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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » vasp计算静态出现错误！
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haowenping

木虫 (著名写手)

[求助] vasp计算静态出现错误！

大家好，最近安装了一个64位系统的红帽，vasp的安装也是用64位编译器等的，已经装上了，算过大体系的bands，dos，scf，relax等等都没出错，但是若在计算静态的时候在里面计算ELF就会出现如下错误：希望各位大牛不理赐教，谢谢了，先！
错误如下：
distr:  one band on    1 nodes,    4 groups
vasp.5.2.2 15Apr09 complex
POSCAR found :  2 types and    2 ions
LDA part: xc-table for Pade appr. of Perdew
POSCAR, INCAR and KPOINTS ok, starting setup
FFT: planning ...(           1 )
reading WAVECAR
entering main loop
       N       E                     dE             d eps       ncg     rms          rms(c)
DAV:   1     0.442192414319E+02    0.44219E+02   -0.41879E+03   200   0.836E+02
DAV:   2    -0.168132800452E+02   -0.61033E+02   -0.55109E+02   256   0.167E+02
DAV:   3    -0.194531987505E+02   -0.26399E+01   -0.26399E+01   272   0.473E+01
DAV:   4    -0.194815434722E+02   -0.28345E-01   -0.28345E-01   296   0.411E+00
DAV:   5    -0.194815511402E+02   -0.76681E-05   -0.76681E-05   280   0.859E-02    0.721E+00
DAV:   6    -0.178727150504E+02    0.16088E+01   -0.62453E+00   312   0.176E+01    0.267E+00
DAV:   7    -0.176753646807E+02    0.19735E+00   -0.20331E-01   312   0.388E+00    0.146E+00
DAV:   8    -0.175847396550E+02    0.90625E-01   -0.19418E-01   304   0.323E+00    0.260E-01
DAV:   9    -0.175750807331E+02    0.96589E-02   -0.45165E-03   304   0.561E-01    0.830E-02
DAV:  10    -0.175719160807E+02    0.31647E-02   -0.16994E-03   304   0.270E-01    0.824E-02
DAV:  11    -0.175715063732E+02    0.40971E-03   -0.17295E-03   208   0.239E-01    0.316E-02
DAV:  12    -0.175741389725E+02   -0.26326E-02   -0.57404E-04   256   0.129E-01    0.148E-02
DAV:  13    -0.175746013367E+02   -0.46236E-03   -0.10864E-04   232   0.562E-02    0.482E-03
DAV:  14    -0.175747658537E+02   -0.16452E-03   -0.37496E-05   216   0.274E-02    0.290E-03
DAV:  15    -0.175747666291E+02   -0.77543E-06   -0.76545E-07   264   0.700E-03
   1 F= -.17574767E+02 E0= -.17574767E+02  d E =-.206693E-10
writing wavefunctions
[localhost:02553] *** Process received signal ***
[localhost:02553] Signal: Segmentation fault (11)
[localhost:02553] Signal code:  (128)
[localhost:02553] Failing at address: (nil)
[localhost:02553] [ 0] /lib64/tls/libpthread.so.0 [0x3ddb60c5b0]
[localhost:02553] [ 1] /opt/openmpi/lib/libopen-pal.so.0(_int_malloc+0x4b5) [0x2a97d8e085]
[localhost:02553] [ 2] /opt/openmpi/lib/libopen-pal.so.0(malloc+0x83) [0x2a97d8f1d3]
[localhost:02553] [ 3] /opt/openmpi//lib/openmpi/mca_coll_tuned.so(ompi_coll_tuned_allreduce_intra_recursivedoubling+0x88) [0x2a9ba4fcf8]
[localhost:02553] [ 4] /opt/openmpi//lib/openmpi/mca_coll_tuned.so(ompi_coll_tuned_allreduce_intra_dec_fixed+0x36) [0x2a9ba4e4a6]
[localhost:02553] [ 5] /opt/openmpi/lib/libmpi.so.0(PMPI_Allreduce+0x175) [0x2a97abf695]
[localhost:02553] [ 6] /opt/openmpi/lib/libmpi_f77.so.0(pmpi_allreduce+0xe9) [0x2a979656d9]
[localhost:02553] [ 7] vaspmpi(m_sum_d_+0xed) [0x47e9bd]
[localhost:02553] [ 8] vaspmpi(mrg_grid_rl_plane_+0x319) [0x505d09]
[localhost:02553] [ 9] vaspmpi(fileio_mp_outchg_+0x73e) [0x7f17fe]
[localhost:02553] [10] vaspmpi(MAIN__+0x3c02c) [0x46f7bc]
[localhost:02553] [11] vaspmpi(main+0x3c) [0x43377c]
[localhost:02553] [12] /lib64/tls/libc.so.6(__libc_start_main+0xdb) [0x3ddad1c3fb]
[localhost:02553] [13] vaspmpi [0x4336aa]
[localhost:02553] *** End of error message ***
forrtl: error (78): process killed (SIGTERM)
Image              PC                Routine            Line        Source
libpthread.so.0    0000003DDB60C5B0  Unknown               Unknown  Unknown
libopen-pal.so.0   0000002A97D71A04  Unknown               Unknown  Unknown
libmpi.so.0        0000002A97AABEC5  Unknown               Unknown  Unknown
mca_coll_tuned.so  0000002A9BA4FF9A  Unknown               Unknown  Unknown
mca_coll_tuned.so  0000002A9BA4E4A6  Unknown               Unknown  Unknown
libmpi.so.0        0000002A97ABF695  Unknown               Unknown  Unknown
libmpi_f77.so.0    0000002A979656D9  Unknown               Unknown  Unknown
vaspmpi            000000000047E9BD  Unknown               Unknown  Unknown
vaspmpi            0000000000505D09  Unknown               Unknown  Unknown
vaspmpi            00000000007F17FE  Unknown               Unknown  Unknown
vaspmpi            000000000046F7BC  Unknown               Unknown  Unknown
vaspmpi            000000000043377C  Unknown               Unknown  Unknown
libc.so.6          0000003DDAD1C3FB  Unknown               Unknown  Unknown
vaspmpi            00000000004336AA  Unknown               Unknown  Unknown
forrtl: error (78): process killed (SIGTERM)
Image              PC                Routine            Line        Source
libpthread.so.0    0000003DDB60C5B0  Unknown               Unknown  Unknown
mca_btl_sm.so      0000002A9B52A9A1  Unknown               Unknown  Unknown
mca_bml_r2.so      0000002A9B1F4252  Unknown               Unknown  Unknown
libopen-pal.so.0   0000002A97D71A3A  Unknown               Unknown  Unknown
libmpi.so.0        0000002A97AABEC5  Unknown               Unknown  Unknown
mca_coll_tuned.so  0000002A9BA4FF9A  Unknown               Unknown  Unknown
mca_coll_tuned.so  0000002A9BA4E4A6  Unknown               Unknown  Unknown
libmpi.so.0        0000002A97ABF695  Unknown               Unknown  Unknown
libmpi_f77.so.0    0000002A979656D9  Unknown               Unknown  Unknown
vaspmpi            000000000047E9BD  Unknown               Unknown  Unknown
vaspmpi            0000000000505D09  Unknown               Unknown  Unknown
vaspmpi            00000000007F17FE  Unknown               Unknown  Unknown
vaspmpi            000000000046F7BC  Unknown               Unknown  Unknown
vaspmpi            000000000043377C  Unknown               Unknown  Unknown
libc.so.6          0000003DDAD1C3FB  Unknown               Unknown  Unknown
vaspmpi            00000000004336AA  Unknown               Unknown  Unknown
forrtl: error (78): process killed (SIGTERM)
Image              PC                Routine            Line        Source
libpthread.so.0    0000003DDB60C5B0  Unknown               Unknown  Unknown
mca_btl_sm.so      0000002A9B52AC17  Unknown               Unknown  Unknown
mca_bml_r2.so      0000002A9B1F4252  Unknown               Unknown  Unknown
libopen-pal.so.0   0000002A97D71A3A  Unknown               Unknown  Unknown
libmpi.so.0        0000002A97AABEC5  Unknown               Unknown  Unknown
mca_coll_tuned.so  0000002A9BA4FF9A  Unknown               Unknown  Unknown
mca_coll_tuned.so  0000002A9BA4E4A6  Unknown               Unknown  Unknown
libmpi.so.0        0000002A97ABF695  Unknown               Unknown  Unknown
libmpi_f77.so.0    0000002A979656D9  Unknown               Unknown  Unknown
vaspmpi            000000000047E9BD  Unknown               Unknown  Unknown
vaspmpi            0000000000505D09  Unknown               Unknown  Unknown
vaspmpi            00000000007F17FE  Unknown               Unknown  Unknown
vaspmpi            000000000046F7BC  Unknown               Unknown  Unknown
vaspmpi            000000000043377C  Unknown               Unknown  Unknown
libc.so.6          0000003DDAD1C3FB  Unknown               Unknown  Unknown
vaspmpi            00000000004336AA  Unknown               Unknown  Unknown
mpirun noticed that job rank 0 with PID 2553 on node localhost.localdomain exited on signal 11 (Segmentation fault).
这到底是怎么回事，希望大家能多多帮忙啊~
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人有多大胆，地有多大产！
1楼 2011-07-18 09:57:55
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enola

捐助贵宾 (正式写手)
★ ★
franch(金币+2): 谢谢回帖交流 2011-07-18 15:33:20
引用回帖:
Originally posted by haowenping at 2011-07-18 09:57:55:
大家好，最近安装了一个64位系统的红帽，vasp的安装也是用64位编译器等的，已经装上了，算过大体系的bands，dos，scf，relax等等都没出错，但是若在计算静态的时候在里面计算ELF就会出现如下错误：希望各位大牛不 ...

我也遇到过类似的问题，没解决掉，好像是segmentation fault，请大侠关注
赞一下(1人) 回复此楼
timeflies..
2楼2011-07-18 14:23:30
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haowenping

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by enola at 2011-07-18 14:23:30:
我也遇到过类似的问题，没解决掉，好像是segmentation fault，请大侠关注

是啊，期待着高手的解决~~
赞一下 回复此楼
人有多大胆，地有多大产！
3楼2011-07-18 20:22:35
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haowenping

木虫 (著名写手)
可否把金币还给我？版主，没人回答我的问题呀！
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人有多大胆，地有多大产！
4楼2011-08-30 09:37:51
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future_wl

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2013-01-20 16:06:37
引用回帖:
1401157楼: Originally posted by haowenping at 2011-08-30 09:37:51
可否把金币还给我？版主，没人回答我的问题呀！

你输入ulimit -s unlimited然后再运行VASP试试
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未来就是现在
5楼2012-12-20 16:15:26
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future_wl

木虫 (著名写手)
引用回帖:
1401157楼: Originally posted by haowenping at 2011-08-30 09:37:51
可否把金币还给我？版主，没人回答我的问题呀！

你好，请问你问题解决了吗？
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未来就是现在
6楼2013-01-17 10:50:38
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