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rulongxu

至尊木虫 (小有名气)

[求助] 溶剂中过渡态查找

请问在溶剂中进行过渡态查找应该用什么方法？非常感谢！
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1楼 2011-07-12 08:46:04
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rulongxu

至尊木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 独孤狼 at 2011-07-12 10:12:44:
和气相中一样，加上溶剂修正即可

我做的是非均相反应。催化剂为固体，氯仿为溶剂。运行之后出错。
# m052x/sto-3g scrf=(iefpcm,solvent=8,read) opt=(calcfc,qst2) geom=connectivity

reactants

0 1
C                 -0.20104900   -3.07667200    0.80309200
C                  0.90945800   -2.29920400    0.13823400
C                  1.19584200   -0.98224500    0.87909900
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C                 -1.12400000   -3.84865500    0.20099900
C                 -2.20850800   -4.53359100    1.00112900
C                 -1.19574300   -4.10982400   -1.28432600
C                  3.56605300   -0.37174600    0.48273300
C                  1.74122100    0.78975300   -0.86413700
C                  4.63584700    0.24162800   -0.05370000
C                  5.89226100   -0.06181600    0.32051700
C                  6.97834800    0.54682000   -0.22452200
C                  8.33390900    0.08280400    0.28611400
O                  6.91334500    1.40902300   -1.07195900
H                 -0.23777800   -2.99194400    1.90160300
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H                  0.66372800   -2.06792100   -0.92164800
H                  0.26803400   -0.37200500    0.96430500
H                  1.51185600   -1.20388400    1.92562400
H                 -3.20941700   -4.19518200    0.64922300
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H                 -2.14894500   -4.31654300    2.09152600
H                 -1.19686000   -5.20670600   -1.47467600
H                 -2.13794500   -3.68713200   -1.70054500
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H                  1.12053100    0.24499200   -1.61058600
H                  1.09761200    1.55682500   -0.37673000
H                  4.49080300    1.01140700   -0.82644500
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H                  8.44244300    0.31213700    1.37080000
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C                 -0.97111200    5.07203700   -0.29064200
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C                 -2.52287700    3.09844500   -0.07388400
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C                 -1.95390000    1.00473300    0.80667700
C                 -1.86876100    2.34370300    0.82620700
S                 -2.77709400   -1.34523100   -0.17788400
O                 -1.95647000   -1.74920300   -1.27775200
O                 -2.74462100   -1.81932400    1.17216800
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H                 -0.29259700    4.75298200    0.53296400
H                 -3.03525800    5.03588900   -0.88752600
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H                 -3.81568700    3.04635000   -1.75918500
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H                 -1.39440300    0.43505400    1.56840400
H                 -1.24508100    2.82107400    1.59986300
H                 -4.62548800   -2.34663400   -0.07134800

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2 3 1.0 16 1.0 17 1.0
3 4 1.0 18 1.0 19 1.0
4 8 2.0 9 1.0
5 6 1.0 7 1.0
6 20 1.0 21 1.0 22 1.0
7 23 1.0 24 1.0 25 1.0
8 10 2.0 26 1.0
9 27 1.0 28 1.0 29 1.0
10 11 2.0 30 1.0
11 12 2.0 31 1.0
12 13 1.0 14 2.0
13 32 1.0 33 1.0 34 1.0
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
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26
27
28
29
30
31
32
33
34
35 36 1.0 48 1.0 49 1.0 50 1.0
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40 41 2.0 56 1.0
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43 58 1.0
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45
46
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48
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50
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57
58
59

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2 3 1.0 4 1.0 17 1.0
3 18 1.0 19 1.0 20 1.0
4 5 2.0 9 1.0
5 6 1.0 21 1.0
6 7 2.0 22 1.0
7 8 1.0 10 1.0
8 9 2.0 23 1.0
9 24 1.0
10 11 1.0 12 1.0 13 1.0
11
12
13 25 1.0
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26 27 1.0 40 1.0 41 1.0 42 1.0
27 28 1.0 29 1.0 33 1.0
28 43 1.0 44 1.0 45 1.0
29 30 1.0 46 1.0 47 1.0
30 31 1.0 48 1.0 49 1.0
31 32 1.0 50 1.0 51 1.0
32 33 2.0 34 1.0
33 35 1.0
34 52 1.0 53 1.0 54 1.0
35 36 2.0 55 1.0
36 37 1.0 56 1.0
37 38 1.0 39 2.0
38 57 1.0 58 1.0 59 1.0
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59

出错：try using 3 structures as input for qst transition state research
请多多帮忙，非常感谢！
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3楼2011-07-12 11:07:43
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独孤狼

金虫 (正式写手)

独行者

【答案】应助回帖

★ ★
gmy1990(金币+2): 非常感谢你对论坛的贡献，奖励一下！ 2011-07-12 10:54:42
和气相中一样，加上溶剂修正即可
赞一下(1人) 回复此楼
轮回的过往，注定的未来；独孤的行者，孤独的路途……
2楼2011-07-12 10:12:44
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独孤狼

金虫 (正式写手)

独行者

【答案】应助回帖

rulongxu(金币+5): 很好。 2011-07-12 15:26:05
qst2并不意味着随便拉两个构象就能找过渡态，最起码你要想想这个体系该怎么反应吧。
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轮回的过往，注定的未来；独孤的行者，孤独的路途……
4楼2011-07-12 11:45:13
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rulongxu

至尊木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 独孤狼 at 2011-07-12 11:45:13:
qst2并不意味着随便拉两个构象就能找过渡态，最起码你要想想这个体系该怎么反应吧。

那应该怎么放啊？请指教，非常感谢！
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5楼2011-07-12 14:36:50
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