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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 过渡态
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静水四叶草

金虫 (小有名气)

小笨蛋精灵

[求助] 过渡态

请问各位大侠，过渡态老是一算就死是怎么回事？2070错误。过渡态计算需要注意哪些事项？
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开心求知每一天！
1楼 2011-12-25 11:14:26
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回帖置顶 ( 共有1个 )

fr211fr

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
静水四叶草(金币+4): ★★★★★最佳答案 谢谢你哦，可以工作了！ 2011-12-26 22:27:34
静水四叶草: 回帖置顶 2011-12-26 22:27:49
opt=(calcfc,ts,noeigen) ub3lyp/3-21g* nosymm 试试把工作行换成这个
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7楼2011-12-26 21:16:20
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普通回帖

绝对主力

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gmy1990(金币+2): 2011-12-25 18:52:27
第一，看程序是否有结束条件。
第二，看公式是否写错。
第三，可尝试改变计算量对程序进行评估，然后逐步深入。
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2楼2011-12-25 13:10:36
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静水四叶草

金虫 (小有名气)

小笨蛋精灵
引用回帖:
2楼: Originally posted by 绝对主力 at 2011-12-25 13:10:36:
第一，看程序是否有结束条件。
第二，看公式是否写错。
第三，可尝试改变计算量对程序进行评估，然后逐步深入。

能不能详细一点？G03一算就死，直接die了。我想是不是什么关键字缺少？
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开心求知每一天！
3楼2011-12-25 16:10:44
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爱克劳德殿

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 绝对主力 at 2011-12-25 13:10:36:
第一，看程序是否有结束条件。
第二，看公式是否写错。
第三，可尝试改变计算量对程序进行评估，然后逐步深入。

至少把文件发上来看看吧。。。
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4楼2011-12-25 21:39:33
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zhangmt

至尊木虫 (著名写手)

我叫MT

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
静水四叶草(金币+2): ★有帮助 谢谢你！我的原因是什么呢？ 2011-12-27 08:33:51
说明gaussian版本。
贴输入文件，
贴输出文件最后20行。
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一群自以为正义凛然的年轻人将一切不能以科学解释的事情定性为封建迷信并大刀阔斧地进行消灭，其实这是修养不足学识浅薄的一种体现，也是可恶的偏执和愚蠢的自以
5楼2011-12-26 14:09:40
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静水四叶草

金虫 (小有名气)

小笨蛋精灵
引用回帖:
5楼: Originally posted by zhangmt at 2011-12-26 14:09:40:
说明gaussian版本。
贴输入文件，
贴输出文件最后20行。

我们用的是高斯03，
输入文件是：%chk=E:/LXN/H/TS/C6/H1.chk
%mem=60MW
%nproc=1
# opt=ts ub3lyp/3-21g* nosymm guess=(save,cndo) geom=connectivity

H1

0 2
C
C                  1              B1
C                  2              B2    1              A1
O                  3              B3    2              A2    1              D1
C                  3              B4    2              A3    1              D2
C                  5              B5    3              A4    2              D3
C                  6              B6    5              A5    3              D4
C                  7              B7    6              A6    5              D5
C                  8              B8    7              A7    6              D6
C                  9              B9    8              A8    7              D7
O                  1             B10    2              A9    3              D8
C                  1             B11   11             A10   10              D9
C                 12             B12    1             A11   11             D10
C                 13             B13   12             A12    1             D11
C                 14             B14   13             A13   12             D12
C                 15             B15   14             A14   13             D13
C                 16             B16   15             A15   14             D14
O                  8             B17    7             A16    6             D15
O                  7             B18    6             A17    5             D16
O                  6             B19    5             A18    3             D17
H                  2             B20    1             A19   11             D18
H                  9             B21    8             A20    7             D19
H                 13             B22   12             A21    1             D20
H                 14             B23   13             A22   12             D21
H                 15             B24   14             A23   13             D22
H                 16             B25   15             A24   14             D23
H                 17             B26   16             A25   15             D24
H                 18             B27    8             A26    7             D25
H                 19             B28    7             A27    6             D26
H                 20             B29    6             A28    5             D27
O                  9             B30    8             A29    7             D28
H                 31             B31    9             A30    8             D29

   B1             1.35823901
   B2             1.44656633
   B3             1.24595049
   B4             1.45394093
   B5             1.41262041
   B6             1.38573156
   B7             1.40240990
   B8             1.39379303
   B9             1.38756702
   B10            1.35818768
   B11            1.47399816
   B12            1.40268140
   B13            1.39066824
   B14            1.39313652
   B15            1.39425654
   B16            1.38945087
   B17            1.35249000
   B18            1.37112765
   B19            1.35009508
   B20            1.08123643
   B21            1.08200746
   B22            1.08255904
   B23            1.08500180
   B24            1.08504780
   B25            1.08493567
   B26            1.08386829
   B27            0.96780500
   B28            0.96672975
   B29            0.99000816
   B30            5.82414916
   B31            0.96000000
   A1           121.76817362
   A2           123.16809512
   A3           114.72039165
   A4           121.10117495
   A5           119.88898366
   A6           120.37049842
   A7           120.83149209
   A8           118.20736502
   A9           121.89910347
   A10          112.28941951
   A11          120.38036182
   A12          120.45146398
   A13          120.30314873
   A14          119.66346541
   A15          120.24228742
   A16          119.54035450
   A17          122.31794690
   A18          122.58024206
   A19          120.65739777
   A20          120.31370236
   A21          119.51184225
   A22          119.59107947
   A23          120.20040250
   A24          120.14338174
   A25          119.37019834
   A26          108.40372080
   A27          108.27443966
   A28          106.87520698
   A29           13.24398822
   A30           84.01136965
   D1           179.57568619
   D2            -0.89097515
   D3          -179.55371010
   D4           179.87428770
   D5            -0.01383158
   D6            -0.03740012
   D7            -0.00319498
   D8             0.98456854
   D9          -179.40556107
   D10           20.67124654
   D11          179.05314734
   D12            0.38402649
   D13            0.17257711
   D14           -0.28809488
   D15          179.94277621
   D16          179.95614957
   D17           -0.10963593
   D18         -177.71298040
   D19          179.77221001
   D20           -0.52485017
   D21         -179.58291877
   D22          179.81796543
   D23          179.16003563
   D24          178.39522011
   D25           -0.04013291
   D26            0.03093297
   D27            0.09298682
   D28            3.64060413
   D29            0.90316845

1 2 2.0 11 1.0 12 1.0
2 3 1.5 21 1.0
3 4 2.0 5 1.0
4
5 6 1.5 10 1.5
6 7 2.0 20 1.0
7 8 1.5 19 1.0
8 9 1.5 18 1.0
9 10 1.5 22 1.0
10 11 1.0
11
12 13 1.5 17 1.5
13 14 1.5 23 1.0
14 15 1.5 24 1.0
15 16 1.5 25 1.0
16 17 1.5 26 1.0
17 27 1.0
18 28 1.0
19 29 1.0
20 30 1.0
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31 32 1.0
32

输出文件是：%chk=E:/LXN/H/TS/C6/H1.chk
%mem=60MW
%nproc=1
Will use up to    1 processors via shared memory.
-----------------------------------------------------------------
# opt=ts ub3lyp/3-21g* nosymm guess=(save,cndo) geom=connectivity
-----------------------------------------------------------------
Opt=TS requires force constants or ModRedundant.
Error termination via Lnk1e in d:\g03w\l1.exe at Sat Dec 24 18:05:43 2011.
Job cpu time:  0 days  0 hours  0 minutes  0.0 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=      7 Int=      0 D2E=      0 Chk=      1 Scr=      1
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开心求知每一天！
6楼2011-12-26 14:42:15
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zhangmt

至尊木虫 (著名写手)

我叫MT
输出文件倒数第四行：
Opt=TS requires force constants or ModRedundant.
明确告诉你了，ts需要force constants，所以如上楼所述，添加calcfc也就是计算力场数的命令，它才能执行。另外多加一个noeigen的意思是不做本征值的数目检测，因为 你输入的结构是个猜测，未必就是那么准的过渡态或者在过渡态的势能面上，有可能出现多个虚频的方向，由于默认是eigentest的，如果发现多个虚频方向会报错。添加noeigen就跳过这步测试，而由他自动继续寻找过渡态。所以，综上，在找TS时，calcfc和noeigen几乎是必加的。而calcfc默认是只在最初时计算一次，随着结构的变化，其实fc也是在变化的，如果用ts,calcfc,noeigen找不到，也可以尝试把calcfc改成calcall，就是每一步都重算一遍，那个工作量那叫一个大啊。一般建议不要尝试。
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ryxiao
一群自以为正义凛然的年轻人将一切不能以科学解释的事情定性为封建迷信并大刀阔斧地进行消灭，其实这是修养不足学识浅薄的一种体现，也是可恶的偏执和愚蠢的自以
8楼2011-12-27 10:52:52
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ssy_4222

金虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by zhangmt at 2011-12-27 10:52:52:
输出文件倒数第四行：
Opt=TS requires force constants or ModRedundant.
明确告诉你了，ts需要force constants，所以如上楼所述，添加calcfc也就是计算力场数的命令，它才能执行。另外多加一个noeigen的意思是 ...

清晰明了，非常感谢！顺便问一下原文楼主程序中nosymm是什么意思啊？
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上善若水
9楼2011-12-27 22:06:19
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zhangmt

至尊木虫 (著名写手)

我叫MT
nosymm就是不考虑对称性限制。gaussian默认维持输入时的对称性。
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一群自以为正义凛然的年轻人将一切不能以科学解释的事情定性为封建迷信并大刀阔斧地进行消灭，其实这是修养不足学识浅薄的一种体现，也是可恶的偏执和愚蠢的自以
10楼2011-12-28 00:12:34
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