCE 4 GENE: GOX
  KEYWDS OXIDOREDUCTASE
  EXPDTA X-RAY DIFFRACTION

2个结果不太一致，按PDB网站说的比较准确。

参考链接：
http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=3QVP

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3楼2011-07-18 13:36:39

gwbk

木虫 (正式写手)

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上面的小表情:p，其实是: P，额，这个。

4楼2011-07-18 13:41:07

冼亮淀粉酶

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生物大分子降解酶

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dhd997(金币+5, EPI+1): 2011-07-18 19:05:42

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流星来时我许了个愿，愿我有吃有喝还有舒服的猪圈。讨厌发帖前不搜索论坛重复发帖和仅把论坛当解决问题工具，久不看论坛一来就提问者，宁弃EPI和VIP也不回帖。

5楼2011-07-18 18:40:27

gwbk

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6楼2011-07-18 20:54:10

gwbk

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高手们不要潜水了，一个帖子本来可以很精彩的。
希望你们多多参与，让我开看眼界，长长见识~

7楼2011-07-18 21:05:06

冼亮淀粉酶

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引用回帖:

Originally posted by gwbk at 2011-07-18 20:54:10:
看了百度那篇帖子，150kDa，怀疑有二聚体或多聚体，用Discovery Studio测试过，3QVP是单体。NCBI查到的141个酶，大多数氨基酸数目约为600aa（32aa-1106aa），PDB数据库中25个Stucture，没有用DS一一核对，只列 ...

言重了，你提高的方法就像一扇大门，打开之后能发现更多东西，很实用。

8楼2011-07-18 21:11:01

冼亮淀粉酶

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打错字了，是“提供”，不是“提高”。

9楼2011-07-18 21:12:46