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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » CASTEP过渡态搜索，过渡态能量低于反应物
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eyreqiao

新虫 (小有名气)

[交流] CASTEP过渡态搜索，过渡态能量低于反应物已有8人参与

利用CASTEP的过渡态搜索，研究单个原子在表面不同位置之间的扩散。
complete LST/QST，过渡态搜索显示成功，但是结果文件中给出的过渡态能量在反应物之下（扩散路径设置的从能量高的吸附位到能量低的吸附位），这是怎么回事，难道说明这个扩散反应没有势垒？还是我找到的是一个中间的亚稳态？
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1楼2011-07-12 12:50:09
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

xx4751

铜虫 (正式写手)
★
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你好，想问一下，我的过渡态搜索成功了，势的形状怎么得到，现在只有势垒大小和过渡态的能量
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8楼2012-11-15 14:10:38
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eyreqiao

新虫 (小有名气)
自己顶一下

一下为CASTEP结果文件给出的信息


Transition State Found!
Energy of reactant:                 -43366.78455 eV                           
Energy of product:                  -43368.65073 eV                           
Energy of transition state:         -43366.89768 eV                           
Location of transition state:            0.38671
Barrier from reactant:                  -0.11313 eV                           
Barrier from product:                    1.75305 eV                           
Energy of reaction:                     -1.86618 eV
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2楼2011-07-13 09:19:02
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cavediger

金虫 (正式写手)
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zzy870720z(金币+2): 鼓励交流 2011-07-14 09:37:13
引用回帖:
Originally posted by eyreqiao at 2011-07-12 12:50:09:
利用CASTEP的过渡态搜索，研究单个原子在表面不同位置之间的扩散。
complete LST/QST，过渡态搜索显示成功，但是结果文件中给出的过渡态能量在反应物之下（扩散路径设置的从能量高的吸附位到能量低的吸附位），这 ...

考虑两个问题：
1. 反应物结构选择是否正确，是否优化到了基态？
2. 如果像你图中所示的那样，TS掉下去了，追踪一下迭代过程，考虑是否计算过程出了问题；如果没有问题，那么考虑一下是否存在反应中间物种，针对你的情况，就是是否存在扩散中间态，需要分布考虑扩散过程。
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我们都老得太快，却聪明得太迟。当我一路跌跌撞撞登上山巅，蓦然发现，本来就有一条笔直的路，直达山顶....
3楼2011-07-13 09:43:27
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eyreqiao

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by cavediger at 2011-07-13 09:43:27:
考虑两个问题：
1. 反应物结构选择是否正确，是否优化到了基态？
2. 如果像你图中所示的那样，TS掉下去了，追踪一下迭代过程，考虑是否计算过程出了问题；如果没有问题，那么考虑一下是否存在反应中间物种， ...

谢谢!
又重新进行了计算。这次把精度提高为fine，原来为medium，这样rms convergenc 变为0.05

计算结果如下
Transition State Found!
Energy of reactant:                 -43366.78453 eV                           
Energy of product:                  -43368.65072 eV                           
Energy of transition state:         -43366.77850 eV                           
Location of transition state:            0.03827
Barrier from reactant:                   0.00603 eV                           
Barrier from product:                    1.87223 eV                           
Energy of reaction:                     -1.86620 eV

从上述数据看是有一个很小很小的势垒，但这和使用medium精度的计算结果矛盾！
计算精度的影响会这么大吗？
rms是什么意思？

计算的曲线如下，从中看好像过渡态的能量还是低于反应物呀！

那位大小给具体解释下，图中的几个曲线都是什么意思，科普一下吧，谢谢。
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4楼2011-07-13 14:42:25
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sarchiel

新虫 (初入文坛)
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zzy870720z(金币+2): 鼓励交流 2011-07-14 09:37:22
从你的图来看你用的是优化一次的计算方式。这种方式首先把反应物与生成物的结构内原子相对坐标做一个线性插值，得到的就是那条绿线。这实际上就是用暴力把反应物硬捏成生成物。而橙色线是对暴力路径当中能量最高点进行约束优化。而你的计算到此为止了。实际上应该进行下一步优化——就是生成一条新路径，经过你第一步得到的中间态，然后再重复前面的过程，反复优化中间态，直到找到真正的反应势垒和反应路径为止。这在过渡态优化方法里面可以选。
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5楼2011-07-13 19:01:00
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eyreqiao

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by sarchiel at 2011-07-13 19:01:00:
从你的图来看你用的是优化一次的计算方式。这种方式首先把反应物与生成物的结构内原子相对坐标做一个线性插值，得到的就是那条绿线。这实际上就是用暴力把反应物硬捏成生成物。而橙色线是对暴力路径当中能量最高点 ...

谢谢回帖，还是 不明白呀

如何继续优化过渡态呢
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6楼2011-07-13 19:08:13
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sarchiel

新虫 (初入文坛)
★ ★
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zzy870720z(金币+1): 鼓励交流 2011-07-14 09:37:30
引用回帖:
Originally posted by eyreqiao at 2011-07-13 19:08:13:
谢谢回帖，还是 不明白呀

如何继续优化过渡态呢

很久不做忘得差不多了，不过你可以仔细看看计算设置里面LST/QST那里。有不同的选项，可以选择最多优化多少轮
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7楼2011-07-13 19:38:42
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hxwyy2005

金虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
您好！请问最后反应的势垒是多少啊？是用您帖子中的Barrier from reactant:                   0.00603 eV                           
吗？
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9楼2013-03-14 10:15:33
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linchangfeng

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
楼主我也碰到了同样问题，不知道你解决没有，能否给我讲讲
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10楼2015-08-08 16:50:31
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