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涌动的泉

铜虫 (知名作家)

[交流] 是密码子使用偏性相关的问题，对这方面了解多的虫虫进来帮帮我啊

认真回帖的虫子，就有机会每个问题拿到10BB。

1.有人说猪的血红素基因的RSCU值为2，这种说法正确吗？RSCU的最大值是什么？

2.有人说猪的血红素基因中的密码子GGA的CAI值是0.75，这种说法正确吗？
CAI的最大值是什么？

第一，二题已有好的答案

3.如何进行手动识别DAMBE未能识别的tRNA序列中的反密码子？

4. 我们可以使用什么信息推论出 tRNA 的反密码子？

5. CAI是用来测量蛋白质－密码子基因的翻译率吗？亮氨酸密码子CUG是第一个具有简并现象的密码子吗？

6. 为什么在富含GC的区域赖氨酸密码子的使用往往相对低于富含AT的区域呢？

7．为什么蛋白质的编码基因转换率比颠换率大呢？

[ Last edited by 涌动的泉 on 2011-7-7 at 08:48 ]
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西瓜

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1楼2011-07-06 15:27:00
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冼亮淀粉酶

专家顾问 (知名作家)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
涌动的泉(金币+1): 谢谢你能来 2011-07-06 19:13:58
涌动的泉(金币+2): 今天顺利晋级金虫，庆祝一下把剩下的BB都散了，O(∩_∩)O~ 2011-07-27 07:26:32
涌动的泉(金币+5): 2011-07-27 07:29:33
虽然我是猪，但我不了解猪。其它的也很高深，不好意思，辜负了你的期望。
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2楼2011-07-06 18:43:58
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qhuzhl

金虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
涌动的泉(金币+1): 谢谢你能来 2011-07-06 19:14:09
涌动的泉(金币+2): 今天顺利晋级金虫，庆祝一下把剩下的BB都散了，O(∩_∩)O~ 2011-07-27 07:26:41
涌动的泉(金币+5): 2011-07-27 07:29:43
我不了解……O(∩_∩)O~
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3楼2011-07-06 19:08:21
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西瓜

荣誉版主 (知名作家)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
涌动的泉(金币+1): 谢谢你能来 2011-07-06 19:14:16
涌动的泉(金币+2): 今天顺利晋级金虫，庆祝一下把剩下的BB都散了，O(∩_∩)O~ 2011-07-27 07:26:54

本帖通知查看人员
cdl007, 天使托, 西瓜, lxj341401, 冼亮淀粉酶


很少见到有虫子用这个功能啊，呵呵（版务倒是经常用）

不好意思，辜负你了，权当顶贴
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4楼2011-07-06 19:10:08
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gwbk

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
涌动的泉(金币+20): 回答的很好，O(∩_∩)O谢谢帮我把第一、二题解决了 2011-07-06 20:31:49
西瓜(金币+3, EPI+1): Good！ 2011-07-06 21:12:55
我来试试前两个~
1，RSCU值是某一特定的密码子在编码对应氨基酸的同义密码子间的相对概率，指的是密码子，不是基因，所以这句话是错的。按照血红素密码子不存在兼并性的假设，该值最大应该是6。.
2，同1，该指数以一组具高表达水平的基因为参考，测量某一个基因的密码子偏好情况和这些高表达基因密码子偏好情况的接近程度，如果一个基因完全使用高表达基因中所用的密码子，则其CAI值为1。该指数所指为基因，非密码子，所以这句话也是错误的。CAI最大应该为1。.

l在此占位，欢迎指正~
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5楼2011-07-06 20:25:13
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gwbk

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
dhd997(金币+2): 热心鼓励 2011-07-07 07:43:06
密码子使用相对概率(RSCU)是一个同义密码子在一段基因序列中的实际出现频率与其随机出现时理论频率的比值, 其计算公式为:
RSCU(ij)=x(ij)/〔x(i)/n〕
其中, RSCU(ij)是指第i个氨基酸第j个同义密码子的密码子使用相对概率, x(ij)是指第i个氨基酸第j个同义密码子在一个基因中的出现次数, x(i)是指第i个氨基酸在这个基因中的出现次数,这个数字是该氨基酸对应所有同义密码子的出现次数之和； n是指该氨基酸对应的同义密码子种数。

一个基因中只有一个该氨基酸，如丝氨酸、精氨酸、亮氨酸，那么该值为：
RSCU=1/(1/6)=6，为最大值，不管是那个密码子，他的RSCU值都是6。如果条件变化，出现2个该氨基酸，那么，编码该氨基酸的密码子假设不同，
RSCU1=RSCU2=1/(2/6)=3，这样就小了。

不知道算的对不对，望各位大神们赐教~
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小树甲
6楼2011-07-06 21:33:09
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tangbohejin

木虫之王 (文学泰斗)
涌动的泉(金币+1): 顺便帮忙解决的话就更好了，O(∩_∩)O哈哈~，谢谢 2011-07-06 21:59:35
涌动的泉(金币+2): 今天顺利晋级金虫，庆祝一下把剩下的BB都散了，O(∩_∩)O~ 2011-07-27 07:27:30
真心祝福-------
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7楼2011-07-06 21:52:59
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天使托

专家顾问 (职业作家)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
涌动的泉(金币+1): O(∩_∩)O~ 2011-07-06 23:22:25
涌动的泉(金币+1): 解释也好啊，我就是不懂才拿出来跟大家探讨的 2011-07-06 23:24:35
涌动的泉(金币+2): 今天顺利晋级金虫，庆祝一下把剩下的BB都散了，O(∩_∩)O~ 2011-07-27 07:27:40
楼主童鞋，本人一个都不会，有些可以解释，但是怕误人子弟还是算了。。。有请高手。。。。
学艺不精，勿怪！！！！1
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8楼2011-07-06 22:56:48
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啮风

铜虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
dhd997(金币+3): good 2011-07-07 07:43:30
涌动的泉(金币+10): O(∩_∩)O谢谢提点 2011-07-07 08:12:51
很有意思的题目哦,特别看到楼主的专业是水产专业,难道是中科系统的?我尝试发表一下我的看法：
4. 我们可以使用什么信息推论出 tRNA 的反密码子？

这个主要是 基于CRICK提出的变偶性， tRNA 上的反密码子与 tRNA 密码子反向配对时，密码子第一位、第二位碱基配对是严格的，第三位碱基可以有一定的变动，但是需要注意的是，在反义密码子里，经常在第一位出现次黄嘌呤（I），而他可以与U、A、C三者任一之间形成碱基配对；另外在特殊情况下，反密码子第一位碱基也可以与密码子第三位上任意四种碱基配对的，所以比较复杂。

为什么在富含GC的区域赖氨酸的使用往往相对低于富含AT的区域呢？
++++++++++++++++这个吧，赖氨酸的密码子是AAA，AAAG，~~~~~~当然啦，AT RICH 的区域很多是转录调控区，和赖氨酸的极性也有点关系（这点和大家商榷）
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9楼2011-07-06 23:38:13
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cdl007

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
顶贴站位，晚上琢磨一下
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10楼2011-07-07 18:26:13
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cdl007

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
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涌动的泉(金币+14): O(∩_∩)O谢谢，很有可能是我翻译出错，不是翻译率，是基因的表达水平 2011-07-09 21:17:27
西瓜(金币+5, MolEPI+1): 漏网的EPI被偶逮到了 2011-07-27 09:53:53
先回答第5题
密码子适应指数(Codon adaption index。CAI)该指数以一组具高表达水平的基因为参考，测量某一个基因的密码子偏好情况和这些高表达基因密码子偏好情况的接近程度，如果一个基因完全使用高表达基因中所用的密码子，则其CAI值为1。目前这个指数已被广泛用来预测基因的表达水平。

所以，不是翻译率。翻译率的提法第一次见，。。。lz怎么定义的这个翻译率？

亮氨酸、第一个兼并现象密码子、、楼主的这种提法。。。。
1961年夏天，Nirenberg领导的生化小组合成了碱基尿嘧啶，然后用３个尿嘧啶合成了苯丙氨酸分子，从而确定了Crick所排遗传密码表的第一个密码子的意义：三个尿嘧啶是一个苯丙氨酸的密码子，直到1967年，全套密码子解析完毕。
3联体密码64种组合，编码20种氨基酸，大多数氨基酸都有密码子简并现象。
亮氨酸具有6个简并密码子UUA UUG CUU CUC CUA CUG
，是具有简并密码子最多的之一。是不是第一个发现的具有简并现象的密码子，这个考证不出来。。。估计得找到1967年左右的Nirenberg的文章才好。不过找到了估计也很难排序，他文章应该介绍方法，然后列表表示各种简并密码子，没有顺序。。
以下纯属YY

不过可以从实验推断一下，第一个苯丙氨酸是UUU，下面变的话，理论推断，应该是UUA，UUC，UUG，而亮氨酸简并密码子里有UUA,UUG，从这个角度说，我倒是很相信亮氨酸是第一个被发现具有简并密码子的氨基酸。

[ Last edited by cdl007 on 2011-7-7 at 22:23 ]
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11楼2011-07-07 22:11:20
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wenfuz

铜虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
小翠你真好，谢谢你的金币！！！！！
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13楼2011-07-17 19:26:16
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西瓜

荣誉版主 (知名作家)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
送鲜花一朵
恭喜楼主晋级金虫，哈哈！
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14楼2011-07-27 09:52:49
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longage.gene

银虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
5。CAI这东东是几年前风行的，有点像纯数据分析，现在science和nature上很多论文都说CAI与蛋白表达效率无关。我的实验也已经证明无关，浪费我1年时间！！！完全像数据上强扯关系！别的杂志有实验证明CAI有关，没错，但是实验量太小，更像巧合。s和n上的论文实验量很大，好几百个比较结果。-----有反对意见，请赐教。

[ Last edited by longage.gene on 2011-8-2 at 21:20 ]
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15楼2011-08-02 21:08:22
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longage.gene

银虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
2。有人说猪的血红素基因中的密码子GGA的CAI值是0.75-----无此说法，要说X基因在Y（比如说菌）中CAI值是多少。没有某密码子的CAI是多少的说法。
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16楼2011-08-02 21:18:43
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cloverplm

金虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
虽然经常优化基因序列，考虑密码子偏爱性，但都是软件限定的，具体了解不深，你可以搜索下面的文章看看：
Study on the Principles of Base Change in 4-fold Degenerate Sites of Protein Coding Genes  
Lu Baisong : Huang Peitang   
Molecular Genetics Gentre Acadmy of Military Medicine Sciences Beijing 100850
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17楼2011-08-02 22:34:18
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涌动的泉

铜虫 (知名作家)
引用回帖:
17楼: Originally posted by cloverplm at 2011-08-02 22:34:18:
虽然经常优化基因序列，考虑密码子偏爱性，但都是软件限定的，具体了解不深，你可以搜索下面的文章看看：
Study on the Principles of Base Change in 4-fold Degenerate Sites of Protein Coding Genes  
Lu  ...

O(∩_∩)O谢谢
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18楼2011-08-03 09:09:29
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小树甲

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
送鲜花一朵
引用回帖:
2017537楼: Originally posted by gwbk at 2011-07-06 21:33:09
密码子使用相对概率(RSCU)是一个同义密码子在一段基因序列中的实际出现频率与其随机出现时理论频率的比值, 其计算公式为:
RSCU(ij)=x(ij)/〔x(i)/n〕
其中, RSCU(ij)是指第i个氨基酸第j个同义密码子的密码子使用相 ...

我想咨询下关于cai计算的问题。
q：83267142
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19楼2012-09-20 16:55:51
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zeroon

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
2楼: Originally posted by 冼亮淀粉酶 at 2011-07-06 18:43:58
虽然我是猪，但我不了解猪。其它的也很高深，不好意思，辜负了你的期望。

我服，这种老帖也能看到。。。
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20楼2016-01-08 21:28:36
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moychan

银虫 (小有名气)
占位

发自小木虫Android客户端
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21楼2016-05-02 22:59:11
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wenfuz12楼
2011-07-17 19:21   回复  
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